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[发明专利]一种利用宏基因组分析溯源土壤耐药基因污染的方法-CN202210310443.5在审
发明人：韦中;江高飞;张耀中;徐阳春;沈其荣 -专利权人：南京农业大学
申请日： 2022-03-28 - 公布日： 2022-07-29 - 主分类号： G16B30/10 文献下载
摘要：本发明公开了一种利用宏基因组分析溯源土壤耐药基因污染的方法，其步骤为：步骤一、构建非冗余耐药基因集溯源数据库；步骤二、封装非冗余耐药基因集溯源数据库；步骤三、土壤样品DNA抽提和建库；步骤四、采用Illumina测序技术完成土壤样品的宏基因组测序；步骤五、对测序数据进行质控并去除人类基因组污染，获取质控数据；步骤六、对质控数据进行耐药基因定量分析；步骤七、不同样品的耐药基因丰度总体比较分析并可视化。本发明不仅可以用于宏基因组质控数据的ARGs物种溯源定量分析，还可以使用该数据库进行ARGs注释；对微生物基因组序列进行ARGs注释时甚至可以评估其所携带的ARGs宿主来源，为抗性基因水平基因组转移等相关研究提供了技术支撑
一种利用宏基组分溯源土壤耐药基因污染方法

[发明专利]一种基于三代PacBio和Hi-C技术组装和注释贵德黑裘皮羊基因组的方法-CN202110409811.7在审
发明人：卢曾奎;刘建斌;袁超 -专利权人：中国农业科学院兰州畜牧与兽药研究所
申请日： 2021-04-16 - 公布日： 2021-06-22 - 主分类号： C12Q1/6869 文献下载
摘要：本发明属于生物信息技术领域，具体涉及一种基于三代PacBio和Hi‑C技术组装和注释贵德黑裘皮羊基因组的方法，所述的方法包括如下步骤：(1)采集贵德黑裘皮羊血液和组织样本；(2)构建基因组文库和转录组文库；(3)基因组大小和杂合率评估；(4)基因组组装、利用转录测序结果纠错和评估；(5)Hi‑C辅助组装、纠错和评估；(6)基因组注释和评估。本发明组装了贵德黑裘皮羊染色体级别的高质量基因组，为进一步研究贵德黑裘皮羊的羊毛色素积淀和高寒低氧适应分子机制奠定了基础，同时也为其优良遗传资源保护和利用、分子育种和遗传改良等工作提供数据支撑。
一种基于 pacbio hi 技术组装注释贵德裘皮基因组方法

[发明专利]一种DNA及蛋白质水平突变分析系统-CN201610318327.2有效
发明人：薛成海;龚永辉;刘宇 -专利权人：万康源(天津)基因科技有限公司
申请日： 2016-05-13 - 公布日： 2018-07-03 - 主分类号： G06F19/18 文献下载
摘要：本发明提供了一种DNA及蛋白质水平突变分析系统，包括读取及索引判断模块，用于读取基因突变文件，格式化处理成标准名称；索引转录本序列、基因信息和基因转录本注释信息、构建氨基酸密码子对应关系表；判断突变发生的水平、突变的模式；判断突变命名是蛋白质水平突变或是基因组DNA水平突变或是CDS编码区突变；映射模块，用于根据读取及索引判断模块的判断结果，分别进入不同的水平突变映射流程，得到三种突变命名的映射关系。本发明承接文献挖掘的表型相关基因突变和多态位点，输出多种突变命名的映射关系，以达到完成注释文献挖掘的致病变异与测序识别的基因突变和多态位点间对应等目的。
突变读取蛋白质水平多态位点基因突变索引判断突变分析文献挖掘映射关系氨基酸密码子表型相关基因格式化处理基因转录本基因组DNA 基因信息判断结果映射模块注释信息编码区关系表转录本映射测序构建索引承接输出

