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[发明专利]检测胃癌组织Claudin18.2蛋白阳性的方法、装置、设备和存储介质-CN202311191784.6在审
发明人：陈豫;高中飞;苏琳;金琳芳;陈维之 -专利权人： 臻和（北京）生物科技有限公司;无锡臻和生物科技有限公司;臻和精准医学检验实验室无锡有限公司
申请日： 2023-09-15 - 公布日： 2023-10-24 - 主分类号： C12Q1/6886 文献下载
摘要：本申请公开了一种检测胃癌组织Claudin18.2蛋白阳性的方法、装置、设备和存储介质，属于基因检测技术领域。该方法是基于NGS技术检测胃癌组织Claudin18.2基因的表达水平，并将其与本申请的预设阈值进行比较，从而在基因水平对胃癌组织Claudin18.2蛋白阳性进行检测，更易于实现检测结果判读的标准化。
检测胃癌组织 claudin18 蛋白阳性方法装置设备存储介质

[发明专利]晚期肿瘤ctDNA动态变化判定方法及装置-CN202311168288.9在审
发明人：李菲菲;张娇;杨滢;马婷;徐丽娣;黄宇;陈维之;杜波 -专利权人： 臻和（北京）生物科技有限公司;武汉臻和医学检验实验室有限公司
申请日： 2023-09-12 - 公布日： 2023-10-20 - 主分类号： G16B20/50 文献下载
摘要：本发明提供了一种晚期肿瘤ctDNA动态变化判定方法及装置，属于医学检测技术领域。包括接收晚期肿瘤治前血浆和配对的血细胞的测序数据，构建肿瘤患者治疗前血浆个性化变异图谱；根据血浆变异图谱追踪治疗后血浆的变异信号；基于临床治疗前后突变位点的变异频率以及测序深度定量权重，评估治疗对位点变异频率变化的贡献度，降低测序和分析造成波动的影响，对晚期患者治疗前后血浆ctDNA的变化进行更准确的定量，评估患者对治疗方式是否响应。计算所述的装置、存储介质及设备均是基于所述的方法实现。本发明能够更准确地对晚期肿瘤ctDNA动态变化进行判定，可有效提高对晚期肿瘤患者进行疗效评估的精准度。
晚期肿瘤 ctdna 动态变化判定方法装置

[发明专利]一种酶切法打断建库中人工片段产生的假阳性突变的过滤方法-CN202311164937.8在审
发明人：骆磊;程涛;夏艳;黄宇;陈维之;杜波 -专利权人： 臻和（北京）生物科技有限公司
申请日： 2023-09-11 - 公布日： 2023-10-17 - 主分类号： G16B20/50 文献下载
摘要：本申请公开了一种酶切法打断建库中人工片段产生的假阳性突变的过滤方法，属于基因测序领域。该方法通过回溯比对数据寻找突变的支持reads，用支持reads的反向互补序列通过位置限定的动态规划局部比对算法与突变附近的基因组序列进行比对；分析比对结果和reads特征，将reads来源于人工片段的可能性分为6个等级，给不同等级的reads分配不同的权重计算得到支持reads中来源于人工片段的比例，通过为其设置阈值和对突变进行频率修正，过滤假阳性突变，最终精准的消除由于酶切法打断建库中产生的人工片段带来的高假阳率缺陷。该方法灵活、针对性强、敏感度高、结果稳定可靠，可以帮助酶切法打断的建库方式替代目前的超声法打断建库方式。
一种酶切法打断建库中人工片段产生阳性突变过滤方法

[发明专利]用于胃癌辅助诊断的甲基化标志物、装置、设备和存储介质-CN202310956843.8有效
发明人：王小庆;李苏星;洪媛媛;王亚辉;刘燕霞;王睿;黄宇;韩天澄;陈维之;杜波 -专利权人： 臻和（北京）生物科技有限公司;臻和精准医学检验实验室无锡有限公司
申请日： 2023-08-01 - 公布日： 2023-10-13 - 主分类号： C12Q1/6886 文献下载
摘要：本申请公开了一种用于胃癌辅助诊断的甲基化标志物、装置、设备和存储介质，属于生物医学技术领域。该甲基化标志物包括差异甲基化区间，具体包括125个甲基化程度高相关区间（Methylation‑correlated block，MCB）中一个或多个的部分区间或全长区间，该甲基化程度高相关区间内甲基化位点的甲基化程度在胃癌组织样本与胃良性组织样本存在显著差异，与胃癌发生及发展有关。通过对差异甲基化区间进行分析、构建模型，可实现对胃癌辅助诊断的目的，具有通量高、检测特异性和敏感性高的优点，具有广阔的临床应用前景。将其用于胃癌辅助诊断，可以实现胃癌早筛早诊，提高生存率的目的。
用于胃癌辅助诊断甲基化标志装置设备存储介质

