[发明专利]一种利用长穗偃麦草特异序列开发的寡聚核苷酸探针

说明书

本发明涉及一种用长穗偃麦草特异序列开发的寡聚核苷酸探针，主要是通过基因组测序的手段，获取长穗偃麦草中高度重复的序列，设计成寡核酸探针Oligo‑pTh1，实验中可与其他探针组合使用，可以丰富染色体FISH核型图，用于识别远缘杂交种质中染色体的结构变异。小麦远缘杂交材料常常作为中间种质在小麦育种中得以应用，Oligo‑pTh1探针可以辅助鉴定出小麦背景中的染色体的结构变异，能够显著提外源染色体的鉴定准确性，便于培育出优质的小麦新种质。

技术领域

本发明涉及一种用长穗偃麦草特异序列开发的寡聚核苷酸探针，属于细胞生物学领域。

技术背景

小麦是三大粮食作物之一，为全世界20％以上的人口提供了所需要的能量和蛋白质。但是，随着世界人口总数的逐年增长，可耕地面积的缩小，加上全球气候变化，小麦种植面积逐年下降，而且育种中亲本利用单一，缺乏具有突破性的品种。面对小麦育种的现状，丰富和拓展小麦的遗传基础对小麦遗传育种工作首当其冲，十分重要。实践证明，小麦近缘野生种携带许多优良农艺性状，将这些优良基因导入普通小麦，可拓宽小麦的遗传基础，是小麦遗传育种研究中常用的途径之一。

长穗偃麦草是小麦近缘野生种，具有赤霉病高抗特性，是小麦遗传改良的优良基因资源，在小麦遗传和育种工作中得到了广泛的应用。通常我们会利用染色体工程手段，将所需要的染色体片段导入到栽培品种中。因此，如何准确识别长穗偃麦草染色体是获得优良种质的基础。目前，鉴定长穗偃麦草染色体身份最常用的方法是FISH分子核型。近年来，随着原位杂交技术的不断进步，寡聚核苷酸探针在外源染色体的鉴定中得到广泛应用。相比于质粒探针，寡聚核苷酸探针具有更短的杂交时间，鉴定效率高，实验结果重复性好，成本低等优势。目前寡聚核苷酸探针Oligo-pSc119.2、oligo-pAs1等已在小麦中广泛应用，并且信号较为丰富，可用于FISH核型分析。但这些探针并非来自于长穗偃麦草特异的序列，分析的染色体核型也比较局限。因此，为了丰富长穗偃麦草染色体FISH核型，本发明专利公开一个利用长穗偃麦草特异序列开发的寡聚核苷酸探针。

发明内容

本发明的目的就是针对上述现有技术的缺陷，提供一种用长穗偃麦草特异序列开发的寡聚核苷酸探针。

本发明的目的是这样实现的：一种利用长穗偃麦草特异序列开发的寡聚核苷酸探针，其特征是，包括以下步骤：

(1)提取长穗偃麦草DNA，得到DNA样品，将DNA样品完成整个文库制备，完成整个文库制备的步骤包括酶切、加测序接头、纯化、PCR扩增；构建好的文库通过Illumina测序仪进行测序，将获取的原始序列进行质控分析，获得高质量序列；

(2)使用Seqtk程序对获得的高质量序列进行随机选择，所选的序列为测序深度的0.25倍；

(3)利用RepeatExplorer网站中RepeatExplorer Utilities工具下的Preprocessing of FASTQ paired-end reads程序对所选的序列进行整合，具体参数为Read sampling:No，Quality cutoff:10，Percent above cutoff:95，Trim reads:Yes，Start position:1，End position:101，Rename reads:Yes；

(4)利用RepeatExplorer网站中RepeatExplorer2工具下的RepeatExplorer2clustering程序对整合过的数据进行分析；

(5)下载分析后的数据，打开文件中tarean报告，选择报告中Putativesatellites(high confidence)列出的序列：

AGCCTAGTTCAAATAATTTTACACTAGAGTTGAACTAGCTCTAT，将该序列合成，并在序列的5’端进行TAMRA修饰，获得Oligo-pTh1探针。