[发明专利]一种基于全基因组选择的大黄鱼抗内脏白点病优良品系的选育方法

权利要求书

1.一种基于全基因组选择的大黄鱼抗内脏白点病优良品系的选育方法，其特征在于包括以下步骤：

1)建立参考群体；

2)对参考群体进行抗性性状测量；

3)建立选育群体；

4)对参考群体和选育群体进行基因分型；

5)对选育群体的基因组育种值GEBV进行估算；

6)以一定的选择强度选取选育群体GEBV值排在前面的个体作为亲鱼，繁殖产生抗内脏白点病子一代；

7)对抗性子一代进行内脏白点病攻毒验证。

2.如权利要求1所述一种基于全基因组选择的大黄鱼抗内脏白点病优良品系的选育方法，其特征在于在步骤1)中，所述建立参考群体的具体步骤为；

①选取来源广泛的大黄鱼3龄健康、体型好且性成熟的亲鱼至少800尾，且需要保证其遗传背景的多样性；

②亲鱼不经过内脏白点病攻毒挑选，强化培育后，催产并繁殖后代；

③后代即为参考群体，按照商品鱼培育体系进行参考群体的养殖。

3.如权利要求1所述一种基于全基因组选择的大黄鱼抗内脏白点病优良品系的选育方法，其特征在于在步骤2)中，所述对参考群体进行抗性性状测量的具体步骤为：

①培育的参考群体6月龄幼鱼至少2000尾作为攻毒实验材料，将这批鱼进行岸上养殖室内8t至10t水体暂养，按照养殖规章进行管理，暂养两周保持鱼状态健康且稳定；

②预实验确定内脏白点病所需菌液的半致死浓度，浸泡组3.6×10⁶cfu/ml水体，注射组6.4×10⁵cfu/条鱼，水体温度16～18℃，感染方式浸泡组为将水体控制在200L，控制水体菌含量终浓度为预先设定浓度梯度，浸泡3h后彻底更换新的海水，将实验水体控制在1t水体；注射组为腹腔注射200ul的预先设定浓度的菌液，后置于1t水体进行后续实验；

③按照预实验的浓度设定，对2000为参考群体进行攻毒的正式实验，分为10个重复对照组，每个重复组为1t水体，自攻毒起，开始不间断的跟踪每组鱼的攻毒状况；将失去平衡，且10s内不能恢复的个体视为死亡样本，记录死亡时间，将其捞出实验桶外，剪其背部肌肉保存于纯酒精中；浸泡组观察时间持续240h，注射组观察时间持续96h，记录所有个体的存活时间作为连续性状，以及死亡-存活状态作为二分类性状；

④自攻毒起，开始不间断的跟踪每组鱼的攻毒状况；将失去平衡，且10s内不能恢复的个体视为死亡样本，记录死亡时间，将其捞出实验桶外，剪其背部肌肉保存于纯酒精中；观察时间持续240h，记录所有个体的存活时间作为连续性状，以及死亡-存活状态作为二分类性状。

4.如权利要求1所述一种基于全基因组选择的大黄鱼抗内脏白点病优良品系的选育方法，其特征在于在步骤3)中，所述建立选育群体的具体步骤为：

①选取即将性成熟且健康的3龄大黄鱼至少800尾作为选育群体；

②对上述选育群体打入电子标签，剪取鳍条保存于酒精，用于后续基因型鉴定；

③将其转移入新的网箱进行产前强化培养。

5.如权利要求1所述一种基于全基因组选择的大黄鱼抗内脏白点病优良品系的选育方法，其特征在于在步骤4)中，所述对参考群体和选育群体进行基因分型的具体步骤为：

①按照参考群体的死亡分布曲线挑选分型个体，共挑选参考群体607尾，候选群体740尾进行DNA提取(酚氯仿法)；

②使用简化基因组ddrad测序技术对参考群体和候选群体共1347尾个体进行二代测序，每个个体的基因组覆盖度在0.5％-1.5％，位点随机分布于各个染色体；

③将原始分型数据经过进一步清洗和质控，获得可进行全基因组选择育种分析的可用分型数据集。

6.如权利要求1所述一种基于全基因组选择的大黄鱼抗内脏白点病优良品系的选育方法，其特征在于在步骤5)中，所述对选育群体的基因组育种值GEBV进行估算的具体步骤为：

①在最佳全基因组选择模型下，对选育群体的GEBV进行估计，对其进行排名；

②利用人类中应用十分广泛的多基因风险评分来佐证上述得到的GEBV值的准确性，所使用的软件为PRSice软件。