[发明专利]水稻幼芽期耐冷基因CTES11b的分子标记及其应用

说明书

本发明公开了一种与水稻幼芽期耐冷基因CTES11b紧密连锁的InDel标记，该InDel标记的序列为AGGCTACGCACCAATCT；定位于SEQ ID No.2所示核苷酸序列的第203至221碱基之间，当第203至221碱基之间的序列缺失时，具有水稻幼芽期耐冷基因CTES11b，表现为耐冷。本发明鉴定到第11染色体上的幼芽期耐冷基因CTES11b以及可对其进行基因型鉴别的共显性分子标记。通过幼芽期耐冷基因CTES11b标记的辅助筛选，能够获得幼芽期耐冷能力显著提高的水稻品种或材料。

技术领域

本发明属于水稻耐冷遗传改良和耐冷分子辅助育种领域，具体涉及一种水稻幼芽期耐冷基因CTES11b的分子标记及其在水稻耐冷遗传改良中的应用。

背景技术

近年来，我国的水稻生产发生了较大的变化。一方面，生产目标从追求产量向降低成本、提高经济效益转变；另一方面，随着我国经济的快速发展，农村主要劳动力向城镇转移，农村劳动力紧缺已成为水稻生产发展的主要限制因素。在这样的背景下，直播由于省时、省工和节约成本，深得农民的欢迎，并迅速推广。据不完全统计，水稻直播面积在安徽省已达56.7万公顷，湖北省为49万公顷，江西省为43.3万公顷，江苏省为69.3万公顷，浙江省为37.3万公顷，广东省为10万公顷，黑龙江省的直播稻面积为40万公顷(陈品等，2013；张喜娟等，2016)。华南双季稻区早稻直播和东北高寒稻区的早粳稻直播往往会遇到春季低温天气，造成缺苗断垄，导致严重减产。这就要求用于直播的水稻种子有较强的幼芽期耐低温能力。而上述稻作区一直以育秧移栽为主，幼芽期耐低温能力长期不作为育种目标，致使许多高产、优质的水稻品种由于芽期耐低温能力弱而不能用作直播稻，限制了直播稻的生产。

培育幼芽期耐冷品种是水稻育种，尤其是直播稻品种选育中的一个重要目标。传统育种方法费时、费力、表型鉴定困难、育种效率低，由于幼芽期耐冷性是典型的数量性状，涉及多个基因位点，且与环境间存在互作效应，使得幼芽期耐冷遗传改良苦难。利用幼芽期耐冷基因及与其紧密连锁的分子标记，开展分子标记辅助选择育种可以有效地解决这一问题。截止目前，已有部分控制幼芽期耐冷的基因位点被定位(严长杰等，1999；Zhang et al，2005；Takeuchi et al,2007；乔永利等，2005；陈玮等，2005；张露霞等，2007；巩迎军等，2009；林静等，2010；周勇等,2013；杨洛淼等，2014；朱金燕等，2015；Yang et al，2016；姜树坤等，2020)。也报道了有一些连锁标记信息，但交换率偏高，选择效果不良。同时，少数紧密连锁的标记属于测序获得的SNP信息，没有转换为紧密连锁标记，因此，针对幼芽期耐冷基因位点的辅助分子标记和标记在水稻分子育种中应用的报道和专利很少。

发明内容

本发明所要解决的技术问题为：提供一个水稻幼芽期耐冷基因CTES11b的分子标记及其在水稻耐冷遗传改良中的应用。

本发明的技术方案为：与水稻幼芽期耐冷基因CTES11b紧密连锁的InDel标记，该InDel标记的序列为AGGCTACGCACCAATCT；定位于SEQ ID No.2所示核苷酸序列的第203至221碱基之间，当第203至221碱基之间的序列缺失时，具有水稻幼芽期耐冷基因CTES11b，表现为耐冷。

检测上述InDel标记的引物对。

进一步地，所述引物对的的上游引物核苷酸序列如SEQ ID No.3，下游引物核苷酸序列如SEQ ID No.4所示。

一种试剂盒，含有上述所述的引物对。

上述所述的InDel标记或引物对或试剂盒在水稻幼芽期耐冷性状辅助育种上的应用。

一种检测水稻是否含有水稻幼芽期耐冷基因CTES11b的方法，包括如下步骤：

(1)提取待检测水稻的基因组DNA；

(2)以基因组DNA为模板，根据所述InDel分子标记上下游序列设计引物对进行PCR扩增；