本发明涉及植物栽培技术领域,具体涉及草莓MADS‑box转录因子FaMADS6基因的应用,该草莓MADS‑box转录因子FaMADS6基因的碱基序列如SEQ ID NO.1所示,本发明克隆出草莓FaMADS6基因全长,并通过进化树和蛋白序列分析发现,FaMADS6蛋白隶属于ABCDE花发育模型的B‑class类型,也是PISTILLATA亚家族成员。此外,在草莓果实中瞬时过量表达和沉默抑制中发现,FaMADS6是草莓果实花青苷积累的负调节剂。随后,通过酵母单杂交、EMSA、双荧光素酶和GUS实验验证了FaMADS6蛋白结合并负调控FaMYB10。总之,该FaMADS6基因对调控草莓果实花青素具有实际的应用价值。