[发明专利]一种DNA及蛋白质水平突变分析方法-CN201610319389.5有效
发明人：薛成海;龚永辉;王晓君 -专利权人：万康源(天津)基因科技有限公司
申请日： 2016-05-13 - 公布日： 2018-07-24 - 主分类号： G06F19/18 文献下载
摘要：本发明提供了一种DNA及蛋白质水平突变分析方法，包括以下步骤：1)1)读取基因突变文件，格式化处理成标准名称；2)索引转录本序列、基因信息和基因转录本注释信息、构建氨基酸密码子对应关系表；3)判断突变发生的水平、突变的模式；判断突变命名是蛋白质水平突变或是基因组DNA水平突变或是CDS编码区突变；4)根据步骤3)的判断结果，分别进入不同的水平突变映射流程，得到三种突变命名的映射关系。本发明承接文献挖掘的表型相关基因突变和多态位点，输出多种突变命名的映射关系，以达到完成注释文献挖掘的致病变异与测序识别的基因突变和多态位点间对应等目的。
一种 dna 蛋白质水平突变分析方法

[发明专利]提供基因组数据的动态索引和可视化的分布式系统-CN201280068298.9有效
发明人： C·J·瓦斯克;J·Z·桑伯恩;S·本茨 -专利权人：凡弗3基因组有限公司
申请日： 2012-12-07 - 公布日： 2020-06-02 - 主分类号： G06F7/06 文献下载
摘要：提供了用于基因组数据的动态可视化的系统和方法，其中基因组可视化系统根据序列对象内的标度相关注释来适应信息内容的呈现。
提供基因组数据动态索引可视化分布式系统

[发明专利]一种快速分析真核生物蛋白质基因组学数据的方法-CN201810842695.6有效
发明人：葛峰;杨明坤;张珈;洪斌 -专利权人：中国科学院水生生物研究所
申请日： 2018-07-27 - 公布日： 2021-07-13 - 主分类号： G16B20/00 文献下载
摘要：本发明提供一种快速分析真核生物蛋白质基因组学数据的方法，属于蛋白质基因组数据分析方法技术领域。本发明提供的快速分析真核生物蛋白质基因组学数据的方法，采用原核生物多组数据整理方法和筛选方法得到II类可信肽段，再针对预测新基因、可变剪切体、点突变基因并校正已注释基因的结构的目的设计三种不同的回帖基因组的方法本发明提供的方法适用于任何一个已经完成测序的真核生物，同时可变剪切体与点突变基因预测的方法，提高鉴定的覆盖度；采用不同的较为严格的假阳性控制策略，提高鉴定的可信度；从原始质谱数据到最后新基因、可变剪切体以及点突变基因的预测和校正已注释基因结构系列分析
一种快速分析生物蛋白质基因组数据方法

[发明专利]CRISPR-Cas9系统sgRNA作用靶点的筛选方法及装置-CN201510888755.4有效
发明人：赵毅强;高菲;王宇哲;许文杰;胥春龙;吴森;胡晓湘 -专利权人：中国农业大学
申请日： 2015-12-07 - 公布日： 2019-03-26 - 主分类号： G16B30/00 文献下载
摘要：本发明涉及CRISPR‑Cas9系统sgRNA作用靶点的筛选方法，包括：(1)利用已公布物种的全基因组序列及基因注释信息，获取基因组中具有5’‑Nx‑NGG‑3’序列的区段(x为19～22之间的整数，N代表A/T/C/G)，作为CRISPR‑Cas9系统sgRNA的候选靶点；(2)将基因组打断成22～25bp的片段并筛选以NGG结尾的，且在基因组上无重复的序列；(3)将步骤(1)的候选靶点序列与步骤(2)中筛到的序列进行比对，根据错配信息及评选公式对相应的优选序列进行筛选及排序，获取最优的全基因组sgRNA作用靶点集合。本方法适用于所有已知基因组及其基因注释信息的物种，快速高效获得其全基因组水平的sgRNA序列全集来构建基因敲除突变体文库或基因敲除动物模型。
crispr cas9 系统 sgrna 作用筛选方法装置

