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[发明专利]检测胃癌组织Claudin18.2蛋白阳性的方法、装置、设备和存储介质-CN202311191784.6在审
发明人：陈豫;高中飞;苏琳;金琳芳;陈维之 -专利权人：臻和（北京）生物科技有限公司;无锡臻和生物科技有限公司;臻和精准医学检验实验室无锡有限公司
申请日： 2023-09-15 - 公布日： 2023-10-24 - 主分类号： C12Q1/6886 文献下载
摘要：本申请公开了一种检测胃癌组织Claudin18.2蛋白阳性的方法、装置、设备和存储介质，属于基因检测技术领域。该方法是基于NGS技术检测胃癌组织Claudin18.2基因的表达水平，并将其与本申请的预设阈值进行比较，从而在基因水平对胃癌组织Claudin18.2蛋白阳性进行检测，更易于实现检测结果判读的标准化。
检测胃癌组织 claudin18 蛋白阳性方法装置设备存储介质

[发明专利]校正全基因组甲基化测序数据批次效应的方法、装置、设备和存储介质-CN202310413887.6有效
发明人：李苏星;韩天澄;李溪;李宇龙;宫芹芹;张琦;黄宇;陈维之;杜波 -专利权人：臻和（北京）生物科技有限公司;无锡臻和生物科技有限公司
申请日： 2023-04-18 - 公布日： 2023-07-18 - 主分类号： G16B40/00 文献下载
摘要：本申请公开了一种校正全基因组甲基化测序数据批次效应的方法、装置、设备和存储介质，属于基因检测技术领域。该方法通过预设数量的健康人血浆样本和肿瘤患者血浆样本的甲基化测序数据，筛选在健康人和肿瘤患者中甲基化水平相对稳定的区间作为甲基化稳定区间（house‑keeping window）；利用健康人血浆样本和待测样本的甲基化稳定区间的甲基化水平建立校正模型；利用校正模型校正待测样本全基因组内的甲基化水平。该方法在去除批次效应的同时保留了重要区域的甲基化特征，亦可在批次分组未知情况下去除批次效应。
校正基因组甲基化序数批次效应方法装置设备存储介质

[发明专利]检测MSI的微卫星位点、其筛选方法及应用-CN202010444206.9有效
发明人：赵利利;于佳宁;闫慧婷;洪媛媛;陈维之;何骥;杜波 -专利权人： 无锡臻和生物科技有限公司
申请日： 2020-05-22 - 公布日： 2023-06-02 - 主分类号： G16B30/10 文献下载
摘要：本发明提供了一种检测MSI的微卫星位点、其筛选方法及应用。选择长度为7‑15bp且其两端侧翼序列相似性低的微卫星候选位点，检测MSS测序数据中这些位点中的重复单元的类型及其频率，并去除人群多态性高于5％的位点，进一步选择其中重复单元的类型的频率的离散程度低于离散阈值的位点，即得到MSS模型样本的微卫星位点，最后选择其中重复单元类型频率分布与MSS模型样本的差异水平在MSI‑H样本和MSS样本中存在显著差异的位点作为检测MSI的微卫星位点。通过建立MSS模型样本作为正常样本对照，便于建立阴性样本基线或检测待测样本的微卫星状态。故在检测待测样本时，无需对照样本仅对单样本测序即可检测不稳定状态。
检测 msi 卫星筛选方法应用

[发明专利]用于结肠癌预后预测的标志物、模型构建方法和系统-CN202210781536.6有效
发明人：白雪娟;陈维之;杨滢;邓丽莎 -专利权人：臻和（北京）生物科技有限公司;无锡臻和生物科技有限公司
申请日： 2022-07-05 - 公布日： 2022-09-27 - 主分类号： G16B5/00 文献下载
摘要：本发明涉及生物医药技术领域，具体涉及用于结肠癌预后预测的标志物、模型构建方法和系统。本发明提供用于结肠癌患者预后预测的TLS相关量化指标，以TLS相关量化指标作为标志物进行结肠癌的预后预测，能够更精准客观地反映患者的免疫状态，具有更高的预后预测准确性。本发明还提供结肠癌预后风险模型及其构建方法，该模型能够独立于TNM分期进行预后预测，且较TNM分期能够更好地对结肠癌患者进行预后风险分层，指导临床对不同预后的患者分别制定更有针对性的治疗方案，有利于实现精准医疗。
用于结肠癌预后预测标志模型构建方法系统

