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[发明专利]一种基于二代测序技术的consensus序列统计分析、可视化方法-CN202110456786.8在审
发明人：司昊睿;周鹏 -专利权人：中国科学院武汉病毒研究所
申请日： 2021-04-26 - 公布日： 2021-07-27 - 主分类号： G16B30/10 文献下载
摘要：本发明公开了一种基于二代测序技术的consensus序列统计分析、可视化方法，包括如下步骤：S1、获取二代测序数据中的consensus序列；S2、对所述consensus序列进行文件序列数的统计，之后提取每条序列中每个位置的碱基并进行分析判断，找到每条序列中gaps和/或简并碱基；S3、对每条序列中所述gaps和/或简并碱基的类型、个数和位置进行统计，并获取每条序列的长度；S4、分别计算所述每条序列的序列覆盖度和所述gaps和/或简并碱基位置的标准差，输出结果，完成数据统计分析；通过对consensus序列中的gaps及简并碱基的位置、数量、大小和分散程度进行自动化统计分析，确定每条序列中的gaps及简并碱基的具体信息，从而能更高效的剔除这些gaps和简并碱基的片段，完成整个基因组的测序工作。
一种基于二代技术 consensus 序列统计分析可视化方法

[发明专利]简并测序的索引序列集的设计方法-CN202210103675.3在审
发明人：周文雄;张瑞莹;康力;乔朔;陈子天 -专利权人：赛纳生物科技(北京)有限公司
申请日： 2022-01-28 - 公布日： 2022-05-27 - 主分类号： G16B20/30 文献下载
摘要：本发明公开一种简并测序中用于鉴定核酸样品来源的索引序列集的设计方法，以及索引序列集的索引序列。本发明的设计方法要求索引序列集中的任意两条索引序列彼此可区分，即任意两条索引序列的用M、K表示的简并碱基序列不同且用R、Y表示的简并碱基序列不同且用W、S表示的简并碱基序列不同，本方法适应了简并测序的测序原理，能够保证利用不同的简并底物对多个核酸样品进行测序时，可以将不同的样品准确区分开。
索引序列设计方法

[发明专利]一种碱基平衡的扩增子分子标记方法-CN202010222285.9有效
发明人：刘彬 -专利权人：北京博奥汇玖生物科技有限公司
申请日： 2020-03-26 - 公布日： 2022-11-29 - 主分类号： C12Q1/6869 文献下载
摘要：本发明公开了一种碱基平衡的扩增子分子标记方法，涉及分子生物学技术领域，扩增子正反向引物的5’端各有一个12碱基的分子标记，其中4个位置的碱基为简并碱基N，即可以为A/C/G/T四种碱基中的任意一种，7个位置的碱基为确定的单碱基，A/C/G/T，最后一个位置的碱基为非N的简并碱基。该碱基平衡的扩增子分子标记方法，正反向引物的分子标记的最后一个位置的碱基是排除了保守区在此位置对应的互补碱基，即常规引物在此处应出现的碱基，互补碱基后的所有可能碱基构成的简并碱基，通过这种方式，在有效区分样本的同时能够大幅缓解扩增子测序中存在的碱基不平衡问题
一种碱基平衡扩增分子标记方法

[发明专利]一种用于miRNA定量的改进型通用茎环引物及其定量方法-CN201711433279.2在审
发明人：邓盾;马现永;史圣楠;田志梅 -专利权人：广东省农业科学院动物科学研究所
申请日： 2017-12-26 - 公布日： 2018-06-15 - 主分类号： C12Q1/6883 文献下载
摘要：本发明公开了一种用于miRNA定量的改进型通用茎环引物，其核苷酸序列是由如SEQ ID NO：1所示的碱基序列与8个简并碱基组成，使用该茎环引物能进行序列不同的miRNA的反转录，其中8个简并碱基代表8个简并碱基代表：(A/C/G/T)(A/C/G/T)(A/C/G/T)(A/C/G/T)(A/C/G/T)(A/C/G/T)(A/C/G/T)(A/C/G/T)，使用该茎环引物能进行序列不同的miRNA
茎环引物简并碱基反转录改进型核苷酸序列碱基序列荧光定量通用

[发明专利]扩增基因组DNA的方法、试剂盒及其获得扩增引物的方法-CN202111248591.0在审
发明人：叶艳艳;丁庆宇 -专利权人：江苏海伯基因科技有限公司
申请日： 2021-10-26 - 公布日： 2022-02-08 - 主分类号： C12Q1/6806 文献下载
摘要：本申请提供扩增基因组DNA的方法、试剂盒及获得简并碱基序列的方法，第一反应混合物包括：样本基因组DNA、第一引物和核酸聚合酶，第一引物从5’端到3’端包括：通用序列和简并碱基序列，简并碱基序列从5’端到3’端为2N+4N+HGCH，N和H为简并子集合，G和C为碱基，其中，N＝{A、T、C、G},H＝{A、T、C}；将第一反应混合物置于第一温度循环程序进行预扩增，获得预扩增产物；第二反应混合物包括预扩增产物
扩增基因组 dna 方法试剂盒及其获得引物