[发明专利]静脉畸形及相关综合征的无创检测方法及装置-CN202111272220.6有效
发明人：苏立新;蔡韧;范新东;孙怡;王德明;杨西涛;王瑱冯 -专利权人： 臻和（北京）生物科技有限公司
申请日： 2021-10-29 - 公布日： 2023-09-29 - 主分类号： C12Q1/6886 文献下载
摘要：本发明提供一种静脉畸形及相关综合征的无创检测方法，至少包括如下步骤：提供检测对象血浆游离DNA中的静脉畸形相关基因的测序数据；所述静脉畸形相关基因选自TEK、PIK3CA、AKT1、MTOR和PTEN中的一个或多个；将所述测序数据与参考序列进行比对，获得与静脉畸形及相关综合征相关的突变。本发明使用游离DNA液态活检替代组织活检，避免了组织活检带来的一系列并发症，做到非侵入，操作安全，取材方便，副作用小，可重复取材。可广泛应用于静脉畸形及相关综合征人群的突变检测中，构建完善的静脉畸形生物样本库，为“临床+生物”研究提供原始数据支持。
静脉畸形相关综合征检测方法装置

[发明专利]一种样本稀释倍数定量方法及其应用-CN202310935498.X在审
发明人：侯军艳;张亚晰;熊春福;陈维之;杜波 -专利权人： 臻和（北京）生物科技有限公司
申请日： 2023-07-28 - 公布日： 2023-09-01 - 主分类号： C12Q1/6806 文献下载
摘要：本发明公开一种样本稀释倍数定量方法及其应用，将外源重组质粒引入原始肿瘤细胞系DNA样本，得到含外源重组质粒的原始肿瘤细胞系DNA样本；所述原始肿瘤细胞系DNA样本为将肿瘤细胞系DNA样本利用与肿瘤细胞系DNA配对的正常细胞系DNA样本稀释至ctDNA丰度达到预设值的样本；利用正常细胞系DNA样本对含外源重组质粒的肿瘤细胞系DNA样本进行梯度稀释；选取管家基因作为内参基因，对各梯度样本中的非人源基因片段和管家基因的拷贝数进行定量，确定各梯度样本的实际稀释倍数。本发明采用非人源基因片段拷贝数稀释策略，实现对各梯度样本中ctDNA丰度的精准定量，尤其能够实现百万级ctDNA丰度的精准定量。
一种样本稀释倍数定量方法及其应用

[发明专利]用于检测胰腺癌的生物标志物及其应用-CN202310595127.1有效
发明人：崔新;杨滢;吕芳;聂佩瑶;沈宁;洪媛媛;宋小凤;黄宇;陈维之;杜波 -专利权人： 臻和（北京）生物科技有限公司;臻和精准医学检验实验室无锡有限公司
申请日： 2023-05-25 - 公布日： 2023-08-04 - 主分类号： C12Q1/6886 文献下载
摘要：本申请公开了一种用于检测胰腺癌的生物标志物及其应用，属于医学检测技术领域。该生物标志物是肿瘤特异甲基化连锁区域组合中至少一个区域，该甲基化连锁区域的甲基化结果，如该区域内甲基化片段占比，即覆盖甲基化连锁区域中发生甲基化的片段数与覆盖该区域所有片段数的比例，在健康人群和胰腺癌的患者中具有显著差异，该生物标志物结合本申请提供的胰腺癌风险评估模型，可以有效检测胰腺癌。还可以将甲基化连锁区域组合中至少一个区域中甲基化结果与蛋白组合物CA19‑9和NSE联合作为生物标志物，可以有效检测胰腺癌。
用于检测胰腺癌生物标志及其应用

[发明专利]校正全基因组甲基化测序数据批次效应的方法、装置、设备和存储介质-CN202310413887.6有效
发明人：李苏星;韩天澄;李溪;李宇龙;宫芹芹;张琦;黄宇;陈维之;杜波 -专利权人： 臻和（北京）生物科技有限公司;无锡臻和生物科技有限公司
申请日： 2023-04-18 - 公布日： 2023-07-18 - 主分类号： G16B40/00 文献下载
摘要：本申请公开了一种校正全基因组甲基化测序数据批次效应的方法、装置、设备和存储介质，属于基因检测技术领域。该方法通过预设数量的健康人血浆样本和肿瘤患者血浆样本的甲基化测序数据，筛选在健康人和肿瘤患者中甲基化水平相对稳定的区间作为甲基化稳定区间（house‑keeping window）；利用健康人血浆样本和待测样本的甲基化稳定区间的甲基化水平建立校正模型；利用校正模型校正待测样本全基因组内的甲基化水平。该方法在去除批次效应的同时保留了重要区域的甲基化特征，亦可在批次分组未知情况下去除批次效应。
校正基因组甲基化序数批次效应方法装置设备存储介质

