本发明属于基因工程技术领域，公开了一种短DNA序列在柑桔类群和柑桔种苗鉴定的应用，鉴定短DNA序列的引物序列为SEQ ID NO：1和SEQ ID NO：2，以及由该引物界定的序列在主要柑桔类群的代表序列及其本发明通过给定引物扩增柑桔基因组，得到目标短序列并进行克隆测序分析；根据片段SSR、Indel和/或SNP变异特性或变化组合，可对柑桔的杂合状态、柑桔类群和柑桔种苗进行鉴定。本发明通过对一段特定短序列的克隆测序，比较测序序列的特征，完成柑桔类果树不同材料的分析鉴定。通过对序列进行基因组扩增、克隆、测序和与组合特征表比对分析，对柑桔类果树进行类群区分。
