[发明专利]一种利用长穗偃麦草特异序列开发的寡聚核苷酸探针

权利要求书

1.一种利用长穗偃麦草特异序列开发的寡聚核苷酸探针，其特征是，制备时，包括以下步骤：

（1）提取长穗偃麦草DNA，得到DNA样品，将DNA样品完成整个文库制备，完成整个文库制备的步骤包括酶切、加测序接头、纯化、PCR扩增；构建好的文库通过Illumina测序仪进行测序，将获取的原始序列进行质控分析，获得高质量序列；

（2）使用Seqtk程序对获得的高质量序列进行随机选择，所选的序列为测序深度的0.25倍；

（3）利用RepeatExplorer网站中RepeatExplorer Utilities工具下的Preprocessingof FASTQ paired-end reads程序对所选的序列进行整合，具体参数为Read sampling:No，Quality cutoff: 10，Percent above cutoff: 95，Trim reads: Yes，Startposition: 1，End position: 101，Rename reads: Yes；

（4）利用RepeatExplorer网站中RepeatExplorer2工具下的RepeatExplorer2clustering程序对整合过的数据进行分析；

（5）下载分析后的数据，打开文件中tarean报告，选择报告中Putative satellites（high confidence）列出的序列：AGCCTAGTTCAAATAATTTTACACTAGAGTTGAACTAGCTCTAT，将该序列合成，并在序列的5’端进行TAMRA修饰，获得Oligo-pTh1探针。

2.根据权利要求1所述的一种利用长穗偃麦草特异序列开发的寡聚核苷酸探针，其特征是，还包括步骤（6）：

利用荧光原位杂交技术对合成的Oligo-pTh1探针进行验证，观察该Oligo-pTh1探针在中国春-长穗偃麦草附加系中的信号位置，并根据荧光信号绘制染色体FISH核型图。