[发明专利]预测胃肠肿瘤免疫检查点抑制剂疗效的标志物及其应用-CN202111280551.4在审
发明人：张恒辉;沈琳;陈欢;鲁智豪;胡莹;李健;孙怀博;张小田;毛蓓蓓;彭智 -专利权人： 无锡臻和生物科技有限公司;北京肿瘤医院（北京大学肿瘤医院）
申请日： 2021-10-29 - 公布日： 2022-08-30 - 主分类号： G16B30/00 文献下载
摘要：本发明提出了一种预测胃肠肿瘤免疫检查点抑制剂治疗疗效的标志物及其应用，该标志物为HLA‑B趋异进化指数(HLA‑BHED)，HLA‑B趋异进化指数(HLA‑BHED)具有可以作为预测对象胃肠肿瘤免疫检查点抑制剂疗效的标志物的用途。根据本发明所述的HLA‑B基因的趋异进化指数(HLA‑BHED)通过反映机体HLA分子与抗原肽结合域的序列多样性准确预测所述免疫检查点抑制剂对胃肠肿瘤的治疗效果，HLA‑BHED指数高的对象，HLA‑B能够结合多种抗原肽提呈给T细胞诱导免疫应答，所述对象给予免疫检查点抑制剂治疗后展现出临床显著获益，总生存期及无病进展期显著延长。
预测胃肠肿瘤免疫检查点抑制剂疗效标志及其应用

[发明专利]胰腺腺癌预后评估的标志物组合及其应用-CN202210553471.X在审
发明人：张恒辉;沈柏用;张磊;詹茜;杨滢;温晨磊;孙怀博;邹思奕 -专利权人：上海交通大学医学院附属瑞金医院;无锡臻和生物科技有限公司
申请日： 2022-05-20 - 公布日： 2022-08-30 - 主分类号： C12Q1/6886 文献下载
摘要：本发明提出了一种胰腺癌预后评估的标志物组合及其应用，该标志物组合包括：HLA‑A02超型，和，HLA‑B62超型和HLA‑B44超型中的至少之一。所述标志物组合可以有效区分胰腺腺癌预后差的个体，为后续临床决策提供参考。
胰腺腺癌预后评估标志组合及其应用

[发明专利]预测肺癌免疫检查点抑制剂疗效的标志物及其应用-CN202111459016.5在审
发明人：高树庚;李宁;张恒辉;王书航;毛蓓蓓;任丹丹;应建明;吴立佳;赫捷 -专利权人： 无锡臻和生物科技有限公司;中国医学科学院肿瘤医院
申请日： 2021-12-02 - 公布日： 2022-08-16 - 主分类号： C12Q1/6886 文献下载
摘要：本发明提出了一种预测肺癌对象免疫检查点抑制剂治疗疗效的标志物及其应用，所述标志物组合包含表1中所示基因的至少之一。根据本发明实施例的标志物可以对所述对象肺癌免疫检查点抑制剂的治疗疗效进行准确预测，如PD‑1/PD‑L1抑制剂，以此可以分辨出给予免疫检查点抑制剂治疗后展现出临床显著获益的对象，从而显著提高肺癌免疫检查点抑制剂治疗的响应率。
预测肺癌免疫检查点抑制剂疗效标志及其应用

[发明专利]基于游离DNA的基因组癌变信息检测系统和检测方法-CN202210023902.1有效
发明人：李宇龙;洪媛媛;韩天澄;吕芳;杨顺莉;聂佩瑶;张琦;何骥;陈维之 -专利权人：臻和（北京）生物科技有限公司;无锡臻和生物科技有限公司
申请日： 2022-01-07 - 公布日： 2022-04-29 - 主分类号： C12Q1/6886 文献下载
摘要：本申请提供了基于游离DNA并且尤其是血浆游离DNA的基因组癌变信息检测系统以及检测方法，所述系统包括文库构建装置，通过利用酶使待测样品中游离DNA中的5‑甲基胞嘧啶（5‑mC）转化为5‑甲酰胞嘧啶（5‑fC）和5‑羧基胞嘧啶（5‑caC），非甲基化胞嘧啶（C）转化为尿嘧啶（U），测序装置，和信息分析装置，该信息分析装置可分析基因组的甲基化密度、片段长度分布、片段5’末端基序和/或染色体稳定性。通过该系统和方法，可以同时实现多种癌症的早期、灵敏、准确检测和筛查。
基于游离 dna 基因组癌变信息检测系统方法

