本发明公开了香樟核基因组SNP分子标记的多态性引物及其应用,属于林业分子生物学技术领域。包括12对香樟核基因组SNP分子标记的多态性引物,引物核苷酸序列如SEQ ID NO.1‑SEQ ID NO.24所示,将其应用在香樟品种鉴定、古樟群体遗传结构和资源遗传多样性分析中的应用中,通过提取不同品种香樟的基因组DNA、PCR扩增、HRM分析、收集数据,对18个古樟群体186个个体进行了遗传结构和遗传多样性研究,并根据香樟现有的遗传结构和遗传多样性格局,分析了可能形成的原因,为野生香樟资源保护利用提供理论依据。本发明的SNP分子标记重复性好,能够全面揭示香樟遗传多样性真实水平。