本发明公开了制备零背景克隆载体的方法及应用。其中,制备零背景克隆载体的方法,包括以下步骤提供SEQ ID NO6所示的DNA片段;以pUC19质粒为模板,利用SEQ ID NO7‑8所示的引物进行第一PCR扩增,以便获得pUC19载体片段;将DNA片段与pUC19载体片段进行同源重组,以便获得载体骨架;将载体骨架转化感受态细胞并提取质粒,以便获得零背景克隆载体的前载体;以及采用EcoRV酶对零背景克隆载体的前载体进行酶切,以便得到零背景克隆载体。该方法获得的载体可直接用于平末端产物的连接,载体自连的背景低,克隆的阳性率高,无需蓝白筛选,能在短时间内实现快速有效的克隆,克隆效率高,效果好。