[发明专利]一种FASTQ文件压缩中的碱基序列编码方法和系统-CN202011016128.9在审
发明人：陈毓新;赵子健;李胜康;龚淳;黄志博;张勇;方林 -专利权人：深圳华大生命科学研究院
申请日： 2020-09-24 - 公布日： 2020-12-18 - 主分类号： G16B30/10 文献下载
摘要：本发明属于生物信息数据处理技术领域，涉及一种FASTQ文件压缩中的碱基序列编码方法和系统，S1对待编码碱基序列的简并碱基信息进行编码；S2判断待编码碱基序列是否存在接头序列，若存在所述接头序列则对所述接头序列进行编码；S3将待编码碱基序列与参考序列进行比对，若所述待编码碱基序列与参考序列比对成功，则将所述待编码碱基序列的比对信息进行编码；S4若所述待编码碱基序列与参考序列比对失败，则对所述待编码碱基序列进行熵编码。其通过尽量降低接头序列、简并碱基、低质量碱基给序列比对和熵编码带来的负面影响，从而提高了比对率和熵编码的压缩率。
一种 fastq 文件压缩中的碱基序列编码方法系统

[发明专利]针对16S rDNA鉴定的一代测序数据拼接方法-CN202210020674.2在审
发明人：王美霞;李宏;车阳;孙晓飞;陶津;洪文杰;王焕英;王庭璋 -专利权人：浙江天科高新技术发展有限公司
申请日： 2022-01-10 - 公布日： 2022-05-17 - 主分类号： G16B30/10 文献下载
摘要：建立基于比对模块和拼接模块的序列拼接程序，实现对一代测序下机待分析序列数据的拼接，输出可用于后续鉴定分析的完整序列；比对模块包括比对模型，打分标准和优选标准；比对模型使用一个方向进行打分计算和回溯；打分标准引入了简并碱基的概念，将4个碱基扩展到15个碱基，包括A、T、C、G、R、Y、M、K、S、W、H、B、V、D、N；其中，完全相同的碱基、简并碱基包含正常碱基时打分为10分，任意碱基比对N为1分，任意碱基比对“‑”为2分，相同位点两个碱基不同为
针对 16 rdna 鉴定一代序数拼接方法

[发明专利]识别简并序列或四碱基序列的限制性内切酶在接头介导的PCR方法中的应用-CN201711310334.9在审
发明人：王丹阳;杨云;张雪馨 -专利权人：西北大学
申请日： 2017-12-11 - 公布日： 2018-06-01 - 主分类号： C12Q1/686 文献下载
摘要：本发明公开了识别简并序列或四碱基序列的限制性内切酶在接头介导的PCR方法中的应用，利用识别简并序列的限制性内切酶或识别四个碱基序列的限制性内切酶可将基因组切割成更多短片段，增加了克隆目的片段的几率。因此，识别简并序列的酶或识别四个碱基序列的酶将会是更好的选择。
限制性内切酶碱基序列简并序列介导扩增克隆基因组切割侧翼序列插入位点扩增片段目的片段长片段核苷酸短片应用改进

[发明专利]一种基因序列的比对方法-CN202210104024.6在审
发明人：吴思彧;陈子天;乔朔 -专利权人：赛纳生物科技(北京)有限公司
申请日： 2022-01-28 - 公布日： 2022-05-27 - 主分类号： G16B30/10 文献下载
摘要：本发明公开一种基因序列的比对方法，对于简并测序得到的简并碱基序列进行快速准确的比对。通过将待测序列及其对应的参考序列用相同的编码方式表示为简并多聚物序列，再经过字典构建、备选序列筛选、计算罚分等，得到待测序列的比对结果。本发明的比对方法克服了现有方法不适应简并测序的诸多问题，大幅提升了对比对错误类型的判定效率以及比对准确率。
一种基因序列方法

[发明专利]一种基于k-mer算法的引物设计方法及系统-CN202010167423.8有效
发明人：邓晔;吴悦妮 -专利权人：中国科学院生态环境研究中心;中国科学院大学
申请日： 2020-03-11 - 公布日： 2023-07-14 - 主分类号： G16B15/00 文献下载
摘要：将引物备选k‑mers中的overlap＞x的k‑mers进行合并，再在合并后的引物备选k‑mers中按照频次从高到低选择多条k‑mers作为初步引物；在覆盖度＞1％的k‑mers中搜索与每条初步引物存在一个碱基之差的k‑mers，并将搜索到的k‑mers与相应初步引物以简并碱基的形式合并，得到简并引物；对简并引物分别进行基本信息评价并计算全部简并引物两两配对后的扩增产物长度，根据基本信息评价结果和扩增产物长度筛选成对引物
一种基于 mer 算法引物设计方法系统

