[发明专利]微生物的识别方法

说明书

一种微生物的识别方法，其特征在于，具有：对含有微生物的试样进行质量分析从而得到质谱的步骤；从所述质谱读取源自标记蛋白质的峰的质荷比m/z的步骤；识别步骤，基于所述质荷比m/z对所述试样所含的微生物含有大肠杆菌、志贺氏菌属菌以及阿尔伯蒂埃希氏菌的哪一个菌种进行识别，使用13种核糖体蛋白质S5、L15、S13、L31、L22、L19、L20、L13、S15、L25、HNS、HdeB以及L29中的至少一种作为所述标记蛋白质。

技术领域

本发明涉及利用了质量分析的微生物的识别方法。

背景技术

痢疾杆菌(志贺氏菌-Shigella)是引起细菌性痢疾(志贺氏杆菌病-shigellosis)的细菌，在1898年首次被志贺洁分离出。当时每年都会发生痢疾的流行，从36名痢疾患者中的34名中分离出了同一种菌，这就是后来发现的志贺氏痢疾杆菌(Shigelladysenteriae)。在那之后，发现了福氏志贺氏菌(Shigella flezneri)、鲍氏志贺氏菌(Shigella boydii)、宋内氏志贺氏菌(Shigella sonnei)，目前在志贺氏菌属中存在4种菌种。

然而，志贺氏菌属菌与大肠杆菌(Escherichia coli)的DNA间的相同性平均在85％以上(非专利文献1)，该值一般显示在相同种内的菌株中。基于相比于分类学而在医学上的志贺氏菌属菌分类的重要性，由于从细菌分类学上来看，与大肠杆菌的基因型群相同，所以志贺氏菌属中的4个菌种实际上只不过是生物型。因此，志贺氏菌属菌与大肠杆菌的识别相当困难，但从医学上的重要性与习惯来看，志贺氏菌属独立于埃希氏菌属(Escherichia)(非专利文献2)。

所有的痢疾杆菌对人类而言都有病原性，虽然根据菌种的不同而存在程度上的差异，但是都会引起细菌性的腹泻。此外，已知以非常少的菌量就会导致感染(非专利文献3)，从这些事实来看，志贺氏菌属菌作为食物中毒细菌必须在食品以及医疗领域进行管理，并且有必要开发对其进行迅速地检测以及鉴定识别的技术。

阿尔伯蒂埃希氏菌(Escherichia albertii)是在2003年作为新的菌种而被正式发表的菌种(非专利文献4)。该菌种显示了独特的生化性状，并且显示了保有紧密黏附素基因eaeA等，容易被错误地鉴定为大肠杆菌的特征(非专利文献5)。假设仅着眼于aea以及毒素2f的基因保有，则有可能将该菌株误认为肠出血性大肠杆菌(非专利文献6、7)。

从这些内容来看，对于阿尔伯蒂埃希氏菌，作为食物中毒细菌也必须在食品以及医疗领域进行管理，并且有必要开发对其进行迅速地检测以及鉴定识别的技术。

至今为止，报道有PCR(非专利文献6、8、9)、泛基因组解析(非专利文献10、11)、多位点序列分型法(非专利文献6、12)等作为对大肠杆菌与志贺氏菌属以及阿尔伯蒂埃希氏菌进行识别的方法。然而，这些方法存在需要繁琐的操作，并且花费时间这样的问题。

另一方面，近年来在临床以及食品领域，使用了基质辅助激光解吸电离飞行时间质量分析法(MALDI-TOF MS)的微生物鉴定技术在急速地普及。该方法是基于使用极微量的食物试样得到的质谱图进行微生物鉴定的方法，能够在短时间内得到分析结果，并且由于容易对多个被检体进行连续分析，所以能够简便并且迅速地进行微生物鉴定。

现有技术文献

专利文献

专利文献1：日本特开2006-191922号公报

专利文献2：日本特开2013-085517号公报

专利文献3：日本特开2015-184020号公报

非专利文献

非专利文献1:BRENNER,D.J.,Fanning,G.R.,Miklos,G.V.,&Steig erwalt,A.G.,国际系统与进化微生物学杂志,(1973年),23(1),第1-7页