[发明专利]胎儿DNA浓度的评估方法及应用

说明书

本发明公开了一种胎儿DNA浓度的评估方法及应用，属于生物信息技术领域。该方法包括以下步骤：S101：对生父DNA样本、孕妇白细胞DNA样本和孕妇游离DNA样本的二态性位点进行测序分别得到DNA数据F、M和S；S102：获取S中满足预定要求的位点集X’；S103：根据公式I计算位点集X'上某一个位点的概率P；S104：采用极大似然值法得到点集X'的累计概率h最大时的p_max；S105：胎儿DNA的浓度N=2p_max。本方法可以评估胎儿DNA浓度，在亲子鉴定时，可根据评估值判断是否需要检测孕妇的白细胞，是否需要重新送检；进而提升亲子鉴定的准确性。

技术领域

本发明属于生物信息分析技术领域，特别涉及一种胎儿DNA浓度的评估方法及应用，用于对亲子鉴定进行辅助判断。

背景技术

基因是DNA分子上携带有遗传信息的功能片断，是生物传递遗传信息的物质。DNA的使用日益广泛，如进行亲子鉴定。而DNA样品质量的好坏将直接关系到后续实验的成败。

伴随高通量测序技术的快速发展，单核苷酸多态性(SNP)作为第三代遗传标记，越来越多的成为个体及亲子鉴定最新的检测手段。相对于STR，SNP在染色体中的分布更为广泛，数量更多，检测方法也更方便可靠。

以孕妇的外周血进行亲子鉴定时，如果胎儿DNA浓度较低，通常无法实现准确鉴定，需要重新送检；如果胎儿DNA浓度较高，通常也无法实现准确鉴定，需要配合测序孕妇的白细胞，会增加成本与工作量。因此，在进行亲子鉴定前，有必要对胎儿DNA浓度进行评估。

发明内容

一方面，本发明实施例提供了一种胎儿DNA浓度的评估方法，该方法包括以下步骤：

S101：对生父DNA样本、孕妇白细胞DNA样本和孕妇游离DNA样本的二态性位点进行测序分别得到DNA数据F、M和S，所述孕妇游离DNA样本通过分离孕妇外周血得到；

S102：获取S中满足以下要求的位点集X’，

X'＝{x_i|na_i(F)/n_i(F)＜0.1∩nAi(M)/n_i(M)＜0.1}∪{x_i|nA_i(F)/n_i(F)＜0.1∩na_i(M)/n_i(M)＜0.1}，

其中，nA与na分别表示二态性位点A与a的观测值，n＝nA+na，k＝na；

S103：根据公式I计算位点集X'上某一个位点的概率P，

其中，0≤p≤0.5，Pm＝0.4；

S104：采用极大似然值法得到点集X'的累计概率h最大时的p_max；

S105：胎儿DNA浓度N＝2p_max。

其中，在步骤S101中，所述测序方法包括：

S1011：构建探针；

S1012：提取样品中的DNA；

S1013：构件文库；

S1014：采用步骤S1011的探针对文库目标区域进行杂交捕获和测序；

S1015：对测序数据进行拆分和质量值过滤得到测序数据。

其中，所述二态性位点选自SNP位点、INDEL位点和/或STR位点，所述二态性位点的人群频率为0.05-0.95。

具体地，在SNP位点中，A表示野生型位点，a表示突变型位点。