[发明专利]用于序列数据标准化的新型内参寡核苷酸

权利要求书

1.一种包括单链核酸分子的至少两个子集的集，每个核酸分子从5′到3′方向包括：

a)5′磷酸，

b)至少3个随机核苷酸的序列，

c)至少8个核苷酸的核心序列，所述序列含有与靶序列相比的两个或更多个错配，

d)至少3个随机核苷酸的序列，和

e)3′修饰，

其中每个子集包括具有相同核心核苷酸序列和不同随机核苷酸的多个核酸分子，并且

其中每个子集的核酸分子的区别在于所述核心核苷酸序列的至少一个核苷酸。

2.根据权利要求1所述的集，其中，所述多个核酸分子包括含有A、C、G、U或A、C、G、T的所有四种核苷酸组合的随机核苷酸序列。

3.根据权利要求1至2中任一项所述的集，其中，所述核酸分子是RNA分子，特别是模拟小RNA，所述小RNA特别地选自由以下组成的组：siRNA、tasiRNA、snRNA、miRNA、snoRNA、piRNA、以及tRNA、及其任何前体。

4.根据权利要求1至3中任一项所述的集，其中，所述核心核苷酸序列包括8至25个核苷酸，优选10至20个核苷酸，优选12至18个核苷酸，优选13个核苷酸。

5.根据权利要求1至4中任一项所述的集，其中，所述随机核苷酸的序列包括3至7个核苷酸，优选3至5个核苷酸，优选4个核苷酸。

6.根据权利要求1至5中任一项所述的集，其中，所述5′磷酸选自单磷酸、二磷酸和三磷酸，并且其中，3′修饰选自由以下组成的组：2′-O-甲基化[2’-O-甲基基团]和羟基化[羟基基团]。

7.根据权利要求1至6中任一项所述的集，其中，所述子集以1amol至10000amol的量存在，优选以10amol至5000amol的量存在，特别地包括不同量的每个子集。

8.根据权利要求1至7中任一项所述的集，其中，所述靶序列可以是任何感兴趣的序列，特别是生物体的基因组或转录组，源自病毒、细菌、动物、植物的序列，特别地所述靶序列是RNA、小RNA、动态小RNA群。

9.根据权利要求1至8中任一项所述的集作为内参探针用于标准化测序数据的用途。

10.一种使用根据权利要求1至9中任一项所述的集确定样本中一个或多个靶序列的绝对量的方法，所述样本特别地是细胞样本、组织样本或器官样本。

11.一种用于确定核苷酸测序中的参考值的方法，包括步骤：

-将根据权利要求1至9中任一项所述的集添加至靶序列的混合物中，从而生成核酸分子文库，

-将接头连接到所述文库，

-任选地扩增所述文库，

-执行核苷酸测序方法，

-确定每个子集的核酸分子的量作为参考值。

12.根据权利要求11所述的方法，其中比较来自不同细胞类型的小RNA分子的拷贝数。

13.一种用于确定样本中核酸分子数目的方法，包括以下步骤：

a)将根据权利要求1至9中任一项所述的集添加到样本中，以获得核酸分子的混合物，从而生成核酸分子文库，

b)任选地扩增所述文库，

c)执行所述文库的下一代测序，得到来自所述核酸分子的RNA序列读段，

d)确定来自集和来自样本的读段数目。

14.根据权利要求10至13中任一项所述的方法用于评估在sRNA文库制备期间发生的克隆偏差的用途。

15.一种具有如下通式的寡核苷酸：

p-(N)_m(X)(N)_m-2′-O-甲基，

其中，

p是磷酸；

N是A、U、G、C中任一个的随机核苷酸；

X是含有与靶序列相比的至少两个错配的核心序列，其长度为8、9、10、11、12、13、14、15、16、17或18个核苷酸，所述核苷酸包括A、U、G、C中任一个，

m是3、4或5。