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[发明专利]一种去除rRNA的方法及其应用-CN202310556821.2在审
发明人：郑洪坤;张雪川;邓卫友;毕经德;平丽莹 -专利权人： 北京百迈客生物科技有限公司;青岛百迈客生物科技有限公司
申请日： 2023-05-17 - 公布日： 2023-08-29 - 主分类号： C12Q1/6806 文献下载
摘要：本发明涉及生物信息学技术领域，尤其涉及一种去除rRNA的方法及其应用。所述方法包括：针对初始cDNA进行杂交反应之后，进行DSN处理；所述杂化反应包括：在96～100℃条件下处理2～4分钟，后以0.1℃/s的降温速度到68℃，后在68～70℃的条件下处理1.5～2.5小时。本发明针对提取得到的cDNA，采用特定的杂交反应流程，后采用DSN酶处理去除其中的rRNA，在可以减少处理流程所花费的时间的同时，还能够有效提高测序数据质量，得到高质量的植物空间转录组数据。
一种去除 rrna 方法及其应用

[发明专利]代谢组与其他组学联合分析方法及装置-CN201911380147.7有效
发明人：郑洪坤;秦刚;张蕾;梁若冰 -专利权人： 北京百迈客生物科技有限公司
申请日： 2019-12-27 - 公布日： 2023-06-30 - 主分类号： G06F16/28 文献下载
摘要：本发明实施例提供一种代谢组与其他组学联合分析方法及装置，方法包括：对代谢组的数据，以及除所述代谢组以外的一种或多种其他组学的数据进行多重协惯量分析，获取所述代谢组与所述其他组学之间数据的关联关系；将存在关联关系的代谢组的数据和其他组学的数据作为一个数据对，对每个所述数据对进行相关性分析，根据每个所述数据对的相关性分析结果对所述数据对进行筛选；对筛选出的每个所述数据对进行限制性对应分析，根据每个所述数据对的限制性对应分析结果，确定最终保留的数据对，根据最终保留的数据对最终确定所述代谢组与所述其他组学之间数据的关联关系。本发明实施例实现了代谢组与其他组学的联合分析，且分析结果更加精确。
代谢其他联合分析方法装置

[发明专利]一种基于三代测序检测多样本量比较转录组分析方法-CN201911415269.5有效
发明人：郑洪坤;王运通;李绪明 -专利权人： 北京百迈客生物科技有限公司
申请日： 2019-12-31 - 公布日： 2023-06-06 - 主分类号： G16B20/00 文献下载
摘要：本发明实施例提供一种基于三代测序检测多样本量比较转录组分析方法，方法包括：三代测序下机数据质控，获取三代全长转录本，进行CDS和PEP预测，基于预测结果进行基因家族聚类，获取直系同源基因、旁系同源基因和物种特有基因；对直系同源基因进行宏观进化分析、SSR检测和标记开发，以及进行功能基因定位，挖掘研究材料不同亚种或近源物种快速进化基因；对旁系同源基因进行WGD事件检测和个别家族的基因家族树分析；对物种特有基因进行数据库注释，明确研究材料的特有基因的特有功能。本发明实施例在处理多样本量比较转录组数据时，整体上，提供了一套完善的科学研究方法进行生物信息学的研究。
一种基于三代测序检测多样比较转录组分方法

[发明专利]样品中细菌菌群组成和绝对含量的检测方法-CN202211132013.5在审
发明人：郑洪坤;张雪川;毕经德;贾帅;张雨;王年;秦玉丽 -专利权人： 北京百迈客生物科技有限公司
申请日： 2022-09-16 - 公布日： 2023-05-05 - 主分类号： C12Q1/689 文献下载
摘要：本发明公开了样品中细菌菌群组成和绝对含量的检测方法。具体地，本发明提供针对细菌16S rRNA基因拷贝数绝对定量的定量标准品、测序方法及其应用。本发明是在三代Pacbio全长微生物多样性测序的基础上建立的全长16S rRNA基因绝对定量测序技术，相较NGS绝对定量方法，具有精确到“种”水平的分辨率和细菌菌群组成“绝对定量”两大技术优势。
样品细菌组成绝对含量检测方法

[实用新型]微液滴生成设备-CN202320122795.8有效
发明人：郑洪坤;刘敏;郭焕鹏;夏凯;鲁守波;齐观凡 -专利权人： 北京百迈客生物科技有限公司
申请日： 2023-02-06 - 公布日： 2023-04-28 - 主分类号： C12M1/36 文献下载
摘要：本实用新型涉及微流控技术领域，提供一种微液滴生成设备，包括壳体；气源模块，用于提供所需气体压力；稳压输出模块，用于提供稳定气压，具有多个第一进气口和第一出气口，第一进气口与气源模块连通；芯片固定模块，用于固定芯片，且芯片固定模块与第一出气口连通；显示控制模块，与气源模块和稳压输出模块连接；显示控制模块为用户提供操作界面；底板，设置于壳体和芯片固定模块的底部。本实用新型提供通过气源模块提供所需气体压力，通过稳压输出模块提供稳定气压；芯片固定模块对芯片进行固定和夹紧，保证了芯片的气密性和位置的精确度，简化了微液滴生成设备的结构，大大减小了微液滴生成设备的体积和重量，提高了便携性。
微液滴生成设备

