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[发明专利]FFPE样本建库的方法及其应用-CN202110506226.9在审
发明人：胡玉刚;汪彪;郑文莉;吴强 -专利权人：纳昂达（南京）生物科技有限公司
申请日： 2021-05-10 - 公布日： 2021-06-22 - 主分类号： C40B50/06 文献下载
摘要：本发明提供了一种FFPE建库的方法及其应用。该方法包括：通过利用内切酶进行酶切片段化，对片段化DNA依次进行末端修复加A及接头连接，对连上接头的DNA片段进行PCR扩增，得到测序文库，其中内切酶具有如下功能：a)在DNA缺口处切割；b)保留双链末端突出碱基部分由于FFPE在固定的过程中和固定之前都有带来降级和部分碱基的脱落，该方法充分利用FFPE的本身的缺口问题，能够在缺口处断裂DNA片段的酶打断DNA后结合正常的补平加A、连接接头和PCR扩增的方式进行建库，解决了由于FFPE本身的损伤和打断损伤不兼容导致的建库效率低的问题，从而解决了降解比较严重的样本难以建库的问题。
ffpe 样本方法及其应用

[发明专利]一种基于核酸内切酶的快速WGS建库方法-CN201910602417.8在审
发明人：杨熹;邢彦如;王文婧;陈芳;朱师达 -专利权人：深圳华大生命科学研究院
申请日： 2019-07-05 - 公布日： 2021-01-05 - 主分类号： C12Q1/6806 文献下载
摘要：本发明公开了一种基于核酸内切酶的快速WGS建库方法。本发明提供了一种制备DNA文库的方法，依次包括如下步骤：(1)采用核酸内切酶进行打断；所述核酸内切酶具有在双链DNA上产生单链切口的活性；(2)同时采用Taq‑Klenow和DNA聚合酶进行末端补平和加A，同时利用DTT进行灭活前一步骤中加入的核酸内切酶；(3)完成步骤(2)后，不进行纯化，直接进行加接头。从而实现简化和稳定的WGS(包括PCR‑free WGS)建库。
一种基于核酸内切酶快速 wgs 方法

[发明专利]DNA二代测序文库及其构建方法、构建试剂盒-CN201910735767.1在审
发明人：刘杨杨;李瑞强;李雷;姚文钧;宋迎楠;成岗 -专利权人：北京诺禾致源科技股份有限公司
申请日： 2019-08-09 - 公布日： 2019-11-22 - 主分类号： C12N15/10 文献下载
摘要：其中，该构建方法包括以下步骤：将DNA样本通过酶切的方法获得片段化的原始模版DNA，然后无需纯化酶切反应液，直接将酶切产物进行基于单链接头连接的方法构建DNA二代测序文库。应用本发明的技术方案，基于酶切进行片段化并联用单链建库的方法来构建FFPE样本NGS测序文库，简单阐述为：使用酶切的方法对FFPE DNA进行片段化，之后无需对反应产物进行纯化，直接利用单链建库方法构建测序文库，该方法能够对低起始量、样本降解严重的FFPE样本进行建库，提高建库成功率以及原始模版检出数量。
构建测序文库建库片段化单链酶切原始模版样本接头连接酶切产物样本降解纯化酶起始量试剂盒并联检出成功率应用

[发明专利]一种双酶切简化基因组二代测序文库构建方法及配套试剂盒-CN201510765534.8在审
发明人：杨国骞;郭岑;陈云梅;郭英;王晓燕;郭振华;李德铢 -专利权人：中国科学院昆明植物研究所
申请日： 2015-11-11 - 公布日： 2016-06-22 - 主分类号： C40B50/06 文献下载
摘要：本发明提供了一种基于双酶切的简化基因组二代测序文库构建方法及试剂盒，本发明针对现有双酶切简化基因组测序文库构建方法不足，扩展了双酶切组合范围，减少了简化基因组文库构建对贵重仪器的过分依赖，简化了建库流程，降低了建库成本并改善了测序效率，同时该技术操作简单灵活更容易的被科研人员掌握并能在普通的分子实验室中实现。
一种双酶切简化基因组二代序文构建方法配套试剂盒

