[发明专利]一种甘薯全基因组高通量特异性InDel分子标记引物组及其应用

说明书

本发明涉及农作物遗传育种技术领域。本发明提供了一种甘薯全基因组高通量特异性InDel分子标记引物组及其应用，包括526对分子标记引物。本发明设计的引物标记可以用来作为遗传图谱构建、遗传多样性分析、指纹图谱构建、分子标记辅助选择等的工具。本发明的引物组扩增出的条带对甘薯基因组的覆盖度高，扩增特异性更好。

技术领域

本发明涉及农作物遗传育种技术领域，尤其涉及一种甘薯全基因组高通量特异性InDel分子标记引物组及其应用。

背景技术

DNA分子标记是重要的遗传研究工具，可以为作物遗传学研究和育种工作提供强力的支撑。InDel是指在近缘种或同一物种不同个体之间基因组同一位点的序列发生不同大小核苷酸片段的插入或缺失(insertion-deletion)，是同源序列比对产生空位的现象。InDel在基因组中分布广泛、密度大、数目众多。InDel多态性分子标记是基于插入/缺失位点两侧的序列设计特异引物进行PCR扩增的标记，其本质仍属于DNA片段长度多态性标记，可利用便捷的电泳平台进行分型。InDel标记准确性高、稳定性好、对DNA样品要求低，目前已广泛应用于动植物群体遗传分析、分子辅助育种以及人类法医遗传学、医学诊断等领域。

甘薯是重要的粮食、饲料和能源作物，广泛种植于世界上100多个国家或地区。栽培甘薯是六倍体，普遍认为甘薯是同源六倍体，但是这一问题还未被明确阐释。复杂的遗传背景导致甘薯的遗传学研究远远落后于水稻玉米等二倍体模式作物，也同样远远落后于小麦，棉花等多倍体农作物。无论是对甘薯重要农艺性状定位，或是对甘薯进化起源的研究，以及对甘薯品种分子身份证的构建、亦或甘薯的分子辅助选择育种，都需要大量可靠的分子标记做支撑。但是目前甘薯的分子标记存在以下问题：首先是介于甘薯同源多倍体的特性，目前应用的甘薯分子标记特异性较差，每对引物的扩增产物甚至可以达到44条带，扩增位点盲目且结果可读性较差，极易受人为主观判断的影响，无法保证扩增结果的可靠性；其次，可推广应用的分子标记相对较少；再者，由于目前甘薯栽培种完整基因组的缺乏，设计的分子标记多是根据转录组序列，设计的标记都难以锚定到甘薯染色体的具体位置，这也就是为什么甘薯QTL的定位往往只能做到初步定位，难以精细定位甚至挖掘基因。这些问题都严重限制了甘薯遗传育种的研究。甘薯的分子标记亟需更新和改良。

发明内容

本发明的目的在于提供一种甘薯全基因组高通量特异性InDel分子标记引物组及其应用，特异性好，对甘薯基因组的覆盖度高。

为了实现上述发明目的，本发明提供以下技术方案：