本发明提供一种大豆耐盐性的检测方法,具体为:首先提取待测大豆基因组DNA,再分别以SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2为上下游引物,对大豆基因组DNA进行PCR扩增,对反应产物进行琼脂糖凝胶电泳,回收PCR扩增产物;然后利用限制性内切酶XbaI对回收的PCR扩增产物进行酶切,对酶切产物进行琼脂糖凝胶电泳检测,若酶切产物为324bp的DNA片段,则待测大豆为耐盐大豆;若酶切产物为280bp和40bp的两个DNA片段,则待测大豆为盐敏感大豆;本发明是利用Glyma.03g171500基因起始密码子上游‑643位核苷酸进行甄别,在大豆苗期就可以利用该分子标记对大豆耐盐性进行鉴定,结果准确,操作简便,大大提高育种效率