[发明专利]一种核酸的双接头单链环状文库的构建方法和试剂-CN201480082967.7有效
发明人：江媛;李巧玲;阿莱克谢耶夫·安德烈;贺罗维茨·埃文;赵霞;王童;董超;李栋;徳马纳克·拉多杰;章文蔚;蒋慧 -专利权人：深圳华大智造科技有限公司
申请日： 2014-11-26 - 公布日： 2019-03-26 - 主分类号： C40B50/06 文献下载
摘要：一种核酸的双接头单链环状文库的构建方法和试剂，该方法包括：将核酸打断成核酸片段；连接第一接头序列；扩增得到两端具有第一接头序列的第一产物，其中引物序列上具有U碱基位点且具有或不具有切口酶识别序列，并且其中一条引物序列上具有第一亲和标记；使用USER酶酶切第一产物；环化酶切后的第一产物；去磷酸化酶或切口酶处理环化产物；使用固相载体与环化分子结合；进行限制性缺口平移反应；消化除去未发生限制性缺口平移反应的部分；连接第二接头序列；扩增得到两端具有第二接头序列的第二产物该方法能够提高文库插入片段长度，简化建库流程，缩短建库时间，降低建库成本。
接头序列核酸建库缺口平移引物序列单链环切口酶双接头构建环化扩增文库单链核酸分子文库插入片段分子结合固相载体核酸片段环化产物碱基位点亲和标记去磷酸化环化酶变性酶酶打断消化

[发明专利]一种单细胞转录组测序文库的构建方法及其应用-CN202010233568.3有效
发明人：万瑛;于海礼;仇鑫;陈钢;郑子寒;倪青山;周逸文;许昊 -专利权人：中国人民解放军陆军军医大学
申请日： 2020-03-27 - 公布日： 2023-05-30 - 主分类号： C12Q1/6806 文献下载
摘要：本方法包括以下步骤：在孔板中对分选的单细胞进行裂解，利用逆转录引物进行逆转录合成第一链cDNA；利用置换合成反应合成第二链cDNA；利用Tn5转座酶将双链cDNA片段化；利用PCR富集片段化的模板；利用本发明利用Tn5转座酶直接对双链cDNA进行酶切，无需对cDNA进行PCR预扩增，可减少文库偏好性，获得更准确的转录组信息；同时使用Tn5转座酶能够提高建库效率，缩短建库时间。本方法建库步骤简单，可检测更多的基因，有效降低中低丰度基因dropout的比例，减少建库时间和成本，有利于在单细胞层面上进行更精细的研究。
一种单细胞转录序文构建方法及其应用

[发明专利]一种利用转座酶进行链特异性建库的方法-CN202210214878.X在审
发明人：徐盛春;陶晓园;李素娟;陈光;王剑 -专利权人：浙江省农业科学院
申请日： 2022-03-07 - 公布日： 2023-09-19 - 主分类号： C12N15/10 文献下载
摘要：本发明公开了一种利用转座酶进行链特异性建库的方法，该方法包括：制备带有dU序列接头的Tn5转座酶；提取总RNA，纯化得到mRNA；逆转录形成cDNA双链产物；先切割cDNA双链产物，然后回收纯化，再补平末端；最后降解双链DNA产物中的含U模板，进行PCR扩增建库。本发明根据转座酶能够切割DNA的特征，利用高保真酶3’‑5’外切酶活性和尿嘧啶停滞特性，精心设计了带有dU序列的转座酶接头引物，从而在转座酶切割粘贴接头序列后，只有特定方向插入的DNA能被扩增建库，从而达到链特异性建库的目的该链特异性建库的方法具有简洁的操作步骤和优秀的建库质量，可以作为通用的链特异性建库策略用于转录组分析。
一种利用转座酶进行特异性方法

