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[发明专利]蛋白质序列比对方法、装置、计算机设备以及存储介质-CN202111587513.3在审
发明人：孙思琦;李煜;洪亮 -专利权人：上海智峪生物科技有限公司
申请日： 2021-12-23 - 公布日： 2023-03-31 - 主分类号： G16B15/20 文献下载
摘要：本申请提供一种蛋白质序列比对方法、装置、计算机设备以及存储介质，该方法通过蛋白序列编码模型对待查询的目标蛋白序列进行编码，得到目标蛋白编码，进而获取预设蛋白质序列库中与目标蛋白编码匹配的候选蛋白编码，以及候选蛋白编码关联的候选蛋白序列，最后，根据目标蛋白序列与候选蛋白序列的比对结果，确定目标蛋白序列的同源蛋白序列。通过将蛋白序列映射至低维度空间中以获取对应的蛋白编码，进而通过蛋白编码序列对蛋白质序列库进行蛋白序列初筛，实现在进行蛋白序列比对之前过滤不相关的蛋白序列，以缩减蛋白序列比对的数据量，有效降低蛋白序列比对的耗时，提高同源蛋白序列搜索的效率。
蛋白质序列方法装置计算机设备以及存储介质

[发明专利]对丙型肝炎病毒(HCV)感染具有抑制活性的抗体和其用途-CN200880108581.3无效
发明人：胁田隆字;铃木哲朗;森川贤一;尾见法昭;中村纪子;赤泽大辅 -专利权人：日本国立感染症研究所;东丽株式会社
申请日： 2008-07-25 - 公布日： 2010-08-18 - 主分类号： C07K16/10 文献下载
摘要：基因组的丙型肝炎病毒(HCV)颗粒识别为抗原并且对丙型肝炎病毒(HCV)感染具有抑制活性，所述基因组包含下列彼此连接的(i)和(ii)：(i)(a)丙型肝炎病毒(HCV)的JFH-1株的5’-非翻译区、核心蛋白编码序列、E1蛋白编码序列、E2蛋白编码序列和p7蛋白编码序列或(b)丙型肝炎病毒(HCV)的J6CF株的5’-非翻译区、核心蛋白编码序列、E1蛋白编码序列、E2蛋白编码序列和p7蛋白编码序列；和(ii)JFH-1株的NS2蛋白编码序列、NS3蛋白编码序列、NS4A蛋白编码序列、NS4B蛋白编码序列、NS5A蛋白编码序列、NS5B蛋白编码序列和3’-非翻译区。
肝炎病毒 hcv 感染具有抑制活性抗体用途

[发明专利]地衣芽胞杆菌表达宿主-CN201310562150.7有效
发明人：陈守文;周银华;魏雪团;陈敬帮;祁高富;冀志霞 -专利权人：华中农业大学
申请日： 2013-11-12 - 公布日： 2018-09-14 - 主分类号： C12N1/21 文献下载
摘要：这10个基因分别是8个蛋白酶基因(mpr，编码胞外金属蛋白酶；vpr，编码丝氨酸蛋白酶；aprX，胞内丝氨酸蛋白酶；epr，编码微小胞外蛋白酶；bpr，编码芽胞杆菌肽酶F；wprA，编码与细胞壁结合的蛋白酶；aprE，编码胞外碱性丝氨酸蛋白酶；bprA，编码芽胞杆菌肽酶F)和2个胞外分泌蛋白基因(hag，编码鞭毛蛋白；amyL，编码α‑淀粉酶)。BL10完全无胞外蛋白酶活性，可降低蛋白酶对目标蛋白的降解作用。当利用该表达宿主表达目标蛋白时，表达量更高，该宿主菌有利于增强蛋白的表达。
地衣杆菌表达宿主

[发明专利]双荧光报道基因构建物和测量翻译再编码的测定-CN200680040551.4无效
发明人： T·S·卡德诺;W·P·塔特 -专利权人：奥塔哥创新有限公司
申请日： 2006-08-30 - 公布日： 2009-03-11 - 主分类号： C12N15/62 文献下载
摘要：本发明涉及翻译再编码报道基因构建物，包括第一荧光蛋白编码系列；编码不同于第一荧光蛋白的第二荧光蛋白编码序列；和介于第一和第二荧光蛋白编码序列间的接头序列；其中第一荧光蛋白编码序列和第二荧光蛋白编码序列是相互在框外的但在再编码时共表达为单条融合多肽本发明也涉及所述构建物在筛选再编码调节剂中的用途的方法。
荧光报道基因构建测量翻译编码测定

