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[发明专利]检测胃癌组织Claudin18.2蛋白阳性的方法、装置、设备和存储介质-CN202311191784.6在审
发明人：陈豫;高中飞;苏琳;金琳芳;陈维之 -专利权人：臻和（北京）生物科技有限公司;无锡臻和生物科技有限公司;臻和精准医学检验实验室无锡有限公司
申请日： 2023-09-15 - 公布日： 2023-10-24 - 主分类号： C12Q1/6886 文献下载
摘要：本申请公开了一种检测胃癌组织Claudin18.2蛋白阳性的方法、装置、设备和存储介质，属于基因检测技术领域。该方法是基于NGS技术检测胃癌组织Claudin18.2基因的表达水平，并将其与本申请的预设阈值进行比较，从而在基因水平对胃癌组织Claudin18.2蛋白阳性进行检测，更易于实现检测结果判读的标准化。
检测胃癌组织 claudin18 蛋白阳性方法装置设备存储介质

[发明专利]晚期肿瘤ctDNA动态变化判定方法及装置-CN202311168288.9在审
发明人：李菲菲;张娇;杨滢;马婷;徐丽娣;黄宇;陈维之;杜波 -专利权人：臻和（北京）生物科技有限公司;武汉臻和医学检验实验室有限公司
申请日： 2023-09-12 - 公布日： 2023-10-20 - 主分类号： G16B20/50 文献下载
摘要：本发明提供了一种晚期肿瘤ctDNA动态变化判定方法及装置，属于医学检测技术领域。包括接收晚期肿瘤治前血浆和配对的血细胞的测序数据，构建肿瘤患者治疗前血浆个性化变异图谱；根据血浆变异图谱追踪治疗后血浆的变异信号；基于临床治疗前后突变位点的变异频率以及测序深度定量权重，评估治疗对位点变异频率变化的贡献度，降低测序和分析造成波动的影响，对晚期患者治疗前后血浆ctDNA的变化进行更准确的定量，评估患者对治疗方式是否响应。计算所述的装置、存储介质及设备均是基于所述的方法实现。本发明能够更准确地对晚期肿瘤ctDNA动态变化进行判定，可有效提高对晚期肿瘤患者进行疗效评估的精准度。
晚期肿瘤 ctdna 动态变化判定方法装置

[发明专利]一种酶切法打断建库中人工片段产生的假阳性突变的过滤方法-CN202311164937.8在审
发明人：骆磊;程涛;夏艳;黄宇;陈维之;杜波 -专利权人：臻和（北京）生物科技有限公司
申请日： 2023-09-11 - 公布日： 2023-10-17 - 主分类号： G16B20/50 文献下载
摘要：本申请公开了一种酶切法打断建库中人工片段产生的假阳性突变的过滤方法，属于基因测序领域。该方法通过回溯比对数据寻找突变的支持reads，用支持reads的反向互补序列通过位置限定的动态规划局部比对算法与突变附近的基因组序列进行比对；分析比对结果和reads特征，将reads来源于人工片段的可能性分为6个等级，给不同等级的reads分配不同的权重计算得到支持reads中来源于人工片段的比例，通过为其设置阈值和对突变进行频率修正，过滤假阳性突变，最终精准的消除由于酶切法打断建库中产生的人工片段带来的高假阳率缺陷。该方法灵活、针对性强、敏感度高、结果稳定可靠，可以帮助酶切法打断的建库方式替代目前的超声法打断建库方式。
一种酶切法打断建库中人工片段产生阳性突变过滤方法

[发明专利]用于胃癌辅助诊断的甲基化标志物、装置、设备和存储介质-CN202310956843.8有效
发明人：王小庆;李苏星;洪媛媛;王亚辉;刘燕霞;王睿;黄宇;韩天澄;陈维之;杜波 -专利权人：臻和（北京）生物科技有限公司;臻和精准医学检验实验室无锡有限公司
申请日： 2023-08-01 - 公布日： 2023-10-13 - 主分类号： C12Q1/6886 文献下载
摘要：本申请公开了一种用于胃癌辅助诊断的甲基化标志物、装置、设备和存储介质，属于生物医学技术领域。该甲基化标志物包括差异甲基化区间，具体包括125个甲基化程度高相关区间（Methylation‑correlated block，MCB）中一个或多个的部分区间或全长区间，该甲基化程度高相关区间内甲基化位点的甲基化程度在胃癌组织样本与胃良性组织样本存在显著差异，与胃癌发生及发展有关。通过对差异甲基化区间进行分析、构建模型，可实现对胃癌辅助诊断的目的，具有通量高、检测特异性和敏感性高的优点，具有广阔的临床应用前景。将其用于胃癌辅助诊断，可以实现胃癌早筛早诊，提高生存率的目的。
用于胃癌辅助诊断甲基化标志装置设备存储介质

