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[发明专利]基于机器学习的单序列蛋白结构预测的方法和系统-CN202210945251.1有效
发明人：许锦波;井晓阳;吴凡迪 -专利权人： 北京分子之心科技有限公司
申请日： 2022-08-08 - 公布日： 2023-10-10 - 主分类号： G16B15/20 文献下载
摘要：本发明属于生物信息学技术领域，提供基于机器学习的单序列蛋白结构预测的方法和系统。所述系统包括氨基酸编码模块、改进的Evoformer模块和结构生成模块。首先，基于氨基酸编码模块获得蛋白质氨基酸编码和序列对的初始编码，氨基酸编码模块中整合多预训练蛋白质语言模型；其次，基于改进的Evoformer模块对氨基酸编码和氨基酸对编码进行迭代更新；最后，结构生成模块基于更新后的氨基酸编码和氨基酸对编码预测蛋白质结构，并预测置信分数。本发明能仅基于蛋白质序列进行结构预测，不需同源序列搜索步骤，极大地提升蛋白质结构预测速度，同时可对孤儿蛋白等缺乏同源进化信息的蛋白质进行结构预测，有利于蛋白质结构预测的大规模应用。
基于机器学习序列蛋白结构预测方法系统

[发明专利]一种获取第一源抗体序列对应的第二源蛋白质序列的方法与设备-CN202310835230.9在审
发明人：邹鸿刚;许锦波 -专利权人： 北京分子之心科技有限公司
申请日： 2023-07-07 - 公布日： 2023-10-03 - 主分类号： G16B30/00 文献下载
摘要：本申请的目的是提供一种获取第一源抗体序列对应的第二源蛋白质序列的方法与设备，该方法包括：基于蛋白质序列集合，构建所述蛋白质序列集合对应的蛋白质子序列搜索池；确定第一源抗体序列对应的第二表征信息；基于所述第二表征信息，从所述蛋白质子序列搜索池确定多个候选蛋白质子序列；基于所述多个候选蛋白质子序列，确定所述第一源抗体序列对应的第二源蛋白质序列。本申请从第一源抗体序列中氨基酸的理化功能出发，确定相匹配的第二源蛋白质序列，从而在保证抗原亲和性的基础上，有效降低获得的第二源蛋白质序列的免疫原性。本申请还可以确定第二源蛋白质序列中各氨基酸位点对应的候选氨基酸，以便于后续进行回复突变，提高回复突变效率。
一种获取第一抗体序列对应第二蛋白质方法设备

[发明专利]一种用于确定抗体序列结构的方法与设备-CN202310833816.1在审
发明人：井晓阳;许锦波 -专利权人： 北京分子之心科技有限公司
申请日： 2023-07-07 - 公布日： 2023-10-03 - 主分类号： G16B15/20 文献下载
摘要：本申请的目的是提供一种用于确定抗体序列结构的方法与设备，该方法包括：基于深度自注意力变换网络架构，利用第一蛋白质序列，训练蛋白质语言模型；基于蛋白质语言模型，以及第二蛋白质序列与对应的蛋白质结构信息，训练蛋白质结构预测模型；再在蛋白质结构预测模型的基础上，利用抗体序列与对应的抗体结构信息，训练抗体结构预测模型；并利用该抗体结构预测模型，确定相应的抗体结构预测信息。本申请利用蛋白质语言模型，先训练通用的蛋白质结构预测模型再结合抗体结构对该模型进行调整，确定相应的抗体结构预测模型来进行抗体结构的预测，从而减少对抗体样本的数量需求、提升抗体结构预测模型的泛化性、提高结构预测准确性和效率。
一种用于确定抗体序列结构方法设备

[发明专利]用于预测蛋白质复合物结构的方法、设备、介质及程序产品-CN202310431117.4有效
发明人：许锦波 -专利权人： 北京分子之心科技有限公司
申请日： 2023-04-20 - 公布日： 2023-09-15 - 主分类号： G16B15/20 文献下载
摘要：本申请的目的是提供用于预测蛋白质复合物结构的方法、设备、介质及程序产品，该方法包括从蛋白质序列数据库中查询获取目标蛋白质复合物的所有单链MSA，其中，每个单链MSA对应所述目标蛋白质复合物的一个成分链；基于蛋白质语言模型匹配所有单链MSA里面的蛋白质序列，以产生目标蛋白质复合物的MSA；将所述目标蛋白质复合物的MSA输入深度学习模型以获得所述目标蛋白质复合物的预测结构，有效提高蛋白质复合物结构预测的准确性和计算效率。
用于预测蛋白质复合物结构方法设备介质程序产品