本发明公开了番茄抗颈腐根腐病基因及其编码蛋白在提高植物抗病性及真菌毒素解毒中的用途。具体地公开了氨基酸序列是SEQ ID No.1的蛋白质Frl及其编码基因和相关生物材料在提高植物抗病性及真菌毒素解毒中的用途。利用本发明提供的蛋白质Frl及其编码基因Frl能提高植物对颈腐根腐病的抗病性,与已知的感病受体品种Moneymaker相比,转Frl基因的番茄植株对颈腐根腐病的抗性大大增加。本发明的Frl蛋白质可广泛应用于作物抗病转基因育种、制备用于消减真菌毒素的生物制品、药物、土壤改良剂等。在农业领域具有重要的应用价值和广泛的市场前景。