[发明专利]与猪肌纤维、肋骨数及背膘厚相关的分子标记、引物、检测方法及应用

说明书

本申请公开了与猪肌纤维、肋骨数及背膘厚相关的分子标记、引物、检测方法及应用，涉及分子标记技术领域。所述分子标记位于MYLPF基因中，所述分子标记序列如SEQ ID NO:4所示，该序列位于MYLPF基因202转录本第一外显子处，用于检测SNP位点突变。本申请利用构建的MYLPF基因启动子置换双荧光素酶报告载体确定影响猪肌纤维的周长、面积以及肋骨数和平均背膘厚的致因突变，在启动子上的突变位点设计特异性引物并进行扩增，利用限制性内切酶NlaIII对该位点进行多态性检测，根据多态性检测的结果来区分猪个体间肌纤维的周长、面积以及肋骨数和平均背膘厚相关差异，不需要进行大量的群体规模采样与测定。

技术领域

本申请涉及分子标记技术领域，具体涉及与猪肌纤维、肋骨数及背膘厚相关的分子标记、引物、检测方法及应用。

背景技术

我国是猪肉生产和消费大国，随着对猪的生长速度和出栏量等提高产肉率指标的关注，肉质有所下降。因此，对于肉质的遗传改良成为育种工作的一大重要研究方向。肌纤维是肌肉组织的基本结构单位，其特性和类型的组成与肉质性状密切相关。前人研究表明，肌纤维的直径、数目以及肌纤维的类型影响肉质。

通过数量性状基因座(QTL)定位研究肉质性状是当前比较流行的研究。已有报道证明，少数主效基因和数量性状核苷酸(QTN)被证明会影响肌纤维，包括MyHC基因簇和MRF基因家族等。MYLPF(Myosin Light Chain,Phosphorylatable,Fast Skeletal Musclegene,also known as HUMMLC2B)编码快肌纤维特异的肌球蛋白调节轻链(fast myosinregulatory light chain,RLC)，对肌纤维正常发育非常重要，其在快速和慢速骨骼肌纤维的发育中均起作用，主要在快肌纤维中表达(Schiaffino and Reggiani 2011)。

猪MYLPF基因在长大二元猪和大白猪背最长肌中呈现差异表达(Xu et al.2005)，且其表达水平与剪切力极显著相关(Lobjois et al.2008)。Wang等在通城猪和大白猪的个体中，通过空间表达分析发现MYLPF基因在骨骼肌中高表达，在脂肪细胞中表达量很低，在大脑、心脏、肾、肺、肝、淋巴结、脾、胃、大小肠中不表达(Wang et al.2006)，其包含的SNP多态性与滴水损失和pH值等肉质性状显著相关。研究表明，MYLPF可能被肌细胞增强因子(Myocyte enhancer factor,MEF2)和肌源性碱性螺旋-环-螺旋(Myogenic basic helix-loop-helix,bHLH)蛋白调控，这些蛋白与斑马鱼MYLPF启动子区域的几个MEF2结合位点和e-box结合。因此，MYLPF基因可能是调控骨骼肌发育和影响肉质的候选基因。

由此可见，MYLPF基因是影响猪肌纤维的重要功能候选基因，但是时至今日，仍未见有关该基因功能性突变位点被鉴定的研究报道。

发明内容

本申请针对现有技术的缺点，提供了一种与猪肌纤维的周长、面积以及肋骨数和平均背膘厚相关的分子标记、引物、检测方法及其应用，目的在于得到一种与猪肌纤维的周长、面积以及肋骨数和平均背膘厚相关的分子标记，并建立一种能够在较短时间内判断猪肌纤维的周长、面积以及肋骨数和平均背膘厚相关的方法，并辅助育种。

为了实现上述技术目的，本申请主要采用如下技术方案：

第一方面，本申请提供了一种与猪肌纤维的周长、面积以及肋骨数和平均背膘厚相关的分子标记，所述分子标记位于MYLPF基因中，所述分子标记序列如SEQ ID NO:4所示，该序列位于MYLPF基因202转录本第一外显子处，用于检测SNP位点突变。

第二方面，本申请提供了一种扩增如第一方面所述的猪肌纤维的周长、面积以及肋骨数和平均背膘厚相关的分子标记的引物对，所述引物对的正向核苷酸序列为：