本发明公开了一种转S6RNAi基因抗黑条矮缩病水稻品系WLJ1‑US6‑11‑5的检测方法,属于生物技术领域。本发明是利用转化体WLJ1‑US6‑11‑5中含外源基因S6RNAi的T‑DNA表达框在水稻染色体上插入片段序列和插入片段RB端旁侧特异序列SEQ ID NO:1,并基于SEQ ID NO:1序列,建立的特异性PCR所用正向载体引物US‑W1依据SEQ ID NO:1中1‑1178位序列设计,反向基因组引物US‑W2依据SEQ ID NO:1中1179‑2000位序列设计,正向基因组引物US‑W3依据T‑DNA根据是否扩增得到US‑W1 US‑W2引物组合M、US‑W3 US‑W2引物组合N的目标片段判断株系中是否含外源S6RNAi基因,该PCR方法可作为鉴定转基因水稻品系WLJ1‑US6‑11‑5及该品系的衍生系的有效手段