[发明专利]基于云平台的生物信息分析系统在审

申请号：	201710598332.8	申请日：	2017-07-21
公开（公告）号：	CN107239675A	公开（公告）日：	2017-10-10
发明（设计）人：	郭权;余果;任一;张磊;周勇;张祥林;黄华生	申请（专利权）人：	上海桑格信息技术有限公司
主分类号：	G06F19/10	分类号：	G06F19/10;H04L29/08
代理公司：	上海恒锐佳知识产权代理事务所(普通合伙)31286	代理人：	黄海霞
地址：	201321 上海市浦***	国省代码：	上海;31
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摘要：	本发明公开了一种基于云平台的生物信息分析系统，包括云平台客户端、云平台web服务器和云平台计算系统，云平台客户端和云平台web服务器之间通过网络收发信息，云平台web服务器和云平台计算系统通过Nginx网页服务器交换数据；云平台web服务器包括生物信息分析请求接口，云平台计算系统包括生物信息分析应用接口、生物信息分析组件、存储服务器、Mysql数据库和Mongo数据库；生物信息分析请求接口通过Nginx网页服务器连接至生物信息分析应用接口，生物信息分析应用接口的输出端通过工作流进程管理单元连接至生物信息分析组件。本发明的分析程序模块化，可组合复用，分析效率大为提高，部署方便。
搜索关键词：	基于平台生物信息分析系统
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【主权项】：

基于云平台的生物信息分析系统，其特征在于，包括云平台客户端、云平台web服务器和云平台计算系统；所述云平台客户端和所述云平台web服务器之间通过网络收发信息，所述云平台web服务器和所述云平台计算系统之间通过Nginx网页服务器交换数据；所述云平台web服务器包括生物信息分析请求接口；所述云平台计算系统包括生物信息分析应用接口、生物信息分析组件、存储服务器、Mysql数据库和Mongo数据库；所述云平台计算系统还包括若干计算节点，用于对生物信息进行分析计算；所述生物信息分析请求接口通过所述Nginx网页服务器连接至所述生物信息分析应用接口，所述生物信息分析应用接口的输出端通过工作流进程管理单元连接至所述生物信息分析组件的输入端，所述生物信息分析组件的输出端分别连接至所述存储服务器、Mysql数据库和Mongo数据库；所述生物信息分析请求接口向所述生物信息分析应用接口发出生物信息分析请求并发送参数；所述存储服务器用于存储分析结果数据，所述Mysql数据库用于存储分析记录、状态和日志信息，所述Mongo数据库用于存储供所述云平台客户端展示的图表数据。

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摘要：本发明实施例公开了一种心肌病基因数据处理方法及装置，其中所述心肌病基因数据处理方法包括获取样本基因表达谱；对样本基因表达谱进行分析，以获取对应的基因数据，各个基因数据包括若干基因的基因表达量；获取预先设定的筛选算法；通过筛选算法，在基因数据中筛选出共表达基因对数据；确定共表达基因对数据为心肌病生物标志物。采用本发明实施例，将共表达基因对数据确定为心肌病生物标志物，可以提高心肌病患者的识别精准度。

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申请日： 2014-12-08 - 公布日： 2018-04-24 - 主分类号： G06F19/10
摘要：公开了一种通过模块化选择实现的生物信息项目自动分析方法，包括步骤创建项目并存于业务管理系统中，每个项目包括多个子项目；由用户根据子项目和任务信息直接选择所述创建项目中需要的分析模块；当子项目的类型为标准化子项目，则子项目对应的样品在经测序仪测序的同时，供用户选择对该样品创建一种或多种的模块化的标准流程分析，且由用户根据当前子项目的样品情况、测序类型、分析目的选择匹配的过滤模块及输入对应的比对参数；经测序仪测序完成后，根据所述过滤模块及比对参数对每一样品数据进行过滤，从而去掉不符合比对参数的样品数据；然后再运用所创建的标准流程分析模块对符合比对参数的每一样品数据进行分析，生成分析结果。

