本发明涉及鉴别长梗黄精(Polygonatum filipe)和多花黄精(Polygonatum cyrtonema)的特征序列、特异性标记引物,以及快速鉴定的方法。所述特征序列如SEQ ID NO.1所示,所述引物序列如下:上游引物826F1:5′‑ACACACACCACTAATGAAA‑3′,下游引物826R1:5′‑AAACTACTAAGAGAGCGTGAG‑本发明特征序列和分子特异性标记引物可对长梗黄精和多花黄精进行快速的鉴别,方法简单、快捷、准确,是表观特征辨别长梗黄精和多花黄精所不能替代的分子手段。