本发明属于海藻分子遗传学领域,涉及一种浒苔性别特异分子标记及其应用。其特征是:浒苔雌配子体和雄配子体DNA特异性分子标记各一个,其核苷酸序列分别为SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2。SEQ ID NO.1由浒苔雌性性别特异扩增引物扩增得到,SEQ ID NO.2由浒苔雄性性别特异扩增引物扩增得到。本发明是通过PCR检测上述的特异性片段来完成,步骤包括待检测浒苔基因组DNA提取,PCR扩增,扩增产物的琼脂糖凝胶电泳检测。该特异性引物设计参考实验室已有高通量数据结果,结合基因组DNA提取,目的片段扩增及回收,利用pGEM‑T vector及大肠杆菌感受态菌株TOP10进行克隆等技术获得。利用该特异性分子标记,可以快速、简单、准确地对大量浒苔藻体的倍性以及配子体的性别进行鉴定,为浒苔生活史研究以及品种选育提供重要的分子工具。