[发明专利]一种利用EST‑SSR分子标记快速鉴定辣椒品种金椒纯度的方法

说明书

技术领域

本发明涉及分子标记领域，具体提供了一种利用EST-SSR分子标记快速鉴定辣椒品种金椒纯度的方法。

背景技术

辣椒，属于茄科，是一年或多年生草本植物。辣椒以其果实特有的辣味、色泽和营养成分已成为一种重要的世界性蔬菜。大量研究表明辣椒果实中含有的抗氧化类物质可以保护生物有机体免受氧化伤害和提高机体免疫力。另外，辣椒中辣椒素类物质能够加速能量和脂类的新陈代谢及降低癌症细胞的发生率。随着大众对辣椒营养成分和药用成分的充分认识，栽培面积逐年增加。

种子质量直接影响农产品质量和优良品种的增产潜力，开展作物种子纯度检测对保证种子质量具有重要意义。作物品种鉴定的常用方法主要包括种子形态鉴定、田间种植形态鉴定和同工酶电泳技术鉴定等。种子形态易受环境条件影响，鉴定结果准确性较差；田间种植形态鉴定存在周期较长，成本较高，工作量较大，并且表型易受栽培措施和环境条件的影响，严重影响品种鉴定的效率及准确性，越来越不能满足育种工作和生产经营的需要；利用同工酶技术鉴定作物品种纯度虽然准确、可靠，但同工酶标记具有组织和器官特异性，信息量非常有限，多态性不够丰富。随着辣椒新品种数量的不断增加，传统的鉴定方法难以有效区分遗传关系较近的杂交种。

分子标记技术能够从DNA水平上揭示子代与亲本间的遗传差异，不受环境条件和栽培措施的影响，无组织、器官及发育特异性，能够检测微小的变异，不受植株生长季节的限制，多态性丰富、稳定性高，可以大大缩短鉴定时间。DNA分子标记技术的迅速发展，使得从基因组水平上检测辣椒杂交种真伪和纯度成为可能。EST-SSR(expressed sequence tag-simple sequence repeat)标记，是根据EST序列中的简单串联重复序列开发的一种标记类型，是一类由几个核苷酸为重复单位组成的串联重复序列，根据串联重复单位数目的差异检测多态性。EST-SSR标记具有多态性丰富、共显性遗传、稳定性和重复性较好、对DNA质量要求不高、操作简单易行、不受环境因素影响等优点，与基因组SSR标记相比，EST-SSR标记不仅降低了开发成本、提高了开发效率，而且节省了开发时间，显著提高了其利用价值。近年来，随着辣椒全基因组测序的完成，辣椒丰富的EST序列资源为EST-SSR标记的开发提供了便利条件。如何利用该技术实现对辣椒品种纯度的鉴定成为亟待解决的问题之一。

发明内容

本发明的发明人针对上述现有技术的情况，提供了一种利用EST-SSR分子标记快速鉴定辣椒品种金椒纯度的方法，该方法采用专门设计的EST-SSR引物，以金椒的叶片基因组DNA为模板进行扩增，通过对扩增结果的特异谱带对待检测金椒的品种纯度进行检测，采用这种方法可以在金椒植株生长的任何时期进行鉴定，能够将杂交种与母本自交种、父本自交种区分开来；对DNA质量要求不高且需要量少；成本较低、操作简单；重复性和稳定性较好；快速高效；准确性高，应用推广前景广阔，为开展辣椒制种和良种的及时销售提供科学依据。

本发明所针对的辣椒品种为金椒，金椒是山东省华盛农业股份有限公司经多年研究选育出的中辣丰产干、鲜两用椒。该杂交组合苗期35-50天，定植至干椒采收90-120天。植株高90-100厘米，株幅70-80厘米左右；门椒着生节位10-13节；嫩茎和叶片上有明显的绒毛。果实羊角形，果长12-15厘米，果肩径2.1-2.3厘米左右，鲜椒单果重15-21g，干椒单果重2.5-3.1g。嫩果绿色，成熟果深红色、自然晾干速度快、商品果率高。干椒果皮内外红色均匀，干椒色价值高。本品种适宜全国各地辣椒主载产区，最适宜为内蒙古等嗜干椒地区。

为了对金椒进行品种纯度的鉴定，获得母本和父本的优良杂交品种，本发明的发明人首先提供了一对EST-SSR引物，命名为ClHS1，其正向序列为5’-AGTTTTAAGAGCAAGGAGGCTC-3’，其核苷酸序列如SEQ ID No.1所示；反向序列为5’-ATCCAACCCAATCCCCAGTC-3’，其核苷酸序列如SEQ ID No.2所示，

在获得上述引物之后发明人利用其对待测品种金椒的杂交种及其亲本的叶片基因组DNA进行了扩增，具体过程如下：

(1)提取金椒杂交种及其亲本叶片基因组DNA；

(2)以第(1)步提取的基因组DNA为模板，用EST-SSR引物ClHS1进行PCR扩增：