[发明专利]一种样本稀释倍数定量方法及其应用-CN202310935498.X在审
发明人：侯军艳;张亚晰;熊春福;陈维之;杜波 -专利权人：臻和（北京）生物科技有限公司
申请日： 2023-07-28 - 公布日： 2023-09-01 - 主分类号： C12Q1/6806 文献下载
摘要：本发明公开一种样本稀释倍数定量方法及其应用，将外源重组质粒引入原始肿瘤细胞系DNA样本，得到含外源重组质粒的原始肿瘤细胞系DNA样本；所述原始肿瘤细胞系DNA样本为将肿瘤细胞系DNA样本利用与肿瘤细胞系DNA配对的正常细胞系DNA样本稀释至ctDNA丰度达到预设值的样本；利用正常细胞系DNA样本对含外源重组质粒的肿瘤细胞系DNA样本进行梯度稀释；选取管家基因作为内参基因，对各梯度样本中的非人源基因片段和管家基因的拷贝数进行定量，确定各梯度样本的实际稀释倍数。本发明采用非人源基因片段拷贝数稀释策略，实现对各梯度样本中ctDNA丰度的精准定量，尤其能够实现百万级ctDNA丰度的精准定量。
一种样本稀释倍数定量方法及其应用

[发明专利]用于检测胰腺癌的生物标志物及其应用-CN202310595127.1有效
发明人：崔新;杨滢;吕芳;聂佩瑶;沈宁;洪媛媛;宋小凤;黄宇;陈维之;杜波 -专利权人：臻和（北京）生物科技有限公司;臻和精准医学检验实验室无锡有限公司
申请日： 2023-05-25 - 公布日： 2023-08-04 - 主分类号： C12Q1/6886 文献下载
摘要：本申请公开了一种用于检测胰腺癌的生物标志物及其应用，属于医学检测技术领域。该生物标志物是肿瘤特异甲基化连锁区域组合中至少一个区域，该甲基化连锁区域的甲基化结果，如该区域内甲基化片段占比，即覆盖甲基化连锁区域中发生甲基化的片段数与覆盖该区域所有片段数的比例，在健康人群和胰腺癌的患者中具有显著差异，该生物标志物结合本申请提供的胰腺癌风险评估模型，可以有效检测胰腺癌。还可以将甲基化连锁区域组合中至少一个区域中甲基化结果与蛋白组合物CA19‑9和NSE联合作为生物标志物，可以有效检测胰腺癌。
用于检测胰腺癌生物标志及其应用

[发明专利]校正全基因组甲基化测序数据批次效应的方法、装置、设备和存储介质-CN202310413887.6有效
发明人：李苏星;韩天澄;李溪;李宇龙;宫芹芹;张琦;黄宇;陈维之;杜波 -专利权人：臻和（北京）生物科技有限公司;无锡臻和生物科技有限公司
申请日： 2023-04-18 - 公布日： 2023-07-18 - 主分类号： G16B40/00 文献下载
摘要：本申请公开了一种校正全基因组甲基化测序数据批次效应的方法、装置、设备和存储介质，属于基因检测技术领域。该方法通过预设数量的健康人血浆样本和肿瘤患者血浆样本的甲基化测序数据，筛选在健康人和肿瘤患者中甲基化水平相对稳定的区间作为甲基化稳定区间（house‑keeping window）；利用健康人血浆样本和待测样本的甲基化稳定区间的甲基化水平建立校正模型；利用校正模型校正待测样本全基因组内的甲基化水平。该方法在去除批次效应的同时保留了重要区域的甲基化特征，亦可在批次分组未知情况下去除批次效应。
校正基因组甲基化序数批次效应方法装置设备存储介质