[发明专利]用于表达猪流行性腹泻蛋白中M蛋白、N蛋白和S1蛋白的重组质粒及其构建方法和应用-CN201510290759.2有效
发明人：王亚欣;陈瑞爱;唐满华;赵大伟 -专利权人：广东大华农动物保健品股份有限公司;肇庆大华农生物药品有限公司
申请日： 2015-05-29 - 公布日： 2015-09-30 - 主分类号： C12N15/85 文献下载
摘要：本发明涉及一种用于表达猪流行性腹泻蛋白中M蛋白、N蛋白和S1蛋白的重组质粒，所述重组质粒携带有：载体质粒；猪流行性腹泻病毒中的M蛋白编码基因、N蛋白编码基因、S1蛋白编码基因；及连接肽，所述M蛋白编码基因和N蛋白编码基因通过连接肽连接，所述N蛋白编码基因和S1蛋白编码基因通过连接肽连接；所述连接肽为2A肽。
用于表达流行性腹泻蛋白 s1 重组质粒及其构建方法应用

[发明专利]蛋白质特征预处理方法、装置、介质及设备-CN202310010026.3在审
发明人：边成;赵家英;李永会 -专利权人：抖音视界有限公司
申请日： 2023-01-04 - 公布日： 2023-04-07 - 主分类号： G16B15/20 文献下载
摘要：本公开涉及一种蛋白质特征预处理方法、装置、介质及设备，所述方法包括：接收待处理的蛋白质；根据所述蛋白质和训练完成的蛋白质特征预处理模型，获得所述蛋白质对应的蛋白质特征；根据所述蛋白质对应的处理类型和所述蛋白质特征，确定所述蛋白质对应的应用蛋白质特征；蛋白质特征预处理模型包括共享编码器、蛋白质理解解码器和蛋白质生成解码器，共享编码器用于对所述蛋白质进行特征编码获得编码特征，蛋白质理解解码器用于对所述编码特征进行理解解码处理，获得蛋白质理解特征，蛋白质生成解码器用于对所述编码特征进行生成解码处理，获得蛋白质生成特征，所述蛋白质特征包括所述编码特征、所述蛋白质理解特征和所述蛋白质生成特征。
蛋白质特征预处理方法装置介质设备

[发明专利]DNA分子与重组病毒及它们的制备方法和用途-CN202011328567.3有效
发明人：秦成峰;刘忠钰;董好龙;覃晓玲;李晓峰 -专利权人：中国人民解放军军事科学院军事医学研究院
申请日： 2020-11-24 - 公布日： 2023-10-13 - 主分类号： C12N15/85 文献下载
摘要：所述DNA分子含有串联连接的5’非编码区序列、插入有Nano荧光素酶的编码序列的衣壳蛋白C的编码序列、膜和膜蛋白前体prM的编码序列、包膜蛋白E的编码序列、非结构蛋白的编码序列和3’非编码区序列，其中，5’非编码区序列、衣壳蛋白C的编码序列、膜和膜蛋白前体prM的编码序列、包膜蛋白E的编码序列、非结构蛋白的编码序列和3’非编码区序列来源于黄热病毒。
dna 分子重组病毒它们制备方法用途

[发明专利]来自丙型肝炎病毒J6CF株基因组的突变体复制子-CN201280038114.4有效
发明人：胁田隆字;村山麻子;加藤孝宣 -专利权人：日本国立感染症研究所;东丽株式会社
申请日： 2012-05-31 - 公布日： 2014-04-02 - 主分类号： C12N15/09 文献下载
摘要：本发明提供核酸，该核酸从5’侧往3’侧依次包含：丙型肝炎病毒J6CF株的基因组的5’非翻译区；包含NS3蛋白编码序列、NS4A蛋白编码序列、NS4B蛋白编码序列、NS5A蛋白编码序列和NS5B蛋白编码序列的病毒蛋白编码区；以及3’非翻译区，而且，以J6CF株的前体蛋白的氨基酸序列为基准时，上述NS4A蛋白编码序列具有第1680位的丙氨酸取代成谷氨酸的突变。
来自肝炎病毒 j6cf 基因组突变体复制子

