本发明公开了一种与大白菜CCA1基因编码区突变相关的功能性标记,包括与区分5'端6bp插入相关的功能性标记,分别命名为5‑InDel‑W150和5‑InDel‑m156,5‑InDel‑W150的片段大小为150bp,如SEQ ID No.1所示,5‑InDel‑m156的片段大小为156bp,如SEQ ID No.2所示;与区分3'端6bp插入相关的功能性标记,分别命名为3‑InDel‑W133和3‑InDel‑m139,3‑InDel‑W133的片段大小为133bp,如SEQ ID No.3所示,3‑InDel‑m139的片段大小为139bp,如SEQ ID No.4所示。本发明为培育耐抽苔大白菜提供了辅助选择的工具,同时也可用于大白菜种质资源鉴定。本发明的应用可大大简化筛选手段、缩短转育年限,避免了常规育种方法中选择的盲目性。