本发明公开了番茄转录因子SlWOX13基因及其蛋白和应用。所述番茄转录因子SlWOX13基因的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示,其编码的氨基酸序列如SEQ ID NO.2所示。本发明首次鉴定了番茄转录因子SlWOX13的功能,该基因在番茄多个组织器官中均有表达,并能响应乙烯信号,参与调控番茄果实的成熟进程。亚细胞定位分析表明该基因定位于细胞核,具有转录激活活性。将该基因在番茄果实中过表达,发现其上调乙烯合成和信号转导相关基因、类胡萝卜素合成相关基因及成熟相关转录因子的表达,促进番茄果实成熟。进一步利用Crispr‑Cas9技术将该基因敲除,则下调上述相关基因的表达,延缓果实成熟。因此,SlWOX13基因可以调控果实的成熟时间,对番茄育种具有重要指导意义和应用前景。