本发明涉及分子生物学和基因工程领域,公开了一种转录终止子在基因克隆中的应用。本发明提供了一种克隆载体,所述克隆载体含有编码链序列为SEQ ID NO:1的转录终止子。本发明进一步提供了上述克隆载体的应用。通过转录终止子效率的验证实验,证明本发明中所述合成的转录终止子具有有效的转录终止效果,将其序列克隆到载体中,构建插入了该转录终止子的载体,能够有效的终止载体上隐秘的转录起始,使得该载体能够用于毒性基因的克隆本发明的转录终止子序列能够广泛用于大肠杆菌克隆载体且本发明构建的重组载体能够广泛用于基因克隆实验。