[发明专利]一种基于DNA甲基化位点基因型的全基因组分型方法

说明书

本发明公开了一种基于DNA甲基化位点基因型的全基因组分型方法，包括以下步骤：步骤一，采集样品；步骤二，建立DNA文库；步骤三，文库测序；步骤四，鉴定位点；步骤五，基因型分型；所述步骤二中，联合甲基化敏感性限制性内切酶的MBD处理是指，用非待测区的内切酶和甲基化敏感的限制性内切酶同时消化DNA片段，随后通过MBD柱捕捉，保留了含有甲基化区的片段，所述步骤一中，针对一个群体中不同的时段，如白天和黑夜，本发明相较于现有的基因型分型方法，能够判断不同时段的环境对DNA甲基化状态的影响；本发明能够判断不同生长状态下的DNA甲基化状态的变化；本发明采用两种不同的处理DNA的方法，提高了基因型分型的精准性。

技术领域

本发明涉及DNA甲基化技术领域，具体为一种基于DNA甲基化位点基因型的全基因组分型方法。

背景技术

DNA甲基化为DNA化学修饰的一种形式，能够在不改变DNA序列的前提下，改变遗传表现，表现为在DNA甲基化转移酶的作用下，在基因组CpG二核苷酸的胞嘧啶5’碳位共价键结合一个甲基基团，现有的基于全基因组重亚硫酸盐测序方法，在对基因型分类时，无法判断环境效应对DNA甲基化状态的影响；现有的测序方法无法判断不同生长状态下DNA甲基化位点基因型的变化；现有的测序方法仅使用重亚硫酸盐测序，不够准确。

发明内容

本发明的目的在于提供一种基于DNA甲基化位点基因型的全基因组分型方法，以解决上述背景技术中提出的问题。

为实现上述目的，本发明提供如下技术方案：一种基于DNA甲基化位点基因型的全基因组分型方法，包括以下步骤：步骤一，采集样品；步骤二，建立DNA文库；步骤三，文库测序；步骤四，鉴定位点；步骤五，基因型分型；

其中在上述步骤一中，先在相同时间一个群体中相同个体，提取出两份相同组织样品的基因组DNA，并进行保存，再针对一个群体中不同时段的相同个体，提取出两份相同组织样品的基因组DNA，并进行保存，再针对一个群体中不同生长状态的个体，提取出两份相同组织样品的基因组DNA，并进行保存；

其中在上述步骤二中，根据步骤一中提取保存的三种基因组DNA，各取一分建立重亚硝酸盐处理的第一DNA文库，再将剩余的一份使用联合甲基化敏感性限制性内切酶的MBD的方式处理建立第二DNA文库；

其中在上述步骤三中，分别对步骤二中得到的每个样品，所建立的第一文库和第二文库进行测序，得到每个样品的测序结果；

其中在上述步骤四中，根据步骤三中每个样品的测序结果，依次鉴定DNA甲基化位点；

其中在上述步骤五中，计算步骤四中得到的DNA甲基化位点的甲基化支持率，根据DNA甲基化位点的甲基化支持率来进行基因型分析，当DNA甲基化支持率大于0.7时，基因型为M：M，当DNA甲基化支持率处于0.3-0.7之间时，基因型为U：M或M：U，当DNA甲基化支持率小于0.3时，基因型为U：U。

优选的，所述步骤一中，针对一个群体中不同的时段，如白天和黑夜。

优选的，所述步骤二中，将基因组DNA随即打断为200-400的片段，将得到的片段进行处理，再将处理后的片段进行PCR扩增，得到DNA文库。

优选的，所述步骤二中，联合甲基化敏感性限制性内切酶的MBD处理是指，用非待测区的内切酶和甲基化敏感的限制性内切酶同时消化DNA片段，随后通过MBD柱捕捉，保留了含有甲基化区的片段。

优选的，所述步骤三中，将测序接头的胞嘧啶经甲基化修饰，测序的深度为30×。

优选的，所述步骤四中，鉴定的方法是指，将测序得到的序列和测序read分别把C转化为T，把G转化为A，再将转化后的序列和转化后的测序read进行对比，根据对比的结果鉴定出DNA甲基化位点。