[发明专利]一种用于检测点突变、插入和缺失突变的RNA参考品及其制备方法与应用-CN202310631050.9在审
发明人：吕红;侯军艳;郑杉;陈维之;杜波 -专利权人：臻悦生物科技江苏有限公司
申请日： 2023-05-31 - 公布日： 2023-06-30 - 主分类号： C12Q1/6806 文献下载
摘要：本申请公开了一种用于检测点突变、插入和缺失突变的RNA参考品及其制备方法与应用，属于基因检测领域。本申请公开的参考品为提取自包括目标基因突变位点突变的细胞系的RNA，通过采用ddPCR和NGS两种方法验证所选择的细胞系的目标序列位点信息和拷贝数，将细胞系RNA水平突变信息与DNA水平突变信息进行比对，发现所选择的细胞系在RNA水平稳定表达，进一步根据突变位点及其拷贝数配制不同拷贝数梯度的参考品，并进行ddPCR拷贝数验证，结果表明本申请提供的RNA参考品可以作为检测SNV/Indel突变类型的RNA测序产品研发过程中的参考品，有助于基于RNA检测的肿瘤基因变异检测产品的研发。
一种用于检测突变插入缺失 rna 参考及其制备方法应用

[发明专利]基于cfDNA的癌症预测模型及其构建方法和应用-CN202310575289.9在审
发明人：崔新;吕芳;聂佩瑶;李宇龙;洪媛媛;杨滢;黄宇;陈维之;杜波 -专利权人：臻和（北京）生物科技有限公司;臻和精准医学检验实验室无锡有限公司
申请日： 2023-05-22 - 公布日： 2023-06-23 - 主分类号： G16B20/30 文献下载
摘要：本申请公开了一种基于cfDNA的癌症预测模型及其构建方法和应用，属于医学检测技术领域。该模型构建方法是：利用收集的染色质开放区域内的序列上游末端覆盖度和序列下游末端覆盖度计算染色质开放区域内的方向特异cfDNA片段值（orientation‑aware cfDNA fragmentation value，OCF值），利用阳性样本和对照样本的OCF值进行机器学习训练和预测模型的构建。上述构建方法或者构建的预测模型可用于癌症预测，如制造癌症预测装置、设备和存储介质等，从而能对患者患有癌症的概率给出预测。本申请能够使用受试者血浆cfDNA全基因测序数据，而无需组织穿刺等侵入性检测方法，预测受试者患有癌症的概率。
基于 cfdna 癌症预测模型及其构建方法应用

[发明专利]用于检测胰腺癌的蛋白组合物、装置、设备和存储介质-CN202310315892.3有效
发明人：崔新;杨滢;吕芳;聂佩瑶;沈宁;洪媛媛;宋小凤;黄宇;陈维之;杜波 -专利权人：臻和（北京）生物科技有限公司;臻和精准医学检验实验室无锡有限公司
申请日： 2023-03-29 - 公布日： 2023-06-20 - 主分类号： G01N33/68 文献下载
摘要：本申请公开了一种用于检测胰腺癌的蛋白组合物、装置、设备和存储介质，属于医学检测技术领域。该蛋白组合物包括蛋白CA125、CA19‑9、CA50、CEA、NSE和free‑β‑hCG，基于上述蛋白表达水平的胰腺癌风险评估模型可以用于计算患有胰腺癌的概率，该蛋白组合物的表达水平结合本申请提供的胰腺癌风险评估模型，可以有效检测胰腺癌，其AUC值高于使用任意一个单一蛋白标志物以及临床血清标志物CA19‑9和NSE的检测结果。
用于检测胰腺癌蛋白组合装置设备存储介质

[发明专利]HLA基因分型的方法、装置、存储介质及处理器-CN201910104065.3有效
发明人：郭现超;宋小凤;赵义;陈维之;杜波;何骥 -专利权人：臻悦生物科技江苏有限公司
申请日： 2019-01-18 - 公布日： 2023-06-20 - 主分类号： G16B30/00 文献下载
摘要：本申请公开了一种HLA基因分型的方法、装置、存储介质及处理器。其中，HLA基因分型的方法包括：构建HLA基因型数据库，HLA基因型数据库包括与HLA‑A基因相关的假基因的DNA序列；将待测样本的测序数据与HLA基因型数据库进行比对，保留满足预定条件的基因型作为比对结果；选择比对结果中比对分值最高的基因型作为待测样本的HLA基因分型的结果。通过在HLA基因分型的数据库中加入与HLA基因序列非常相近的HLA假基因序列，有助于减少分型的假阳性结果，从而解决了现有技术中HLA基因分型假阳性高的技术问题。
hla 基因方法装置存储介质处理器