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申请日： 2014-12-08 - 公布日： 2018-04-24 - 主分类号： G06F19/10
摘要：公开了一种生物信息项目的自动化分析方法，包括步骤创建项目并存于业务管理系统中，每个项目包括多个子项目；当子项目的类型为只过滤子项目，即根据预设的参数配置运用统一的过滤标准对经测序仪测序完成后的样品下机数据进行过滤与分析，生成分析结果；当子项目的类型为标准化子项目，则该子项目对应的样品在经测序仪测序的同时，对该样品创建标准流程分析，且在创建每个标准流程分析过程中由用户根据当前子项目的样品情况输入对应的过滤参数；经测序仪测序完成后，先根据输入的过滤参数过滤掉部分样品数据，然后运用所创建的标准流程分析对剩下的每一样品数据进行过滤与分析，生成分析结果。

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摘要：本发明公开了基于生物云平台的项目结题报告分析系统和方法，系统包括结题报告解析，对各个项目的结题报告进行解析，并将解析结果以及原始数据整合封装成相应的项目文件；结题报告呈现模块，查询所有的项目文件并以列表形式展示，将某个项目按照预设样式显示；综合分析模块，接收用户界面模块发送的用户请求并生成分析任务，按照分析任务的指示进行分析，并将分析结果发送给结题报告呈现模块；结题报告呈现模块，还从项目文件列表中查询并读取项目文件对应的分析结果，并对项目文件以及相应的分析结果进行展示。通过将结题报告的内容、原始数据和分析软件集成到一个页面中，使用户在查看结题报告的同时查看原始数据并进行分析，提高工作效率。

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摘要：本发明提供一种药物代谢酶代谢型评估方法，包括步骤S1自预设基因数据库获取基因的单倍型变异型等位基因命名并形成基因信息表；S2根据基因信息表获双倍型变异型等位基因命名序列；S3形成代谢型获得代谢型信息表；S4根据基因检测结果获得位点双倍型命名表；S5获得第一单倍型变异型等位基因命名序列；S6根据各单倍型变异型等位基因酶活性获得第二单倍型变异型等位基因命名序列；S7自第二单倍型变异型等位基因命名序列获得双倍型变异型等位基因命名结果；S8自代谢型信息表检索获得代谢型检测结果。本发明的一种药物代谢酶代谢型评估方法，可准确判断基因代谢型，在药物代谢酶基因检测与个性化用药方面具重要意义。

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摘要：本发明公开了一种问号赖型钩端螺旋体基因损失率分析方法，首先，通过对问号赖型钩端螺旋体进行比对挑出复制基因，再分别计算出每对复制基因的每个同义位点和每个非同义位点的替代数目，最后包括利用性质构造微分方程使用回归分析进行函数拟合，了解了复制基因进化过程中选择约束力的变化情况，并引入以S为分歧时间的概念，推断了复制基因的复制基因损失率。

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发明人： W·克诺克斯·凯里;戴维德·P·马赫尔;迈克尔·G·马南特;贾尔·尼尔森;塔拉尔·G·沙穆恩 -专利权人：英特托拉斯技术公司
申请日： 2012-10-17 - 公布日： 2017-07-28 - 主分类号： G06F19/10
摘要：公开了用于对人类基因组和其他信息进行处理、处置和执行测试的可信的、隐私受保护的系统和方法。根据一些实施方案，公开了一种系统，其是用于基因和其他信息的可信存储和分析的基于云的系统。系统的一些实施方案可以包括或支持经认证和证明的数据源、经认证和证明的诊断测试以及对数据的基于策略的访问中的一些或全部。

