[发明专利]使用具有3’发夹结构的水解探针检测单核苷酸多态性

权利要求书

1.用于检测样品中靶核酸的单核苷酸多态性（SNP）的方法，所述方法包括：

- 进行扩增步骤，包括使所述样品与包含第一核酸序列的引物接触，从而当所述样品中存在任何靶核酸时，产生扩增产物；

- 进行杂交步骤，包括使所述扩增产物与具有5'端和3'端的SNP特异性水解探针接触，所述SNP特异性水解探针具有的核酸序列由偏向3'端的发夹结构和与所述扩增产物的含有SNP的区域互补的第二核酸序列组成；所述SNP特异性水解探针还包含第一和第二可相互作用的标记，其中所述第一可相互作用的标记在5'端包含供体荧光部分，并且所述第二可相互作用的标记包含在水解探针上的所述供体荧光部分的不超过5个核苷酸之内的对应受体荧光部分，且其中与所述扩增产物中的SNP杂交的所述水解探针的第二核酸序列内的核苷酸位于所述第一和第二可相互作用的标记之间；和

所述发夹结构包含含有一个或多个非天然存在的核苷酸的非天然存在的核酸序列区域以在3'端产生所述发夹结构，且其中，相比于所述扩增产物的天然或野生型序列，所述一个或多个非天然存在的核苷酸为添加在所述水解探针3'端的核苷酸或在所述水解探针3'端的改变核苷酸；以及

- 检测所述扩增产物存在与否，其中存在所述扩增产物表明在所述核酸靶标中存在SNP，而其中不存在所述扩增产物表明在所述核酸靶标中不存在SNP。

2.根据权利要求1的方法，其中所述受体荧光部分为猝灭剂。

3.根据权利要求1至2中任一项的方法，其中所述扩增步骤采用具有5'至3'核酸外切酶活性的聚合酶。

4.根据权利要求1至2中任一项的方法，其中所述引物的所述第一核酸序列和/或所述水解探针的所述第二核酸序列包含至少一个经修饰的核苷酸。

5.根据权利要求1至2中任一项的方法，其中所述引物的所述第一核酸序列和/或所述水解探针的所述第二核酸序列具有40个或更少的核苷酸。

6.用于检测样品中靶核酸的SNP的试剂盒，其包含：

- 至少一种引物，其包含特异性产生所述靶核酸的扩增产物的第一核酸序列；和

- 具有5'端和3'端的SNP特异性水解探针，所述SNP特异性水解探针具有的核酸序列由偏向3'端的发夹结构和与所述扩增产物的含有SNP的区域互补的第二核酸序列组成；所述SNP特异性水解探针还包含第一和第二可相互作用的标记，其中所述第一可相互作用的标记在5'端包含供体荧光部分，并且所述第二可相互作用的标记包含在水解探针上所述供体荧光部分的不超过5个核苷酸之内的对应受体荧光部分，且其中与所述扩增产物中的SNP杂交的所述水解探针的第二核酸序列内的核苷酸位于所述第一和第二可相互作用的标记之间；和

所述发夹结构包含含有一个或多个非天然存在的核苷酸的非天然存在的核酸序列区域以在3'端产生所述发夹结构，且其中，相比于所述扩增产物的天然或野生型序列，所述一个或多个非天然存在的核苷酸为添加在所述水解探针3'端的核苷酸或在所述水解探针3'端的改变核苷酸。

7.根据权利要求6的试剂盒，其中所述受体荧光部分为猝灭剂。

8.根据权利要求6至7中任一项的试剂盒，其还包含具有5'至3'核酸外切酶活性的聚合酶。

9.根据权利要求6至7中任一项的试剂盒，其中所述引物的所述第一核酸序列和/或所述水解探针的所述第二核酸序列包含至少一个经修饰的核苷酸。

10.根据权利要求6至7中任一项的试剂盒，其中所述引物的所述第一核酸序列和/或所述水解探针的所述第二核酸序列具有40个或更少的核苷酸。