[发明专利]基于ctDNA长度的分析方法和系统-CN202111513450.7有效
发明人：杨顺莉;于佳宁;张亚晰;刘异倩;李宇龙;陈维之;何骥;杜波 -专利权人：臻和（北京）生物科技有限公司;臻和精准医学检验实验室无锡有限公司;无锡臻和生物科技有限公司
申请日： 2021-12-10 - 公布日： 2022-04-08 - 主分类号： G16B40/00 文献下载
摘要：本发明提供了一种基于ctDNA长度的分析方法和系统，其中，分析方法中包括：基于NGS平台对待检测血浆样本进行低深度的全基因组测序；采用预先选定大小的窗口对全基因组区间进行划分，并对各窗口内短插入片段和长插入片段的数量比值ratio进行计算，短插入片段的数量据预先设定的短插入片段区间阈值统计得到，长插入片段的数量根据预先设定的长插入片段区间阈值统计得到；由统计得到的数量比值ratio使用预先训练的ctDNA长度分析模型得到待检测血浆样本的评分，进而根据评分对待检测血浆样本进行分析。该方法能够对待检测血浆样本的cfDNA长度进行精确分析，为后续应用提供部分依据。
基于 ctdna 长度分析方法系统

[发明专利]一种适用于单端测序的扩增子文库构建引物组和构建方法-CN202111495620.3有效
发明人：李凤明;魏丽;许青;陈维之;杜波 -专利权人：臻和（北京）生物科技有限公司;无锡臻和生物科技有限公司
申请日： 2021-12-09 - 公布日： 2022-04-01 - 主分类号： C40B50/06 文献下载
摘要：本发明涉及高通量测序技术领域，具体涉及一种适用于单端测序的扩增子文库构建引物组和构建方法。本发明提供的引物组包含至少1个目标扩增子的多重引物对；针对每个目标扩增子，所述多重引物对包含2对多重引物，每对多重引物包含1条多重上游引物和1条多重下游引物；所述多重上游引物和多重下游引物均包含接头序列和目标扩增子特异性引物序列；所述2对多重引物中，2条多重上游引物所含接头序列不同，2条多重下游引物所含接头序列也不同。该引物组可用于构建适用于单端测序的扩增子文库，有效降低了测序时间，缩短了TAT时间。
一种适用于单端测序扩增文库构建引物方法

[发明专利]预测胃肠肿瘤免疫检查点抑制剂疗效的标志物组合及其应用-CN202111466674.7在审
发明人：张恒辉;沈琳;张磊;鲁智豪;杨滢;李健;孙怀博;张小田;杜波;彭智 -专利权人： 无锡臻和生物科技有限公司;北京肿瘤医院（北京大学肿瘤医院）
申请日： 2021-12-03 - 公布日： 2022-03-25 - 主分类号： C12Q1/6886 文献下载
摘要：本发明提出了一种预测胃肠肿瘤免疫检查点抑制剂治疗疗效的标志物组合及其应用，该标志物组合所述标志物组合包含HLA‑B62超型中的至少之一。根据本发明实施例的标志物组合可以对对象胃肠肿瘤免疫检查点抑制剂的治疗疗效进行准确预测，如PD‑1/PD‑L1抑制剂单用，或与CTLA‑4抑制剂联用，提高胃肠肿瘤免疫检查点抑制剂治疗的响应率。
预测胃肠肿瘤免疫检查点抑制剂疗效标志组合及其应用