染色体三倍体检验方法-201410335037.X
发明人：张鸣;王俊;郑伟谋 -专利权人：天津华大基因科技有限公司;深圳华大基因医学有限公司
申请日： 2014-07-14 - 公布日： 2017-07-18 - 主分类号： G06F19/10
摘要：本发明公开了一种染色体三倍体检测方法，包括将测试样本的测序结果比对到参考序列上，得到比对结果；将比对结果按GC含量进行分组；根据分组结果采用相关分析法得到与待检测染色体最相关的染色体以及相关统计量；对最相关的染色体以及相关统计量进行回归分析以计算待检测染色体对应的Z值，根据Z值与预设阈值的比较结果判断出待检测染色体为三倍体的概率。本发明的有益效果是通过不同染色体的GC含量的相关性，采用典型相关分析法来确定待检测染色体与其它染色体的相关性，进而确定出待检测染色体对应的Z值，由此确定待检测染色体为三倍体的概率，而不是计算GC修正系数，避免了GC修正系数计算中引入的误差，从而去掉GC bias在测序中的影响。

基于药物相互作用相似性识别药物靶标的系统及方法-201210584373.9
发明人：萧凤鸣 -专利权人：深圳先进技术研究院
申请日： 2012-12-28 - 公布日： 2017-07-18 - 主分类号： G06F19/10
摘要：本发明提供了一种基于药物相互作用相似性识别药物靶标的系统及方法，所述方法包括S1、采集若干小分子化合物的药物相互作用的数据；S2、根据数据建立包含各个小分子化合物的药物相互作用信息的靶标数据库；S3、选取待测药物，建立待测药物与靶标数据库中各小分子化合物的药物相互作用标记；S4、计算待测药物的药物相互作用标记与靶标数据库中各小分子化合物的药物相互作用标记的欧氏距离；S5、计算欧氏距离的预测概率值；S6、将预测概率值按大小进行药物相互作用标记相似度的排序，并列出相似小分子化合物之靶标，得到待测药物的靶标。基于以上系统和方法，不仅能降低靶标预测的成本，也能方便实现中药标准化。

一种面向大数据的代谢组特征数据分析方法及其系统-201410265541.7
发明人：周家锐;华韵之;纪震;朱泽轩;曾启明 -专利权人：周家锐;华韵之;纪震;朱泽轩;曾启明
申请日： 2014-06-13 - 公布日： 2017-07-18 - 主分类号： G06F19/10
摘要：本发明公开一种面向大数据的代谢组特征数据分析方法及其系统，所述方法为A、接收输入的代谢组特征数据，将其分割为多个数据块，并将该多个数据块映射送入映射规约框架中的各个运算节点中；B、利用计算智能方法同时对多个数据块上的加权权值进行优化；C、将优化后的多个数据块加权权值合并为整体代谢组特征数据的加权权值并输出。本发明系统的数据分块处理机制降低了加权分析难度，有效提升了预测准确性。且并行化结构使系统可部署至多个计算节点，显著减少运算时间的同时能够保证系统的效率与稳定性。本系统应用的计算智能算法可有效地解决复杂的大规模优化问题。其预测准确性优于现有算法，从而实现可对目标生理状态进行更为有效的预估。

专利分类

G 物理

G06 计算；推算；计数
G06F 电数字数据处理
G06F19-00 专门适用于特定应用的数字计算或数据处理的设备或方法
G06F19-10 .生物信息学，即计算分子生物学中的遗传或蛋白质相关的数据处理方法或系统
G06F19-12 ..用于系统生物学的建模或仿真，例如：概率模型或动态模型，遗传基因管理网络，蛋白质交互作用网络或新陈代谢作用网络
G06F19-14 ..用于发展或进化的，例如：进化的保存区域决定或进化树结构
G06F19-16 ..用于分子结构的，例如：结构排序，结构或功能关系，蛋白质折叠，结构域拓扑，用结构数据的药靶，涉及二维或三维结构的
G06F19-18 ..用于功能性基因组学或蛋白质组学的，例如：基因型–表型关联，不均衡连接，种群遗传学，结合位置鉴定，变异发生，基因型或染色体组的注释，蛋白质相互作用或蛋白质核酸的相互作用

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[发明专利]基于云平台的生物信息分析系统在审

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