[发明专利]一种基于化学酶切法构建DNA二代测序文库试剂盒-CN202010515814.4在审
发明人：方小云 -专利权人：俊兮生物科技（上海）有限公司
申请日： 2020-06-09 - 公布日： 2020-11-13 - 主分类号： C12Q1/6806 文献下载
摘要：本发明提供一种基于化学酶切法构建DNA二代测序文库试剂盒，所述试剂盒自带的模块包括酶切试剂、加A尾、加接头、PCR扩增、杂交试剂、捕获试剂和PCR富集；自行采购的商业试剂有：纯化磁珠‑贝克曼；链霉亲和素磁珠‑thermo；RNA探针‑安捷伦和乙醇‑分析纯，本发明样本产量更高，较物理打断，化学酶切对低起始量DNA建库更友好，样本通量灵活，可同时酶切1‑96个样本，省时高效，建库成本降低，减少样本转管的次数，可以降低样本转管错误造成的样本混淆错误，提高了操作可控性，低质量低投入量的DNA通过酶切建库，其复杂度及插入片段均在可控范围内，适用范围广且数据可靠。
一种基于化学酶切法构建 dna 二代序文试剂盒

[发明专利]一种适用于植物的Hi-C高通量测序建库方法-CN201811086366.X在审
发明人：冯欢 -专利权人：武汉菲沙基因信息有限公司
申请日： 2018-09-18 - 公布日： 2018-12-21 - 主分类号： C12Q1/6806 文献下载
摘要：本发明涉及一种适用于植物的Hi‑C高通量测序建库方法，包括：(1)样品冰上真空甲醛交联；(2)裂解交联后物料，释放染色质；染色质依次经SDS灭活内源酶、经MboI内切酶酶切打断获得酶切后物料；MboI内切酶的浓度为5000units/mL，酶切条件为：900rpm，37℃孵育过夜；(3)酶切后物料进行末端修复；(4)末端修复后DNA分子内连接；(5)解交联分子内连接后物料并去除未连接的末端生物素，获得纯化DNA，该方法通过设计合适的甲醛交联条件、内源酶灭活条件以及合适的工具酶，解决了植物细胞难释放细胞质、质量不好的植物样品建库效果差的技术问题，实现了植物的Hi‑C高通量测序建库，扩大了Hi‑C技术的适用范围。
建库酶切高通量测序甲醛交联末端修复内连接内切酶内源酶染色质灭活打断细胞质测序文库植物细胞植物样品释放超声波工具酶解交联生物素未连接测序孵育交联裂解去除

[发明专利]过滤酶切建库方式引入噪音的方法和装置-CN202111649916.6有效
发明人：蒋才;戴鹏;程陶然;朱文鑫 -专利权人：纳昂达（南京）生物科技有限公司
申请日： 2021-12-29 - 公布日： 2022-11-29 - 主分类号： G16B30/10 文献下载
摘要：本发明公开了一种过滤酶切建库方式引入噪音的方法和装置。该方法包括：获取酶切建库双端测序下机数据并比对至参考基因组序列，再从中提取含有Soft Clip标记的读段，并统计各读段中Soft Clip碱基数；将Soft Clip碱基数大于阈值T1的读段记为候选处理序列，并提取各候选处理序列的比对位置以及Soft Clip碱基序列；根据各候选处理序列的比对位置前后延伸D长度得到延伸区域，并寻找与Soft Clip碱基序列相似的序列，若相似度大于阈值T2，视为含有酶切噪音的读段存于去除文件中
过滤酶切建库方式引入噪音方法装置

[发明专利]一种基于ⅡB型限制性内切酶酶切的简化基因组建库方法-CN201410838513.X在审
发明人：孙子奎;高文学;丁方美;王锋;唐嘉婕 -专利权人：上海派森诺生物科技有限公司
申请日： 2014-12-26 - 公布日： 2015-04-29 - 主分类号： C40B50/06 文献下载
摘要：本发明涉及分子生物学技术领域，公开了一种基于ⅡB型限制性内切酶酶切的简化基因组建库方法，包含下述步骤：(1)以BsaXI酶对基因组DNA进行酶切；(2)对酶切产物连接接头一和接头二；(3)纯化连接产物；本发明所提供的建库方法简便快捷，建库成本低，且建得文库的准确性高，可以更有效地进行高通量测序。
一种基于限制性内切酶酶切简化基因组建方法

