本发明公开了一种与水稻幼芽期耐冷基因CTES11b紧密连锁的InDel标记,该InDel标记的序列为AGGCTACGCACCAATCT;定位于SEQ ID No.2所示核苷酸序列的第203至221碱基之间,当第203至221碱基之间的序列缺失时,具有水稻幼芽期耐冷基因CTES11b,表现为耐冷。本发明鉴定到第11染色体上的幼芽期耐冷基因CTES11b以及可对其进行基因型鉴别的共显性分子标记。通过幼芽期耐冷基因CTES11b标记的辅助筛选,能够获得幼芽期耐冷能力显著提高的水稻品种或材料。
本发明公开了水稻低温萌发基因CTG6的分子标记及其应用,该分子标记的正向引物序列为:TTGAAATTTGAGATGAAAAGTTGA(SEQ ID No.1所示),反向引物序列为:CATTGGATGGCTAGCTCCTT(SEQ ID No.2所示)。利用本发明的分子标记在水稻生长早期或在苗床上对低温萌发的基因CTG6进行选择,选择效率大大提高,同时能够缩短选择周期。