本发明公开一种鉴定西瓜果皮颜色的分子标记组合、引物对、试剂盒以及方法,属于鉴定西瓜果皮颜色的技术领域。为了更快捷和准确地在西瓜苗期进行果实皮色鉴定。本发明提供一种鉴定西瓜浅绿色果皮性状的分子标记组合:SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2所示,如果待检测的西瓜含有SEQ ID NO.1序列则西瓜为浅绿色果皮;如果待检测的西瓜含有SEQ ID NO.2序列则西瓜为绿色果皮。通过分子标记辅助选择方法,在西瓜苗期即可对果皮颜色进行分子标记辅助选择,提高了筛选的准确性和效率,具有重要的理论和实践意义。