[发明专利]基于cfDNA的癌症预测模型及其构建方法和应用-CN202310575289.9在审
发明人：崔新;吕芳;聂佩瑶;李宇龙;洪媛媛;杨滢;黄宇;陈维之;杜波 -专利权人： 臻和（北京）生物科技有限公司;臻和精准医学检验实验室无锡有限公司
申请日： 2023-05-22 - 公布日： 2023-06-23 - 主分类号： G16B20/30 文献下载
摘要：本申请公开了一种基于cfDNA的癌症预测模型及其构建方法和应用，属于医学检测技术领域。该模型构建方法是：利用收集的染色质开放区域内的序列上游末端覆盖度和序列下游末端覆盖度计算染色质开放区域内的方向特异cfDNA片段值（orientation‑aware cfDNA fragmentation value，OCF值），利用阳性样本和对照样本的OCF值进行机器学习训练和预测模型的构建。上述构建方法或者构建的预测模型可用于癌症预测，如制造癌症预测装置、设备和存储介质等，从而能对患者患有癌症的概率给出预测。本申请能够使用受试者血浆cfDNA全基因测序数据，而无需组织穿刺等侵入性检测方法，预测受试者患有癌症的概率。
基于 cfdna 癌症预测模型及其构建方法应用

[发明专利]用于检测胰腺癌的蛋白组合物、装置、设备和存储介质-CN202310315892.3有效
发明人：崔新;杨滢;吕芳;聂佩瑶;沈宁;洪媛媛;宋小凤;黄宇;陈维之;杜波 -专利权人： 臻和（北京）生物科技有限公司;臻和精准医学检验实验室无锡有限公司
申请日： 2023-03-29 - 公布日： 2023-06-20 - 主分类号： G01N33/68 文献下载
摘要：本申请公开了一种用于检测胰腺癌的蛋白组合物、装置、设备和存储介质，属于医学检测技术领域。该蛋白组合物包括蛋白CA125、CA19‑9、CA50、CEA、NSE和free‑β‑hCG，基于上述蛋白表达水平的胰腺癌风险评估模型可以用于计算患有胰腺癌的概率，该蛋白组合物的表达水平结合本申请提供的胰腺癌风险评估模型，可以有效检测胰腺癌，其AUC值高于使用任意一个单一蛋白标志物以及临床血清标志物CA19‑9和NSE的检测结果。
用于检测胰腺癌蛋白组合装置设备存储介质

[发明专利]针对测序平台特征的碱基质量值矫正方法、装置、电子设备和存储介质-CN202211638241.X有效
发明人：刘丹;范锐;张亚晰;黄宇;陈维之;杜波 -专利权人： 臻和（北京）生物科技有限公司;臻和精准医学检验实验室无锡有限公司
申请日： 2022-12-20 - 公布日： 2023-06-16 - 主分类号： G16B30/10 文献下载
摘要：本申请公开了一种针对测序平台特征的碱基质量值矫正方法、装置、电子设备和存储介质，属于基因测序技术领域。该方法以原始双端测序数据为基础，提取read1和read2的重叠碱基，利用重叠碱基区分测序错误和非测序错误，并根据测序错误碱基所在的read朝向、测序循环数、测序方向的dinucleotide及测序仪给定的碱基质量值，将提取的重叠碱基划分成不同的bins，统计各特征bins下测序错误碱基并计算经验质量值，采用局部加权回归模型对特征bins内的RQS和EQS进行多项式拟合建模，并利用建立的模型对原始碱基质量值进行矫正。本申请能够区分测序错误和非测序错误，能够更准确的反映测序仪偏好，在此基础上建模矫正，能够全面提高碱基质量值的可信度。
针对平台特征碱基质量矫正方法装置电子设备存储介质

