本发明属于生物技术领域,具体涉及一种Cas9蛋白抑制剂及其应用。本发明的Cas9蛋白抑制剂来源于Nme物种的AcrIIC1,其包括如SEQ ID No.1所示序列。该Cas9蛋白抑制剂可以有效抑制Cas9酶活性,从而抑制CRISPR‑Cas9切割特定基因,可以调控CRISPR‑Cas9发挥功能的时间;而且与野生型的AcrIIC1蛋白相比,该Cas9蛋白抑制剂不论是在氧化环境或者还原环境下,均可以发挥对Cas9的抑制作用,较野生型的AcrIIC1蛋白的应用(仅在还原态时发挥作用)范围更广,而且具有比野生型AcrIIC1更加稳定的抑制Cas9切割DNA的能力。