[发明专利]DNA标签、PCR引物及其应用有效
申请号: | 201410378319.8 | 申请日: | 2014-08-01 |
公开(公告)号: | CN105296471B | 公开(公告)日: | 2020-02-21 |
发明(设计)人: | 张俊青;程秀;陈祖煜;吕艳春;刘涛;吴仁花;易鑫;杨玲 | 申请(专利权)人: | 天津华大基因科技有限公司;深圳华大基因股份有限公司 |
主分类号: | C12Q1/6883 | 分类号: | C12Q1/6883;C12Q1/6869;C12Q1/6858;C12N15/11;C40B50/06;C12M1/34 |
代理公司: | 北京清亦华知识产权代理事务所(普通合伙) 11201 | 代理人: | 李志东 |
地址: | 300308 天津市滨海新区空港经济区*** | 国省代码: | 天津;12 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | dna 标签 pcr 引物 及其 应用 | ||
1.一组DNA标签,其包括SEQ ID NO:1-95所示的核苷酸。
2.一组PCR引物,其包括SEQ ID NO:96-119所示的核苷酸。
3.一组标签PCR引物,其是通过将权利要求1所述的一组DNA标签连接至权利要求2所述的一组PCR引物中的任意一种的5’末端而获得的。
4.一种构建核酸测序文库的方法,其特征在于,包括以下步骤:
将DNA样品进行多重PCR扩增,以便获得PCR扩增产物,其中所述多重PCR扩增采用权利要求3所述的一组标签PCR引物进行;以及
纯化回收所述PCR扩增产物,所述PCR扩增产物构成所述核酸测序文库。
5.根据权利要求4所述的方法,其特征在于,进一步包括:将所述核酸测序文库依次进行末端修复、3’末端添加碱基A、连接测序接头以及纯化回收连接产物的步骤。
6.一种用于确定DNA样品耳聋基因是否存在突变的试剂盒,其特征在于,所述试剂盒包括:
一组DNA标签,所述DNA标签包括SEQ ID NO:1-95所示的核苷酸;以及
一组PCR引物,所述PCR引物选自SEQ ID NO:96-119所示的核苷酸。
7.根据权利要求6所述的试剂盒,其特征在于,所述耳聋基因为GJB2、GJB3、SLC26A4和12S rRNA的至少一种。
8.一种用于确定DNA样品耳聋基因是否存在突变的试剂盒,其特征在于,所述试剂盒设置有权利要求3所述的一组标签PCR引物。
9.一种确定DNA样品耳聋基因是否存在突变的系统,其特征在于,包括:
文库构建装置,所述文库构建装置用于根据权利要求4所述的方法构建所述DNA样品的核酸测序文库;
测序装置,所述测序装置与所述文库构建装置相连,用于对所述核酸测序文库进行测序,以便获得测序结果;
分析装置,所述分析装置与所述测序装置相连,用于基于所述测序结果确定所述DNA样品耳聋基因是否存在突变;
其中,所述测序结果包括所述DNA样品的核酸测序文库的序列信息。
10.根据权利要求9所述的系统,其特征在于,所述测序装置选自Solexa、SOLID、单分子和454测序平台的至少一种。
11.根据权利要求9所述的系统,其特征在于,所述耳聋基因为GJB2、GJB3、SLC26A4和12SrRNA的至少一种。
12.根据权利要求9所述的系统,其特征在于,所述分析装置进一步包括比对单元,所述比对单元中设置有参考数据库,用于:
将所述DNA样品的核酸测序文库的序列信息与参考数据库进行比对;以及
基于比对结果,确定所述DNA样品耳聋基因是否存在突变。
13.根据权利要求9所述的系统,其特征在于,当所述DNA样品为多种,所述多种为2-95种时,
所述文库构建装置用于针对所述多种DNA样品的每一种,分别独立地根据权利要求4所述的方法构建所述DNA样品的核酸测序文库,并将所述多种DNA样品的核酸测序文库进行混合,以便获得核酸测序文库混合物,其中,不同的DNA样品采用相互不同的DNA标签;
所述测序装置用于对所述核酸测序文库混合物进行测序,以便获得测序结果,所述测序结果包括多种DNA样品的核酸测序文库的序列信息以及所述DNA标签的序列信息;以及
所述分析装置用于基于所述DNA标签的序列信息对所述多种DNA样品的核酸测序文库的序列信息进行分类,以便确定所述多种DNA样品的每一种的核酸测序文库的序列信息,并基于所述多种DNA样品每一种核酸测序文库的序列信息,分别确定所述多种DNA样品耳聋基因是否存在突变。
14.根据权利要求9所述的系统,所述分析装置进一步包括比对单元,所述比对单元用于:
将多种DNA样品的每一种的核酸测序文库的序列信息,分别与参考数据库进行比对;以及
基于比对结果,分别确定所述多种DNA样品耳聋基因是否存在突变。
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