本发明涉及山羊分子标记筛选技术领域，尤其涉及关键基因JAK2中影响山羊生长性状的插入缺失标记及其应用。所述插入缺失标记位于山羊JAK2基因第二内含子区，核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，5’端起第295bp处存在TCCAT的5bp插入或缺失。关联分析结果显示，所述插入缺失标记与山羊的胸深、胸宽、体重、体高、胸围指数相关。所述插入缺失标记能够作为山羊生长性状的分子遗传标记，从而加快建立具有优良生长性状的山羊种群，提高良种选育速度。
本发明公开了FGF7基因中一种与山羊生长性状关联的插入缺失标记及应用。所述的插入缺失标记位于山羊FGF7基因第二内含子区，其核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示，5’端起第93‑114位插入或缺失，插入或缺失片段的核苷酸序列如SEQ ID NO.4所示。本发明所提供的插入缺失标记可用于山羊生长性状分子标记辅助选育领域中，用于对山羊生长性状的筛选，为选育或培育具有优良生长性状的山羊品种提供理论依据和遗传基础，有利于提高育种效率，加快山羊育种进程。