[发明专利]一种用于筛选参与生物学过程调控新基因的方法-CN201811428144.1有效
发明人：赵磊;何欣叶;尚钰轩;姚婷婷;宓东;孙野青 -专利权人：大连海事大学
申请日： 2018-11-27 - 公布日： 2022-09-23 - 主分类号： G16B50/10 文献下载
摘要：本发明公开了一种用于筛选参与生物学过程调控新基因的方法，通过使用生物信息学方法在基因本体论搜索工具，筛选特定生物学过程的语义关系；在不同物种的基因组注释数据库中，筛选被注释到上述语义的不同物种中的基因集合信息；对特定物种的基因集合信息进行同源性分析，筛选其在待研究物种中的直系同源基因；将上述基因与待研究物种中参与该生物学过程的参考基因进行比较分析，筛选特定物种中参与生物学过程调控新基因。本发明基于特定生物学过程在不同的物种之间具有高度保守性的特征，建立了一种用于筛选参与生物学过程调控新基因的方法，为进一步重构系统的基因调控网络提供支撑作用，这对于疾病早期诊断、个性化治疗、药物研发具有重要意义
一种用于筛选参与生物学过程调控基因方法

[发明专利]注释宏病毒组原始测序数据短读序列的方法、系统、存储介质和装置-CN202111396291.7在审
发明人：周昱行;汤承;岳华 -专利权人：西南民族大学
申请日： 2021-11-23 - 公布日： 2022-02-25 - 主分类号： G16B20/20 文献下载
摘要：本发明公开了注释宏病毒组原始测序数据短读序列的方法、系统、存储介质和装置，基于windows系统，方法包括以下步骤：获取原始测序数据，对原始测序数据进行解压并提取短读序列，生成短读序列数据集，调用blastn程序将数据集比对到数据库中；保留每条短读序列的最佳比对结果，并将最佳比对结果中比对质量差的结果去除，然后按照基因id添加病毒种名称；基于脚本库，统计注释到每个病毒种的短读序列数目，计算每个病毒种的短读序列在基因组上比对位置的标准偏差，并按照注释的病毒种提取对应的短读序列序列，输出fasta数据集。本发明实现了宏病毒组原始数据注释的本地化、轻便化，便于不具备生物信息学背景知识的研究人员使用。
注释宏病毒原始序数据短读序列方法系统存储介质装置

[发明专利]一种肝癌生物学过程中转录组和蛋白组学的生物信息分析方法-CN201711168734.0在审
发明人：于思创;王海云 -专利权人：南宁科城汇信息科技有限公司
申请日： 2017-11-22 - 公布日： 2018-04-17 - 主分类号： G06F19/18 文献下载
摘要：本发明公开了一种肝癌生物学过程中转录组和蛋白组学的生物信息分析方法，①基本分析Intersize长度检验，比对信息统计，随机性实验检验图，数据的覆盖度、深度统计，②高级分析基因优化，新的外显子，3'、5'UTR区识别，可变剪接，保留的内含子，跳过的外显子，可变第一外显子、可变最后外显子，可变剪接第一外显子、可变剪接最后外显子，互斥外显子，新基因或新转录本，预测新转录本的注释，进行表达量分析，差异表达分析，差异表达聚类分析，差异表达基因的功能注释分析GO功能注释富集分析，本发明采用临床样本对其进行定位定量的表达验证，寻找其与临床相关性的证据，评价临床价值，为肝癌发病学和肝癌机制研究提供新的线索。
一种肝癌生物学过程转录蛋白组生物信息分析方法

[发明专利]一种测序仪用的基因检测数据的分析方法及系统-CN201910116664.7在审
发明人：曹彦东;周洋;马懿;陈建齐 -专利权人：北京安智因生物技术有限公司
申请日： 2019-02-14 - 公布日： 2019-06-21 - 主分类号： G16B30/00 文献下载
摘要：本发明公开了一种测序仪用的基因检测数据的分析方法及系统，该分析方法包括：对测序仪中的基因检测数据进行数据质控，使扩增片段的覆盖率达到预设覆盖率且扩增片段的覆盖深度达到预设覆盖深度且扩增片段的均一性达到预设值，过滤掉待处理数据中的无效扩增片段数据以及无效碱基数据，以得到有效数据，从有效数据中筛选出具有突变特征的碱基数据，对具有突变特征的碱基数据进行多层次注释，以得到分析结果数据；该分析系统包括质控模块、分析模块及注释模块本发明在测序仪上对测序下机数据自动进行数据批量数据质控、分析、注释，大大减小了人为引入误差、显著提高了基因检测数据分析的客观性，而且极大降低了成本。
基因检测扩增片段测序仪碱基数预设质控分析方法及系统突变特征有效数据待处理数据覆盖率分析模块分析系统批量数据数据分析均一性测序减小覆盖过滤分析筛选引入