[发明专利]快速检测细菌的引物、试剂盒及其应用-CN201910510071.9在审
发明人：刘中民;贾文文;白志慧;汤红明 -专利权人：上海市东方医院(同济大学附属东方医院)
申请日： 2019-06-13 - 公布日： 2020-01-14 - 主分类号： C12Q1/689 文献下载
摘要：本发明提供了快速检测细菌的引物，所述检测用正向引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，反向引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示；所述正向引物中的简并碱基W＝A/T，所述反向引物中的简并碱基
引物核苷酸序列细菌反向引物简并碱基快速检测细菌检测正向引物应用干细胞产品高灵敏度临床研究试剂盒检测细胞

[发明专利]鲤浮肿病毒和锦鲤疱疹病毒双重实时荧光定量检测方法-CN201910275066.4有效
发明人：张文;徐立蒲;吕晓楠 -专利权人：北京市水产技术推广站
申请日： 2019-04-08 - 公布日： 2022-06-07 - 主分类号： C12Q1/70 文献下载
摘要：本发明公开了一种鲤浮肿病毒和锦鲤疱疹病毒双重实时荧光定量PCR检测方法，该方法包括以下步骤：第一、合成引物与TaqMan探针：根据CEV P4a基因序列，对引物序列进行优化，上游引物第1个碱基改为简并碱基W，下游引物第1个碱基改为简并碱基R；根据KHV ORF7基因保守序列，设计1对特异性引物和1条TaqMan探针；分别使用FAM和VIC作为探针报告基团，BHQ1作为探针淬灭基团；第二、确定反应体系及条件
浮肿病毒锦鲤疱疹病毒双重实时荧光定量检测方法

[发明专利]一种检测核酸酶对特定碱基3′-5′外切活性的方法和试剂盒-CN201710948000.8有效
发明人：李长英;章文蔚;陈奥;徐崇钧;龚梅花;王静静;罗银玲;罗宇芬 -专利权人：深圳华大智造科技股份有限公司
申请日： 2017-10-12 - 公布日： 2022-06-07 - 主分类号： C12Q1/6816 文献下载
摘要：本发明公开了一种检测核酸酶对特定碱基3'‑5'外切活性的方法和试剂盒。本发明首次提出检测酶对特定碱基的外切活性；利用该发明可以检测任一碱基，包括dATP、dCTP、dGTP、dTTP、dUTP以及简并碱基等，应用范围十分广泛；该发明可以检测大多数核酸酶的3’‑5’外切活性
一种检测核酸酶特定碱基外切活性方法试剂盒

[发明专利]一种用于快速筛选瓜氨酸降解菌的简并引物及其应用-CN202110906299.7在审
发明人：张继冉;王文玉;吴坤;毛兆敏;李肖杏;郭兆鑫;徐淑霞;张世敏 -专利权人：河南农业大学
申请日： 2021-08-09 - 公布日： 2021-11-02 - 主分类号： C12Q1/686 文献下载
摘要：本发明公开了一种用于快速筛选瓜氨酸降解菌的简并引物，其序列为：PTP1‑F:5’‑NACHACHGGCCAHACRAA‑3’;PTP2‑R:5’‑GTHGAYATHATGGTMTTYAT‑3’;其中，简并碱基代码本发明还公开了设计出的简并引物在筛选瓜氨酸降解菌方面的应用。本发明首次依据具有瓜氨酸利用能力的PTP基因设计出一对简并引物，该简并引物为具有筛选功能的通用引物，无须针对某一菌种设计特定的探针引物，方便快捷，通用性好，工作效率高，具有良好的筛选和鉴定功能；为后续探究不同菌种来源的
一种用于快速筛选瓜氨酸降解引物及其应用

[发明专利]基于PCR技术克隆已知区域旁邻的未知DNA序列的引物及方法-CN201910848595.9在审
发明人：王高华;李阳 -专利权人：湖北伯远合成生物科技有限公司
申请日： 2019-09-09 - 公布日： 2019-12-06 - 主分类号： C12N15/11 文献下载
摘要：引物包括5’端接头区域、中间简并区域和3’端锚定碱基三个组成部分，其中根据物种碱基的偏好性的不同，针对三种碱基群体分布，设计引物的简并区域。
同源重组碱基引物简并扩增非特异性产物不对称PCR 扩增效率目标片段目标序列设计引物实验效率特异性强形式克隆端接头偏好性有效地清晰锚定交错克隆物种群体优化成功

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