[发明专利]用于预测晚期食管癌患者抗EGFR靶向治疗疗效的生物标志物及疗效预测试剂盒-CN202111089720.6在审
发明人：鲁智豪;张恒辉;沈琳;陈欢;李健;毛蓓蓓;张小田;洪媛媛;彭智;胡莹 -专利权人：北京肿瘤医院（北京大学肿瘤医院）;无锡臻和生物科技有限公司
申请日： 2021-09-16 - 公布日： 2022-01-28 - 主分类号： C12Q1/6886 文献下载
摘要：本发明提供了一种用于预测晚期食管癌患者抗EGFR靶向治疗疗效的生物标志物及疗效预测试剂盒，其中，生物标志物获取方法包括：提取待检测样本RNA，将待检测样本RNA打断，进行反转录，得到cDNA；基于cDNA通过末端修复、接头连接和文库富集方法构建基因文库；通过捕获探针与目标区域特异性杂交从构建的基因文库中捕获并富集目标基因；利用高通量测序仪测序，获得RNA靶向测序数据；采用RPKM方法定量评估RNA靶向测序数据中基因ALK、NTRK2及NTRK3的表达量；基于评估得到的表达量取平均数得到生物标志物。具备检测灵敏度高、测序费用低、节省探针等优点，更适用于临床试剂盒开发。
用于预测晚期食管癌患者 egfr 靶向治疗疗效生物标志试剂盒

[发明专利]Duplex UMI接头及测序方法-CN202111263987.2在审
发明人：韩弥朋;许青;陈雪;刘鹤;苏琳 -专利权人：臻和（北京）生物科技有限公司;无锡臻和生物科技有限公司
申请日： 2021-10-28 - 公布日： 2022-01-11 - 主分类号： C12Q1/6806 文献下载
摘要：本发明涉及生物技术领域，尤其涉及Duplex UMI接头及测序方法。本发明提供的固定的Duplex UMI接头设计可以在生信分析时进行UMI错误校正，提高原始DNA分子计数时的准确性；并且，针对该接头建立了一套快速的质检方法，可以不进行杂交的步骤，从而大大缩短检测周期。
duplex umi 接头方法

[发明专利]基于液体活检的染色体稳定性评价方法和装置、终端设备及存储介质-CN202111206821.7有效
发明人：于佳宁;吕然;刘异倩;张亚晰;赵秀玉;陈维之;何骥;杜波 -专利权人：臻和（北京）生物科技有限公司;臻和精准医学检验实验室无锡有限公司;无锡臻和生物科技有限公司
申请日： 2021-10-15 - 公布日： 2022-01-11 - 主分类号： G16B30/10 文献下载
摘要：本发明提供了一种基于液体活检的染色体稳定性评价方法和装置、终端设备及存储介质，其中，染色体稳定性评价方法，包括：分别对待测血浆样本和选定的基准血浆样本进行捕获测序并进行预处理操作得到Bam文件；根据Bam文件分别对待测血浆样本和基准血浆样本bin水平的reads数量进行统计；根据bin水平的reads数量对待测血浆样本的染色体稳定性进行评分；根据评分对待测血浆样本的染色体稳定性进行评价。其根据统计的bin水平的reads数量得到染色体稳定性的评分，进而根据该评分对待测血浆样本的染色体稳定性进行评价，提高检测的鲁棒性和灵敏度。
基于液体活检染色体稳定性评价方法装置终端设备存储介质

[发明专利]循环肿瘤DNA重复序列的处理方法及装置-CN201810035616.0有效
发明人：郭昊;于佳宁;韩天澄;宋雪;林小静 -专利权人： 无锡臻和生物科技有限公司
申请日： 2018-01-15 - 公布日： 2021-03-16 - 主分类号： G16B20/20 文献下载
摘要：本发明公开了一种循环肿瘤DNA重复序列的处理方法及装置。其中，该方法包括：获取待检测循环肿瘤DNA的测序数据和参考基因组序列，其中，测序数据为对待检测循环肿瘤DNA进行高通量测序得到的数据，测序数据包括：多对双端序列；将测序数据和参考基因组序列进行比对，得到第一比对结果，其中，第一比对结果至少包括：多对双端序列的基因组位置、碱基序列和对应的碱基质量值序列；基于第一比对结果，得到至少一个一致性序列和每个一致性序列对应的碱基质量值序列。本发明解决了现有技术中测序数据的处理方法对样本测序进行重复序列删除或标记，准确度低的技术问题。
循环肿瘤 dna 重复序列处理方法装置

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