一种使用定量测定PCR检测具有线粒体DNA3243变异的DNA的方法，所述PCR使用具有与从SEQ ID NO：1碱基序列中第243位碱基开始并且长12到30个碱基的碱基序列互补的碱基序列的引物。此外，提供了一种检测具有线粒体DNA 3243变异的DNA的方法，其中使用末端用荧光染料标记的核酸探针，其中杂交后荧光染料的荧光减少，所述核酸探针具有与从SEQ ID NO：2碱基序列中第230位碱基开始并且长14到40个碱基的碱基序列互补的碱基序列，且所述核酸探针的3’端用荧光染料标记。
所述引物为SEQ ID NO:1和SEQ ID NO:2的序列；所述探针为SEQ ID NO:4的序列，其5’端单链碱基序列，其为与靶序列互补的5-10个碱基；中间13-20个碱基；3’端序列，为5-10个碱基序列；所述5’端单链碱基序列与3’端序列部分匹配成颈结构；所述探针为颈环结构，TM值=（颈环TM值+7）±1，5’端有18-25个碱基能够和靶基因完全匹配，共约23-32bp；其5’端和3’端分别标记荧光和非荧光淬灭基团
NO：3和SEQ ID NO：4组成的一对引物对同一只鸡的总DNA进行PCR扩增，得到SEQ ID NO：6；对所述SEQ ID NO：6进行单链构象多态性检测后测序，确定自SEQ ID NO：6的5′端第32位碱基是G还是C，自5′端第281位碱基是T还是C；单链构象多态性检测为一条带，且自SEQ ID NO：6的5′端第32位碱基为G，第281位碱基为T的是CC基因型的鸡；单链构象多态性检测为一条带，且自SEQ ID NO：6的5′端第32位碱基为C，第281位碱基为C的是DD基因型的鸡；单链构象多态性检测为二条带，且其中的一条带自SEQ IDNO：6的5′端第32位碱基为G，第281位碱基为T，另一条带自SEQ ID NO：6的5′端第32位碱基为C，第281位碱基为C的是CD基因型的鸡；脂肪沉积的能力由强到弱依次为CC，CD，DD基因型的鸡。
