[发明专利]马铃薯黑胫病菌的特异性引物、探针及其应用

说明书

本发明属于生物技术领域，具体涉及马铃薯黑胫病菌的特异性引物、MGB探针及其应用。本发明的马铃薯黑胫病菌的特异性引物和探针，引物的核苷酸序列为：BL4‑F：5’‑GCCGTTGAAACGACCATGAG‑3，BL4‑R:5'‑GGTATCAACGGTTTTGGCCG‑3'；所述探针的序列为：BL4probe：5'‑TATACGCCATGTAATCAGCA‑3'。本发明的引物及探针联合应用具有良好的特异性、高灵敏度、高准确度，模版在1×10¹～1×10⁶拷贝/μL范围内均可以准确检出。因此，本发明的特异性引物及探针可用于马铃薯黑胫病病菌数量的确定，并为马铃薯黑胫病的发生提供预测预报。

技术领域

本发明属于生物技术领域，具体涉及马铃薯黑胫病菌的特异性引物、MGB探针及其应用。

背景技术

马铃薯黑胫病是一种广泛分布的全球性植物疾病，主要由果胶杆菌引起，该病害的特点为发病快、死亡率高、防治难，对马铃薯的品质和产量造成严重的影响。种薯带菌是马铃薯黑胫病重要的感染源，因此种薯中病原菌数量往往是病害流行的主要决定因素。在实际检测工作中，普通PCR方法灵敏度低且不可定量；LAMP法快速、灵敏，但易出现假阳性；普通Taqman探针定量PCR法由于探针长度太长，敏感性不佳。

TaqMan-MGB具有诸多优势，例如，探针3'端的MGB结合物可提高探针的Tm值，缩短高Tm值探针的序列长度，非常适合富含AT序列的探针设计；TaqMan-MGB探针理论上只要有一个碱基差异，探针就不会与目的片段结合，因此不产生荧光信号，故特异性强；此外，MGB探针序列短，3'端不发光的淬灭基团与报告基团的空间距离更接近，淬灭效果更佳，故探针间杂交的背景弱，稳定性和分辨率更高。然后，现有技术没有可特异性检测马铃薯黑胫病胡萝卜软腐果胶杆菌的引物及MGB探针。

发明内容

本发明的目的在于提供一种马铃薯黑胫病菌的特异性引物和探针。

本发明的再一目的在于提供上述引物和探针的应用。

本发明的再一目的在于提供检测马铃薯黑胫病菌的检测试剂盒。

本发明的再一目的在于提供检测马铃薯黑胫病菌的检测方法。

本发明的胡萝卜软腐果胶杆菌(Pectobacterium carotovorum)BL-4于2021年03月16日保藏于中国微生物菌种保藏管理委员会普通微生物中心(地址：北京市朝阳区北辰西路1号院3号，邮编：100101)，保藏编号为CGMCC.22021。

根据本发明具体实施方式的马铃薯黑胫病菌的特异性引物和探针，所述引物核苷酸序列为：

SEQ ID NO.1:5'-GCCGTTGAAACGACCATGAG-3'，

SEQ ID NO.2:5'-GGTATCAACGGTTTTGGCCG-3'；

所述探针的核苷酸序列为：

SEQ ID NO.3:5'-TATACGCCATGTAATCAGCA-3'。

根据本发明具体实施方式的马铃薯黑胫病菌的特异性引物和探针，所述探针的5’端标记荧光基团，3’端标记淬灭基团。其中，荧光基团可选FAM、HEX、TET等，淬灭基团可选TAMRA、BHQ、MGB等。

根据本发明具体实施方式的马铃薯黑胫病菌的特异性引物和探针，所述探针的5'端标记有FAM荧光染料，所述探针的3'端标记有淬灭基团MGB。

根据本发明具体实施方式的马铃薯黑胫病菌的特异性引物和探针，马铃薯黑胫病菌为胡萝卜软腐果胶杆菌，尤其是胡萝卜软腐果胶杆菌BL-4。

本发明提供马铃薯黑胫病菌的特异性引物和探针的应用,尤其是在定量检测胡萝卜软腐果胶杆菌含量方面的应用。