[发明专利]DNA甲基化谱检测方法-CN201910757150.X有效
发明人：汤斌华;潘子祥;王真;袁昕阳 -专利权人：河海大学常州校区
申请日： 2019-08-16 - 公布日： 2022-09-13 - 主分类号： G16B20/30 文献下载
摘要：本发明公开了一种DNA甲基化谱检测方法，对全基因组DNA甲基化信息样本进行统计处理及注释处理，得到全基因组DNA甲基化注释信息，对全基因组DNA甲基化注释信息进行编码，对单甲基化数据进行加窗处理，对窗内各位点分别进行位置与甲基化值建模训练
dna 甲基化检测方法

[发明专利]一种基于位点映射的基因组测序数据快速注释方法和系统-CN202211165115.7在审
发明人：方超;郎秋蕾;陈志锋 -专利权人：杭州联川生物技术股份有限公司
申请日： 2022-09-23 - 公布日： 2022-12-09 - 主分类号： G06F40/169 文献下载
摘要：本发明公开了一种基于位点映射的基因组测序数据快速注释方法和系统，属于生物信息技术领域。本发明首先将所有功能组件的起始位点和终止位点构建映射值，并利用该映射值建立索引文件，针对待注释位点，同样获得映射值，进一步在索引文件中搜索映射值，若落在某一功能组件的起始位点映射值和终止位点映射值中间，进一步判断所有待注释位点是否落在该功能组件的起始位点和终止位点之间，从而进行注释。利用本发明，可以大大提高搜索注释的效率，降低注释的时间成本和计算成本。
一种基于映射基因组序数快速注释方法系统

[发明专利]注释数据库索引结构、快速注释遗传变异的方法及系统-CN201910031889.2有效
发明人：李俊;黄丹丹;王思发 -专利权人：深圳市泰尔迪恩生物信息科技有限公司
申请日： 2019-01-14 - 公布日： 2023-06-30 - 主分类号： G16B50/30 文献下载
摘要：本发明提供了一种基因组功能注释数据库的索引结构、快速注释遗传变异的方法及系统。所述索引结构包括基于注释数据库的一级索引文件、基于一级索引文件的二级索引文件。一级索引文件包括多个文件块，每个文件块由头部和主体组成，主体由多行压缩数据组成，每个文件块对应注释数据库的一个压缩块。注释方法通过扫描两级索引文件来找到结果所在数据行的文件地址，再根据文件地址定位注释数据库提取注释信息对遗传变异进行注释，比直接扫描注释数据库极大地减少了磁盘读操作，提升查询速度。
注释数据库索引结构快速遗传变异方法系统

[发明专利]一种新普鲁兰酶与其编码基因和应用-CN201810257909.3有效
发明人：王磊;王金星 -专利权人：华南农业大学
申请日： 2018-03-27 - 公布日： 2020-11-03 - 主分类号： C12N9/44 文献下载
摘要：本发明涉及一种新普鲁兰酶蛋白及其编码基因，以及该蛋白作为淀粉、普鲁兰糖水解酶在工业领域的应用。本发明以深海沉积物样品宏基因组文库为研究材料，对宏基因组文库进行测序和基因功能注释分析，根据注释信息筛选得到一条新普鲁兰酶基因，根据基因序列信息设计引物，以宏基因组为模板，进行PRC扩增，得到编码新普鲁兰酶的基因序列将目的基因插入pCold表达载体中，表达纯化得到该基因编码的多肽，其氨基酸序列如序列表中SEQ ID NO.2序列所示。
一种新普鲁兰酶与其编码基因应用