[发明专利]复合物结构获取方法、装置、设备、存储介质及程序产品-CN202310437741.5在审
发明人：吴凡迪;吴家祥 -专利权人：腾讯科技（深圳）有限公司
申请日： 2023-04-14 - 公布日： 2023-10-27 - 主分类号： G16B20/00 文献下载
摘要：该方法包括：基于第一蛋白质的氨基酸序列对，生成第一蛋白质的第一氨基酸编码、第一蛋白质的第一氨基酸对编码、以及第一蛋白质的第一蛋白质结构；基于第二蛋白质的氨基酸序列，生成第二蛋白质的多序列比对MSA编码、第二蛋白质的第二氨基酸对编码、以及第二蛋白质的第二蛋白质结构；基于第一氨基酸编码、第一氨基酸对编码、第一蛋白质结构、MSA编码、第二氨基酸对编码、以及第二蛋白质结构，生成第一蛋白质与第二蛋白质的复合物的结构上述方案可以提高第一蛋白质和第二蛋白质的复合物结构的构建效率。
复合物结构获取方法装置设备存储介质程序产品

[发明专利]具有自主复制能力的经修饰的人丙型肝炎病毒基因组RNA-CN200580036413.4有效
发明人：胁田隆字;加藤孝宣;伊达朋子;宫本道子;R·巴顿施劳格;田边纯一;曾根三郎 -专利权人：财团法人东京都医学研究机构;东丽株式会社
申请日： 2005-08-24 - 公布日： 2007-10-03 - 主分类号： C12N15/09 文献下载
摘要：本发明提供一种经修饰的丙型肝炎病毒基因组RNA，其由含有两种或以上的丙型肝炎病毒的基因组RNA的5’非翻译区、核心蛋白质编码序列、E1蛋白质编码序列、p7蛋白质编码序列、E2蛋白质编码序列、NS2蛋白质编码序列、NS3蛋白质编码序列、NS4A蛋白质编码序列、NS4B蛋白质编码序列、NS5A蛋白质编码序列、NS5B蛋白质编码序列、以及3’非翻译区的碱基序列构成，并且具有自主复制能力。特别涉及通过将丙型肝炎病毒基因组RNA的编码从NS3开始的NS4、NS5A和NS5B蛋白质的RNA序列部分取代为序列号1所示的JFH1株的编码NS3、NS4、NS5A、以及NS5B蛋白质的RNA部分序列而获得自主复制能力的经修饰的丙型肝炎病毒基因组
具有自主复制能力修饰人丙型肝炎病毒基因组 rna

[发明专利]一种促进目标蛋白在大肠杆菌细胞外分泌表达的表达载体-CN202310396886.5在审
发明人：王声斌;林梓煌;牛放;王志鹏;赵芙蓉;彭阳选 -专利权人：华南农业大学
申请日： 2023-04-14 - 公布日： 2023-08-08 - 主分类号： C12N15/62 文献下载
摘要：本发明公开了一种促进目标蛋白在大肠杆菌细胞外分泌表达的表达载体，至少包含：(1)目标蛋白编码序列和YebF蛋白编码序列，目标蛋白编码序列与YebF蛋白编码序列通过TEV酶切识别位点编码序列连接；(2)DsbA、DsbC和SecM蛋白编码基因。本发明根据大肠杆菌分泌表达的特点，设计了一个YebF融合标签，可用于引导目的蛋白跨细胞质膜及外膜实现细胞外表达，同时在其C‑末端设置TEV酶的氨基酸识别位点，方便后续目的蛋白的回收与纯化，同时共表达Dsb家族蛋白与SecM蛋白，可以明显提高目标蛋白的分泌表达量。
一种促进目标蛋白大肠杆菌细胞外分泌表达载体

[发明专利]基于机器学习的单序列蛋白结构预测的方法和系统-CN202210945251.1有效
发明人：许锦波;井晓阳;吴凡迪 -专利权人：北京分子之心科技有限公司
申请日： 2022-08-08 - 公布日： 2023-10-10 - 主分类号： G16B15/20 文献下载
摘要：本发明属于生物信息学技术领域，提供基于机器学习的单序列蛋白结构预测的方法和系统。所述系统包括氨基酸编码模块、改进的Evoformer模块和结构生成模块。首先，基于氨基酸编码模块获得蛋白质氨基酸编码和序列对的初始编码，氨基酸编码模块中整合多预训练蛋白质语言模型；其次，基于改进的Evoformer模块对氨基酸编码和氨基酸对编码进行迭代更新；最后，结构生成模块基于更新后的氨基酸编码和氨基酸对编码预测蛋白质结构本发明能仅基于蛋白质序列进行结构预测，不需同源序列搜索步骤，极大地提升蛋白质结构预测速度，同时可对孤儿蛋白等缺乏同源进化信息的蛋白质进行结构预测，有利于蛋白质结构预测的大规模应用。
基于机器学习序列蛋白结构预测方法系统