[实用新型]空间转录组生物芯片-CN202222884503.2有效
发明人：郑洪坤;刘敏;张梦龙 -专利权人： 北京百迈客生物科技有限公司
申请日： 2022-10-31 - 公布日： 2023-03-24 - 主分类号： C12M1/00 文献下载
摘要：本实用新型涉及生物技术领域，提供一种空间转录组生物芯片，包括：透明基底，透明基底通过光刻与刻蚀形成微孔区域，微孔区域内形成微孔结构，用于放置带引物的编码微球。本实用新型提供的一种空间转录组生物芯片，由于采用了透明基底，其可以进行HE染色、甲苯胺蓝染色与马松染色等的明场显微成像，结合基因表达结果与明场染色结果进行对比分析；另外本芯片的微孔结构分辨率高，能够实现亚细胞级别的空间转录组数据分析。
空间转录生物芯片

[实用新型]玻片夹具-CN202223394509.8有效
发明人：郑洪坤;刘敏;郭焕鹏;张梦龙;冀旭辉 -专利权人： 北京百迈客生物科技有限公司
申请日： 2022-12-19 - 公布日： 2023-03-24 - 主分类号： C12M1/34 文献下载
摘要：本实用新型涉及基因检测技术领域，提供一种玻片夹具，包括：所述底板具有相对的第一表面和第二表面，所述第一表面设有第一凹槽，所述第二表面设有多个导热柱；玻片设置于所述第一凹槽内；所述压板具有相对的第三表面和第四表面，所述第三表面与所述第一表面贴合，所述第三表面设有第二凹槽，所述第二凹槽与所述第一凹槽位置对正；密封垫设置于所述第二凹槽内；一对紧固结构用于将所述压板和所述底板进行紧固。本实用新型提供的玻片夹具，通过设置密封垫、导热柱以及紧固结构，使玻片夹具同时具备密封功能、加热功能以及紧固功能，实现了玻片夹具功能的多样化，不需要将玻片夹持出玻片夹具外即可对组织进行检测，简化了检测工序，提高了检测效率。
夹具

[发明专利]一种单细胞全长转录组文库的构建方法及其应用-CN202211352114.3在审
发明人：郑洪坤;刘敏;衣春霖;张坦 -专利权人： 北京百迈客生物科技有限公司
申请日： 2022-10-31 - 公布日： 2023-03-21 - 主分类号： C12Q1/6806 文献下载
摘要：本发明涉及基因工程技术领域，尤其涉及一种单细胞全长转录组文库的构建方法及其应用。所述构建方法包括在beads上连接barcode序列，将连接有barcode序列的beads、油相和细胞混合后包裹形成待测油包水；针对所述待测油包水提取DNA之后进行ONT检测。本发明通过在建库时，采用带有barcode序列的beads给每个细胞转录组加上不同barcode标记，在测序后可以进行快速的数据筛选，这使得扩增后的全长基因不需打断，可以直接进行ONT平台测序，较大程度上提高了检测效率和准确率。
一种单细胞全长转录文库构建方法及其应用

[发明专利]长编码序列二氧化硅微珠的制备方法-CN202211139445.9在审
发明人：郑洪坤;刘敏;张梦龙 -专利权人： 北京百迈客生物科技有限公司
申请日： 2022-09-19 - 公布日： 2023-03-14 - 主分类号： C12Q1/6806 文献下载
摘要：本发明公开了长编码序列二氧化硅微珠的制备方法。该方法以羧基修饰的二氧化硅微珠为载体，与氨基修饰的寡核苷酸序列以共价键方式连接。然后通过T4连接酶，催化后续寡核苷酸序列的5’‑P末端和3’‑OH末端之间以磷酸二酯键结合。该方法能够得到多种barcode二氧化硅微珠，与传统的PCR方法合成Barcode微珠相比，优点在于减小反应的偏差，提高了连接效率，且操作简单易行，应用前景广阔。
编码序列二氧化硅制备方法

[发明专利]基于亚细胞水平空间芯片的三色荧光解码方法-CN202211139855.3在审
发明人：郑洪坤;刘敏;张梦龙;李佳 -专利权人： 北京百迈客生物科技有限公司
申请日： 2022-09-19 - 公布日： 2023-03-03 - 主分类号： C12Q1/6837 文献下载
摘要：本发明提供一种基于亚细胞水平空间芯片的三色荧光解码方法，其是将带有不同序列结构的微球组装到微孔玻璃片上，通过带有不同荧光标签的探针对芯片进行解码，从而得到解码后能够用于下一步空间测试的芯片。相较于传统的生物芯片而言，该方法有利于更好地研究亚细胞水平的组织空间位置信息。
基于细胞水平空间芯片三色荧光解码方法