[发明专利]一种转录组建库的方法、试剂和应用-CN201811475952.3在审
发明人：唐冲;陈智超;郭梅;石卓兴;杨林峰;高强 -专利权人：深圳华大基因科技服务有限公司
申请日： 2018-12-04 - 公布日： 2020-06-12 - 主分类号： C12N15/10 文献下载
摘要：本申请公开了一种转录组建库的方法、试剂和应用。本申请的转录组建库方法包括，采用带U碱基的引物对cDNA进行PCR扩增，然后对扩增产物进行酶切将U碱基消化去除，制备具有黏性末端的PCR扩增产物，利用所制备的黏性末端，与含有互补黏性末端的接头互补连接，本申请的转录组建库方法，在cDNA的PCR扩增引物中引入U碱基，通过一组酶先进行U碱基酶切，产生黏性末端，再利用酶切得到的黏性末端与接头连接，此过程在一管中一步完成；减少了Pacbio全长转录组建库步骤和操作环节，缩短了建库时间，并降低建库成本。
一种转录组建方法试剂应用

[发明专利]低频引入突变的酶切打断建库方法和试剂盒-CN202111296374.9在审
发明人：曲燕;胡玉刚;吴强 -专利权人：纳昂达（南京）生物科技有限公司
申请日： 2021-11-03 - 公布日： 2021-12-24 - 主分类号： C40B50/06 文献下载
摘要：本发明公开了一种低频引入突变的酶切打断建库方法和试剂盒。其中，该酶切打断建库方法包括DNA酶切片段化和补平加A、接头连接、PCR扩增和文库纯化的步骤，其中，DNA酶切片段化和补平加A步骤中，通过控制常温DNA聚合酶的用量控制反复切割和链置换。应用本申请的技术方案，除了保证打断的效率和稳定性，同时也避免了由于打断引入大量的突变导致影响酶切打断在NGS测序过程中的应用，做到打断水平和超声相当的水平，使本申请的酶切打断能够在临床检测过程中得到很好的应用
低频引入突变打断方法试剂盒

[发明专利]一种适用于海洋藻类的Hi-C高通量测序建库方法-CN202010274567.3在审
发明人：冯欢 -专利权人：嘉兴菲沙基因信息有限公司
申请日： 2020-04-09 - 公布日： 2020-07-24 - 主分类号： C12Q1/6806 文献下载
摘要：本发明提供的适用于海洋藻类的Hi‑C高通量测序建库方法包括：1)海洋藻类样品甲醛交联；2)液氮研磨和裂解液并行裂解交联物料，释放并收集细胞染色质；3)percoll纯化细胞染色质；4)纯化后的染色质依次经SDS灭活内源酶、MboI核酸内切酶酶切打断获得酶切物料；5)酶切物料依次经粘性末端补平、分子内连接获得分子内连接物料；6)解交联分子内连接物料并纯化，打断纯化后的DNA成利于测序的片段大小从而获得DNA该方法设计合适的细胞壁去除方法、细胞核纯化方法，使分析阶段背景噪音干扰显著减少，同时也解决了海洋藻类细胞壁厚难释放细胞质、海洋藻类样品建库效果差的技术问题，实现了海洋藻类的Hi‑C高通量测序建库，扩大了
一种适用于海洋藻类 hi 通量测序建库方法

[发明专利]一种酶切法打断建库中人工片段产生的假阳性突变的过滤方法-CN202311164937.8在审
发明人：骆磊;程涛;夏艳;黄宇;陈维之;杜波 -专利权人：臻和（北京）生物科技有限公司
申请日： 2023-09-11 - 公布日： 2023-10-17 - 主分类号： G16B20/50 文献下载
摘要：本申请公开了一种酶切法打断建库中人工片段产生的假阳性突变的过滤方法，属于基因测序领域。reads来源于人工片段的可能性分为6个等级，给不同等级的reads分配不同的权重计算得到支持reads中来源于人工片段的比例，通过为其设置阈值和对突变进行频率修正，过滤假阳性突变，最终精准的消除由于酶切法打断建库中产生的人工片段带来的高假阳率缺陷该方法灵活、针对性强、敏感度高、结果稳定可靠，可以帮助酶切法打断的建库方式替代目前的超声法打断建库方式。
一种酶切法打断建库中人工片段产生阳性突变过滤方法

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