本发明公开了一种FXYD6胞内区蛋白的表达和纯化的方法,是采用核苷酸序列如SEQ ID No:2和SEQ ID No:3所示的引物对、利用PCR技术扩增FXYD6胞内区序列后,将扩增出的FXYD6胞内区序列插入到表达载体pGEX-6P-1中,构建重组载体pGEX-6P-1-FXYD6胞内区;再将重组载体转化于宿主细胞中,并在宿主细胞中表达FXYD6胞内区重组蛋白;表达的重组蛋白进行鉴定后,通过亲和层析柱进行纯化,经过纯化的蛋白再通过本发明提供了FXYD6胞内区的纯化蛋白,进一步可应用于制备FXYD6蛋白胞内区的单克隆抗体。为进一步研究FXYD6组织分布提供了有利工具。