[发明专利]可利用非甲醇碳源诱导AOX1启动子表达外源蛋白的毕赤酵母菌株-CN201010118071.3无效
发明人：周祥山;张元兴;张平;张文文;柏鹏 -专利权人：华东理工大学
申请日： 2010-03-05 - 公布日： 2010-10-13 - 主分类号： C12N1/19 文献下载
摘要：本发明提供了几种可利用非甲醇碳源诱导AOX1启动子表达外源蛋白的毕赤酵母菌株，毕赤酵母菌株中PpHXT1基因发生突变，从而不能编码蛋白或编码的蛋白没有活性，进一步地，还有自噬基因PpATG30也发生突变，从而不能编码蛋白或编码的蛋白没有活性；或者毕赤酵母菌株中PpMIG1基因发生突变，从而不能编码蛋白或编码的蛋白没有活性，进一步地，毕赤酵母菌株中PpMIG2基因发生突变，从而不能编码蛋白或编码的蛋白没有活性，本发明的毕赤酵母菌株不仅具有现有毕赤酵母菌株的优势，而且可以采用非甲醇碳源诱导AOX1启动子表达外源蛋白，安全环保，操作简单，成本降低，还可用于食品或者添加剂的生产，适于大规模推广应用。
利用甲醇碳源诱导 aox1 启动子表达蛋白酵母菌株

[发明专利]一种基于图神经网络的单序列蛋白质接触图预测方法-CN202210950286.4在审
发明人：欧阳建权;唐欢容;高涌露 -专利权人：湘潭大学
申请日： 2022-08-09 - 公布日： 2022-11-08 - 主分类号： G16B15/20 文献下载
摘要：本发明属于蛋白质图谱预测领域，公开了一种基于图神经网络的单序列蛋白质接触图预测方法，包括以下步骤：收集蛋白质序列及对应的蛋白质三维结构数据，构建残基间接触矩阵；对每个蛋白质序列进行one‑hot编码处理，得到one‑hot一维特征；将每个蛋白质序列通过预训练模型得到一维蛋白质编码特征和二维注意力矩阵特征；构建图卷积编码模型和卷积解码模型；将one‑hot一维特征和预训练得到的一维蛋白质编码特征作为输入特征输入到图卷积编码模型得到蛋白质结构编码特征；将蛋白质结构编码特征和预训练得到的二维注意力矩阵输入到卷积编码模型中得到蛋白质序列中残基对接触预测矩阵。将本发明提供的方法生成的蛋白质接触图与真实接触图相似度高，预测精度好。
一种基于神经网络序列蛋白质接触预测方法

[发明专利]一种药物-蛋白质相互作用预测方法及系统-CN202211258086.9在审
发明人：卫金茂;孙畅;李燕飞;刘健 -专利权人：南开大学
申请日： 2022-10-13 - 公布日： 2022-12-09 - 主分类号： G16B30/00 文献下载
摘要：本申请公开了一种药物‑蛋白质相互作用预测方法及系统，其中，方法包括：收集药物‑蛋白质相互作用预测的数据集；对数据集进行预处理，得到处理后数据；基于处理后数据，进行蛋白质序列编码，提取蛋白质特征；基于蛋白特征，同时对药物和蛋白质的分子机制进行编码，得到第一编码结果；基于处理后数据，将药物和蛋白质的临床信息编码在一起，得到第二编码结果；根据第一编码结果和第二编码结果，计算药物‑蛋白质对的相互作用概率。本申请同时考虑了药物和蛋白质的化学属性、分子机制和临床功能；将药物和蛋白质的原始特征投影到了共同的嵌入子空间中；通过分析药物和蛋白质的特征的一致性，探究药物与蛋白质的作用机制。
一种药物蛋白质相互作用预测方法系统

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