[发明专利]一种基于全基因组选择的大黄鱼抗内脏白点病优良品系的选育方法

说明书

一种基于全基因组选择的大黄鱼抗内脏白点病优良品系的选育方法，属于动物抗病育种领域。包括以下步骤：1)建立参考群体；2)对参考群体进行抗性性状测量；3)建立选育群体；4)对参考群体和选育群体进行基因分型；5)对选育群体的基因组育种值GEBV进行估算；6)以一定的选择强度选取选育群体GEBV值排在前面的个体作为亲鱼，繁殖产生抗内脏白点病子一代；7)对抗性子一代进行内脏白点病攻毒验证。提高对选育群体基因组育种值的估计准确性，大大缩短育种年限，在一代之内就可获得高抗性的后代，能够减少内脏白点病对大黄鱼养殖产业造成的经济损失，同时也为其他鱼类的抗病育种提供借鉴和基础，具有较高的产业价值。

技术领域

本发明属于动物抗病育种领域，具体是涉及一种基于全基因组选择的大黄鱼抗内脏白点病优良品系的选育方法。

背景技术

大黄鱼(Larimichthys crocea)是我国主要的海水养殖鱼类。据渔业统计年鉴统计，2019年我国大黄鱼总产量达到19.7万吨，位居中国海水鱼类养殖首位，其中福建省总产量16.5万吨，占全国总产量的84％。尽管大黄鱼在我国海水养殖中具有非常重要的地位，但是大黄鱼的遗传改良和抗病育种至今未取得显著进展。随着养殖密度的不断增加，缺乏有效的预防手段，导致各种鱼类疾病广泛流行，主要是刺激隐核虫病、内脏白点病和弧菌病，给大黄鱼养殖产业带来很大的经济损失，已成为制约淡水养殖业持续发展的瓶颈。其中由变形假单胞菌(Pseudomonas plecoglossicida)引起的内脏白点病对产业影响较大，具有较高的发病率和死亡率。此类疾病主要发生在每年的春秋两季、属于冷水性细菌病，成鱼与幼鱼均可发生，发病时可经解剖可观察到肝脏、脾脏、肾脏有明显的直径1～2mm的白色结节，引起机体代谢紊乱，炎症反应没有得到及时的负调控，导致器官的功能障碍。文献表明，控制炎症反应的持续发生可以提高对细菌性疾病的耐受能力。并且在对小鼠疟疾病的相关研究中证明疾病耐受性存在遗传变异，表明疾病耐受性是可以受遗传决定的。

随着现代分子遗传学技术的快速发展，分子辅助选择育种逐渐被应用到水产动物的经济性状的改良中。分子辅助选择的准确性不仅依赖于复杂的遗传解析技术，而且极大的依赖于表型性状的准确测量。目前水产动物的抗病性状测量评价，多数基于存活时间或者死亡/存活将试验动物群体分为抗病群体和易感群体，进而转化为质量性状进行研究。总体而言，养殖鱼类抗病性状的准确测定具有很多困难，只有建立准确和标准化的抗性性状测量指标体系，才能够对群体内部不同个体的抗性进行量化区分，进而开展遗传选育工作。

与传统育种相比，分子辅助育种能显著缩短育种周期，而且可以应用到一些不易测量的性状育种中，例如抗病、肉质等性状。全基因组选择育种(GS)在21世纪初期被首次提出，即利用分布于各染色体全部的分子标记来计算基因组育种值(GEBV)，鉴于GS理论捕捉到所有对表型有贡献的标记，所以GS对性状的育种值估计具有较高的准确性，而且更适用于一些复杂性状的选育，例如生长、体型、抗病等性状。农业动植物基因组图谱的相继绘制完成，加上高通量基因型分型技术的发展，以及大数据算法的创新提升，使的全基因组育种成为切实有效的育种方法。而且，本发明是一个完整的体系，操作清晰、实用性强，可以在水产动物抗病育种工作中进行推广。

发明内容

本发明目的是针对现有技术的上述缺点，提供一种基于全基因组选择的大黄鱼抗内脏白点病优良品系的选育方法。

本发明包括以下步骤：

1)建立参考群体；

2)对参考群体进行抗性性状测量；

3)建立选育群体；

4)对参考群体和选育群体进行基因分型；

5)对选育群体的基因组育种值GEBV进行估算；

6)以一定的选择强度选取选育群体GEBV值排在前面的个体作为亲鱼，繁殖产生抗内脏白点病子一代；

7)对抗性子一代进行内脏白点病攻毒验证。