[发明专利]针对测序平台特征的碱基质量值矫正方法、装置、电子设备和存储介质-CN202211638241.X有效
发明人：刘丹;范锐;张亚晰;黄宇;陈维之;杜波 -专利权人：臻和（北京）生物科技有限公司;臻和精准医学检验实验室无锡有限公司
申请日： 2022-12-20 - 公布日： 2023-06-16 - 主分类号： G16B30/10 文献下载
摘要：本申请公开了一种针对测序平台特征的碱基质量值矫正方法、装置、电子设备和存储介质，属于基因测序技术领域。该方法以原始双端测序数据为基础，提取read1和read2的重叠碱基，利用重叠碱基区分测序错误和非测序错误，并根据测序错误碱基所在的read朝向、测序循环数、测序方向的dinucleotide及测序仪给定的碱基质量值，将提取的重叠碱基划分成不同的bins，统计各特征bins下测序错误碱基并计算经验质量值，采用局部加权回归模型对特征bins内的RQS和EQS进行多项式拟合建模，并利用建立的模型对原始碱基质量值进行矫正。本申请能够区分测序错误和非测序错误，能够更准确的反映测序仪偏好，在此基础上建模矫正，能够全面提高碱基质量值的可信度。
针对平台特征碱基质量矫正方法装置电子设备存储介质

[发明专利]检测MSI的微卫星位点、其筛选方法及应用-CN202010444206.9有效
发明人：赵利利;于佳宁;闫慧婷;洪媛媛;陈维之;何骥;杜波 -专利权人：无锡臻和生物科技有限公司
申请日： 2020-05-22 - 公布日： 2023-06-02 - 主分类号： G16B30/10 文献下载
摘要：本发明提供了一种检测MSI的微卫星位点、其筛选方法及应用。选择长度为7‑15bp且其两端侧翼序列相似性低的微卫星候选位点，检测MSS测序数据中这些位点中的重复单元的类型及其频率，并去除人群多态性高于5％的位点，进一步选择其中重复单元的类型的频率的离散程度低于离散阈值的位点，即得到MSS模型样本的微卫星位点，最后选择其中重复单元类型频率分布与MSS模型样本的差异水平在MSI‑H样本和MSS样本中存在显著差异的位点作为检测MSI的微卫星位点。通过建立MSS模型样本作为正常样本对照，便于建立阴性样本基线或检测待测样本的微卫星状态。故在检测待测样本时，无需对照样本仅对单样本测序即可检测不稳定状态。
检测 msi 卫星筛选方法应用

[发明专利]一种基于循环肿瘤DNA预测非小细胞肺癌术后复发的NGS panel及其用途-CN202110523169.5有效
发明人：刘伦旭;夏粱;杨滢;李青耘;张亚晰;谢泓禹;何骥;陈维之 -专利权人：四川大学华西医院;臻和精准医学检验实验室无锡有限公司
申请日： 2021-05-13 - 公布日： 2023-05-05 - 主分类号： C12Q1/6886 文献下载
摘要：本发明提供了一种检测769个基因突变的NGS panel在制备预测非小细胞肺癌术后复发的试剂盒中的用途以及一种预测非小细胞肺癌术后复发的试剂盒。通过可检测769个基因的NGS panel结合高通量测序对非小细胞肺癌患者血浆中的ctDNA进行检测，可以在围手术期准确有效地预测患者术后复发风险，具有重要的临床应用价值。
一种基于循环肿瘤 dna 预测细胞肺癌术后复发 ngs panel 及其用途

[发明专利]一种基于cfDNA多组学的多分类方法及装置-CN202211299043.5有效
发明人：杨顺莉;李溪;李宇龙;洪媛媛;韩天澄;黄宇;陈维之;杜波 -专利权人：臻和（北京）生物科技有限公司;臻悦生物科技江苏有限公司
申请日： 2022-10-24 - 公布日： 2023-04-28 - 主分类号： G16B40/00 文献下载
摘要：本发明提供了一种基于cfDNA多组学的多分类方法及装置，其中，多分类方法包括：基于ATAC‑seq技术对待测血浆样本进行超低深度的全基因组测序，并获取预设ATAC‑seq区域簇的测序数据，每个ATAC‑seq区域簇对应一类别的特征区域；基于预先配置的长插入片段阈值区间和短插入片段阈值区间分别统计每个ATAC‑seq区域簇测序数据的长插入片段数量和短插入片段数量；将统计得到的长插入片段数量和短插入片段数量输入预先训练的多组学分类模型中进行分类，得到待测血浆样本所属的类别。其基于片段组学的特征信息对待检测血浆样本进行分类，为后续应用提供部分依据。
一种基于 cfdna 多组学分类方法装置

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