本发明公开了一种禾谷镰刀菌单链DNA病毒FgGMTV1/HB58侵染性克隆的构建方法,该病毒基因组包含两个单链环状DNA分子DNA‑A和DNA‑B,其基因组序列如SEQ ID NO:1‑2所示;且不含有单链环状所述构建方法包括DNA‑A侵染性克隆构建、DNA‑B侵染性克隆构建及DNA‑C侵染性克隆构建。构建该侵染性克隆只需要使用一个细菌克隆载体pBluescriptⅡSK(+)进行克隆和转染真菌即可成功,简化了克隆和转染步骤,不需要多次PCR克隆,不需要多个克隆载体和转染载体,也不需要克隆到双元表达载体上即可完成转染