本发明提供了玉米穗行数相关基因GRMZM2G098557的InDel分子标记及应用，位于玉米基因组Chr4:199959398bp，等位基因为5bp插入/缺失，该InDel分子标记与玉米穗行数显著相关，等位基因为5bp的插入/缺失，在供试自交系中有插入/缺失两种纯合基因型，所述5bp的序列如SEQ ID NO.1所示，其位点侧翼序列如SEQ ID NO.2所示。
本发明公开了一种定性检测水稻耐消化淀粉含量的方法，该方法包括：以待测水稻的基因组DNA为模板，采用如SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2所示核苷酸序列的引物对进行PCR扩增；若所述水稻为籼稻时，扩增产物包含106bp和473bp两种条带，若所述水稻为粳稻时，扩增产物包含93bp、106bp和380bp三种条带，则说明待测水稻中耐消化淀粉含量高于25％，否则，耐消化淀粉含量低于25％。本发明方法可从F2苗期进行耐消化淀粉含量高的水稻品种的筛选，既加快了育种进度又节省了种植成本，并且可以对目标性状逐代追踪，在回交过程中不易丢失目标性状。
