本发明属于动物传染病学检测领域,本发明提供一组用于鉴别变异型PEDV和TGEV的实时荧光定量PCR检测引物和探针。根据变异型猪流行性腹泻病毒N基因,设计一对检测引物和探针,所述引物序列如SEQ ID NO.1‑3所示;根据猪传染性胃肠炎病毒S基因,设计一对检测引物和探针,所述引物序列如SEQ ID NO.4‑6所示。根据所述引物和探针建立一种可以快速鉴别变异型PEDV和TGEV的实时荧光定量PCR方法。该方法与其他常见猪源病原体不发生非特异性的反应。本发明的方法可在短时间内快速鉴别诊断,省时省力省成本,同时具有特异性强,稳定性好,灵敏度高的特点,特别适合于临床上混合感染样品中的鉴别诊断。