本发明公开了一种重组人源III型胶原蛋白α1链及其应用,编码该所述重组人源III型胶原蛋白α1链的核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示,所述重组人源III型胶原蛋白α1链从氨基端依次包含:氨基端亲和纯化标签、人源III型胶原成熟肽链以及羧基端亲和纯化标签。根据本发明实施例的重组人源III型胶原蛋白,通过在人源III型胶原成熟肽链的两端都设计有特异性亲和纯化标签,有利于全长蛋白的纯化,也可用于胶原蛋白的鉴定,并且根据本发明实施例的所述重组人源III型胶原蛋白采用的是III型胶原蛋白的成熟肽链,去除了两端的前肽,表达量远高于包含前肽的基因。