[发明专利]一种基于cfDNA多组学的多分类方法及装置-CN202211299043.5有效
发明人：杨顺莉;李溪;李宇龙;洪媛媛;韩天澄;黄宇;陈维之;杜波 -专利权人： 臻和（北京）生物科技有限公司;臻悦生物科技江苏有限公司
申请日： 2022-10-24 - 公布日： 2023-04-28 - 主分类号： G16B40/00 文献下载
摘要：本发明提供了一种基于cfDNA多组学的多分类方法及装置，其中，多分类方法包括：基于ATAC‑seq技术对待测血浆样本进行超低深度的全基因组测序，并获取预设ATAC‑seq区域簇的测序数据，每个ATAC‑seq区域簇对应一类别的特征区域；基于预先配置的长插入片段阈值区间和短插入片段阈值区间分别统计每个ATAC‑seq区域簇测序数据的长插入片段数量和短插入片段数量；将统计得到的长插入片段数量和短插入片段数量输入预先训练的多组学分类模型中进行分类，得到待测血浆样本所属的类别。其基于片段组学的特征信息对待检测血浆样本进行分类，为后续应用提供部分依据。
一种基于 cfdna 多组学分类方法装置

[发明专利]微小残留病灶的检测方法、装置、设备和存储介质-CN202211721580.4有效
发明人：刘异倩;张亚晰;马领然;范锐;于佳宁;苏振成;陈维之;黄宇;杜波 -专利权人： 臻和（北京）生物科技有限公司;臻和精准医学检验实验室无锡有限公司
申请日： 2022-12-30 - 公布日： 2023-03-21 - 主分类号： C12Q1/6886 文献下载
摘要：本申请公开了一种微小残留病灶的检测方法、装置、设备和存储介质，属于医疗检测技术领域。该方法基于差异化深度全外显子/靶向用药测序和组织‑血细胞‑血浆共捕获技术，及10万×超高深度个性化/高证据热点组合Panel测序的方式，评估血浆样本中微小残留病灶和肿瘤进化/第二原发的方法，克服现有方法在组织检测下限较高或追踪位点过少，和血液中ctDNA含量较低时检测灵敏度、准确度不足或检测成本过高，个性化追踪检测与肿瘤进化/第二原发检测无法兼得等问题，在有限成本范围内显著提高患者治疗后复发风险预测的准确性。
微小残留病灶检测方法装置设备存储介质

[发明专利]一种DNA甲基化测序文库甲基化转化率的评估方法、应用、终端设备及存储介质-CN202211343981.0有效
发明人：王小庆;洪媛媛;王睿;聂佩瑶;夏瑞燕;吕芳;张琦;陈维之;杜波 -专利权人： 臻和（北京）生物科技有限公司;臻悦生物科技江苏有限公司
申请日： 2022-10-31 - 公布日： 2023-01-31 - 主分类号： C12Q1/6858 文献下载
摘要：本发明公开了一种DNA甲基化测序文库甲基化转化率的评估方法、应用、终端设备及计算机可读存储介质，属于基因检测技术领域。上述甲基化测序文库甲基化转化率的评估方法是选择位点甲基化转化率与甲基化文库甲基化转化率相关的位点作为参照位点，该评估方法克服了酶学转化法甲基化文库构建过程中甲基化文库C‑T甲基化转化率受碱基序列影响的问题，利用该参照位点甲基化转化率能够快速评估甲基化文库甲基化转化率，并用于DNA甲基化检测中甲基化转化率的质控，方便快捷，解决了传统方法周期长、耗时、耗力等问题。同时提供了终端设备及计算机可读存储介质，能够根据参照位点的甲基化转化率输出文库甲基化转化率或输出文库是否合格的结果。
一种 dna 甲基化序文转化评估方法应用终端设备存储介质

[发明专利]一种基于全基因组甲基化测序的ctDNA预测方法及装置-CN202210977623.9有效
发明人：韩天澄;李苏星;李溪;李宇龙;洪媛媛;张琦;黄宇;陈维之 -专利权人： 臻和（北京）生物科技有限公司;臻悦生物科技江苏有限公司
申请日： 2022-08-15 - 公布日： 2023-01-24 - 主分类号： G16B20/30 文献下载
摘要：本发明提供了一种基于全基因组甲基化测序的ctDNA预测方法及其应用。所述预测方法包括：根据人类参考基因组FASTA文件和BED文件，将基因组划分为等长的区块，生成可计算甲基化水平的区块列表文件；计算训练集样本和待测样本在每个区块上的甲基化水平，对训练集样本和待测样本的甲基化水平进行降维，使用主成分分析法，根据训练集样本计算旋转矩阵，并利用旋转矩阵，生成训练集主成分矩阵和待测样本主成分矩阵，利用训练集主成分矩阵进行甲基化模型构建，用训练后的模型对待测样本中的ctDNA进行预测。所述方法克服了低深度甲基化测序中甲基化水平计算不准确、灵敏度低的缺陷，在肿瘤筛查或实时监控中具有重要应用价值。
一种基于基因组甲基化 ctdna 预测方法装置

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