[外观设计]微液滴生成仪-CN202230358729.1有效
发明人：郑洪坤;刘敏;郭焕鹏;夏凯;鲁守波 -专利权人： 北京百迈客生物科技有限公司
申请日： 2022-06-13 - 公布日： 2022-12-16 - 主分类号： 24-01 文献下载
摘要：1.本外观设计产品的名称：微液滴生成仪。2.本外观设计产品的用途：用于生成微液滴。3.本外观设计产品的设计要点：在于形状。4.最能表明设计要点的图片或照片：立体图1。
微液滴生成

[实用新型]微液滴生成装置和微液滴生成系统-CN202220998530.X有效
发明人：郑洪坤;刘敏;郭焕鹏;夏凯;鲁守波 -专利权人： 北京百迈客生物科技有限公司
申请日： 2022-04-26 - 公布日： 2022-10-28 - 主分类号： B01L3/00 文献下载
摘要：本实用新型涉及微流控技术领域，提供一种微液滴生成装置和微液滴生成系统，所述微液滴生成装置包括：盖体、底座和多个微液滴芯片；所述盖体设有多个第一气道，所述第一气道贯穿所述盖体，所述微液滴芯片上设有至少一个槽组结构，所述槽组结构包括收集槽和多个物料槽，多个所述物料槽分别通过微流道与所述收集槽相连通；所述盖体盖设于所述底座，所述微液滴芯片位于所述底座和所述盖体之间，每一所述物料槽与所述盖体密封连接以形成第一容置腔体，每一所述槽组结构对应的多个所述第一容置腔体与多个所述第一气道一一对应相连通。该微液滴生成装置可批量制备多组微液滴且操作简单。
微液滴生成装置系统

[实用新型]用于单细胞微液滴生成仪的气体参数检测装置-CN202220907455.1有效
发明人：郑洪坤;刘敏;郭焕鹏 -专利权人： 北京百迈客生物科技有限公司
申请日： 2022-04-19 - 公布日： 2022-08-23 - 主分类号： G01N1/28 文献下载
摘要：本实用新型涉及气压检测设备技术领域，提供一种用于单细胞微液滴生成仪的气体参数检测装置，包括：壳体、检测气路、处理器及显示设备；壳体上设有多个进气口与多个出气口，多个进气口与多个出气口一一对应设置；进气口与压力泵的出气端连通，出气口与单细胞微液滴生成仪的进气端连通；检测气路设有多个，多个检测气路均设于壳体内；检测气路的一端与进气口连通，检测气路的另一端与出气口连通；检测气路靠近进气口的一端设有流量传感器，检测气路靠近出气口的一端设有压力传感器；流量传感器及压力传感器分别与处理器通讯连接；显示设备与处理器通讯连接；本实用新型可同时对多个压力泵输出的气体参数进行检测。
用于单细胞微液滴生成气体参数检测装置

[发明专利]微液滴生成设备-CN202210465986.4在审
发明人：郑洪坤;刘敏;郭焕鹏;夏凯;鲁守波 -专利权人： 北京百迈客生物科技有限公司
申请日： 2022-04-26 - 公布日： 2022-08-12 - 主分类号： B01L3/00 文献下载
摘要：本发明涉及微流控技术领域，提供一种微液滴生成设备，所述微液滴生成设备包括：供气单元、气压控制单元、气压检测单元和微液滴生成装置；气压检测单元包括气路板，气路板内设有气体分流通道和多个气压检测通道；供气单元与气体分流通道的入口端相连，气体分流通道的多个出口端与多个气压检测通道的入口端通过气压控制单元一一对应相连，气压控制单元用于检测气体分流通道输出的多路气体的气压，多个气压检测通道的出口端与微液滴生成装置的多个进气接口一一对应相连。该微液滴生成设备通过气路板和气压控制单元实现了气体分流、压力控制和气压检测，简化了微液滴生成设备的结构，减小了微液滴生成设备的体积和重量，提高了其便携性。
微液滴生成设备

[发明专利]一种基于全转录组高通量测序构建基因调控网络的方法-CN201811641406.2有效
发明人：郑洪坤;温颜华;聂佩瑶;黎松;林海军 -专利权人： 北京百迈客生物科技有限公司
申请日： 2018-12-29 - 公布日： 2022-07-15 - 主分类号： G16B25/10 文献下载
摘要：本发明涉及生物医学技术领域，具体涉及一种基于全转录组高通量测序构建基因调控网络的方法。在全转录组高通量测序数据的基础上，通过对差异表达的基因、lncRNA、circRNA及miRNA的筛选，以及基因、lncRNA与circRNA的共表达分析和miRNA结合靶点预测，构建疾病相关的竞争性内源RNA调控网络，根据随机游走算法筛选出调控网络中的关键基因，并通过通路富集分析确定关键基因显著富集的通路，结合通路的基因调控关系，分析关键基因在调控疾病过程中的生物学机理。本发明提供的疾病相关关键基因的鉴定及其调控网络的构建方法，为研究复杂疾病的发生发展机制提供了新的思路。
一种基于转录通量构建基因调控网络方法

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