[发明专利]用于表征微生物组的组合物和方法

说明书

提供了一种系统，其包括多种秀丽隐杆线虫培养物，其中每种培养物均包含模拟哺乳动物疾病或疾患的转基因秀丽隐杆线虫菌株。提供了使用系统例如表征哺乳动物微生物组的微生物菌株以及确定此类微生物菌株是否影响哺乳动物疾病或疾患的方法。

相关申请的交叉引用

本申请要求2019年9月12日提交的美国临时专利申请第62/899,718号和2020年3月11日提交的美国临时专利申请第62/988,132号的优先权，所有两份临时专利申请的全部内容都通过引用方式以其整体并入本文。

背景技术

秀丽隐杆线虫(Caenorhabditis elegans)是一种食细菌线虫，其长度约1mm，并且生活在温带土壤环境中。

发明内容

本公开提供了一种见解，即秀丽隐杆线虫(C.elegans)可以提供和/或代表用于评估微生物制品(例如，微生物组样本)的一个或多个特征的令人惊讶的有用的系统。除了其他方面，本公开描述了可用于评估微生物组样本以识别或表征此类微生物组样本的微生物菌株对某些疾病或疾患的影响和/或调节的技术。在一些实施方案中，此类技术可用于辨别特定患者或患者群体中的菌株水平差异。因此，本公开还提供了可用于评估患者特异性样本中微生物菌株的性质，并且因此提供个体患者的微生物组如何不同地影响其健康状况的患者特异性信息的技术。例如，在一些实施方案中，本文提供的技术可用于根据患者特异性样本中微生物菌株的性质识别患者可能易感的疾病或疾患。在一些实施方案中，本文提供的技术可用于识别患者体内有益的微生物菌株，例如，以保护患者免受某些疾病或疾患的侵害或赋予对某些疾病或疾患的抵抗力。因此，本文所描述的技术可用作用于筛选微生物组样本(例如，人类微生物组样本)中的疾病调节剂(例如，影响疾病或疾患的微生物菌株)的诊断工具。

实际上，在某些实施方案中，使用转基因秀丽隐杆线虫全动物模型系统来识别或筛选可以调节或影响神经退行性疾病或疾患(例如，阿尔茨海默病(Alzheimer’sdisease))的发病机制和/或发展的微生物组菌株(例如，存在于人类微生物组中的微生物组菌株)。阅读本公开的本领域技术人员将理解，本文描述的技术不仅适用于与神经退行性疾病(诸如举例说明的阿尔茨海默病)有关的用途，而且适用于可能与同微生物组相关的各种其他疾病或疾患有关的用途，所述可能与微生物组相关的各种其他疾病或疾患为诸如但不限于帕金森病(Parkinson'sdisease)、亨廷顿病(Huntington's disease)和肌萎缩侧索硬化症、II型糖尿病、肥胖症、高血糖症、葡萄糖耐受不良、胰岛素抵抗(即，高胰岛素血症、代谢综合征、X综合征)、高胆固醇血症、高血压、高脂蛋白血症、高脂血症(例如，血脂异常)、高甘油三酯血症、心血管疾病、动脉粥样硬化、外周血管疾病、肾脏疾病、酮症酸中毒、血栓性病症、肾病、糖尿病神经病变、糖尿病性视网膜病、早产儿视网膜病变、年龄相关性黄斑变性、青光眼、性功能障碍、皮肤病、消化不良、低血糖、代谢综合征、癌症或水肿。

在一些方面，本文提供了包含多种秀丽隐杆线虫培养物的系统，其中每种培养物均包含模拟疾病或疾患(例如，哺乳动物疾病或疾患)的转基因秀丽隐杆线虫菌株。在一些实施方案中，此类多种秀丽隐杆线虫培养物可包含至少5种或更多种(包括，例如，至少6种、至少7种、至少8种、至少9种、至少10种、至少15种、至少20种、至少25种、至少30种、至少40种、至少50种或更多种)秀丽隐杆线虫培养物。