本发明公开了一种禾生指梗霉菌SSR分子标记引物、禾生指梗霉菌检测试剂盒及应用。所述禾生指梗霉菌SSR分子标记引物,包括18对引物对,所述引物对的序列如:SEQ ID No.1~SEQ ID No.36所示。本发明利用生物信息学方法从禾生指梗霉菌基因组DNA序列中挖掘SSR位点,进行EST‑SSR分子标记的开发,克服了禾生指梗霉菌SSR分子标记获取困难的技术问题;本发明使用从不同地域分离的谷子白发病菌菌株的对开发的SSR引物进行PCR鉴定,所获扩展序列多态性高、测定结果真实可靠;本发明获取禾生指梗霉菌SSR分子标记引物的方法简单,操作简便,获得的分子标记数量巨大。