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[发明专利]多胎妊娠的分子测试-CN201610340015.1有效
发明人：卢煜明;赵慧君;陈君赐;梁德杨;江培勇 -专利权人：香港中文大学
申请日： 2012-02-24 - 公布日： 2019-12-13 - 主分类号： C12Q1/6883 文献下载
摘要：本发明提供了用于使用取自母亲的生物样品测定多胎妊娠的接合性的方法、系统和仪器。可对于特定染色体区域分析样品(例如血浆)中的胎儿和母体DNA，以鉴定胎儿中的基因差异。例如，当胎儿是二卵的时候，用于测量主要或次要等位基因的标准化参数对于不同染色体区域可显示出变化。如果胎儿是遗传上相同的，则此类变化可相对于期望值进行测定。提供统计方法用于分析标准化参数的变化，以测定胎儿DNA浓度和在多个基因座处的母系‑胎儿混合基因型。亲本基因型和单元型信息也可用于鉴定不同亲本单元型的继承，以指示在胎儿中的遗传差异。
妊娠分子测试

[发明专利]使用核酸片段的诊断应用-CN201880008132.5在审
发明人：卢煜明;赵慧君;陈君赐;江培勇;林伟棋 -专利权人：香港中文大学;格里尔公司
申请日： 2018-01-25 - 公布日： 2019-09-27 - 主分类号： C12Q1/6886 文献下载
摘要：各实施例涉及游离核酸的计数、片段化模式和尺寸的分析的应用(例如生物样品的分类)，所述游离核酸是例如血浆DNA和血清DNA，包括来自病原体，如病毒的核酸。一种应用的实施例可以确定个体是否患有具体病状。举例来说，本公开的方法可以确定个体是否患有癌症或肿瘤，或其它病变。另一种应用的实施例可以用于评估病状的阶段，或病状随时间的进展。举例来说，本公开的方法可以用于确定个体中癌症的阶段，或个体中癌症随时间的进展(例如使用在不同时间从个体获得的样品)。
游离核酸癌症应用片段化模式核酸片段生物样品诊断应用病原体血浆DNA 血清DNA 核酸病变肿瘤病毒分类评估分析

[发明专利]利用基因组测序诊断胎儿染色体非整倍性-CN201710089357.5有效
发明人：卢煜明;赵慧君;陈君赐 -专利权人：香港中文大学
申请日： 2008-07-23 - 公布日： 2019-09-24 - 主分类号： C12Q1/6888 文献下载
摘要：本发明的实施方案提供了确定从孕妇获得的生物样品中是否存在胎儿染色体非整倍性的方法、系统和装置。对生物样品的核酸分子进行测序，以便对基因组部分进行测序。临床相关染色体和背景染色体的各自量根据测序结果来确定。将由这些量获得的参数(如比值)，与一个或多个截止值进行比较，据此确定胎儿染色体非整倍性分类是否存在。
利用基因组诊断胎儿染色体非整倍性

[发明专利]用于肿瘤检测的方法和系统-CN201780080329.5在审
发明人：欧金尼·纳姆萨拉伊夫;卢煜明;赵慧君;陈君赐;江培勇;孙坤;林伟棋 -专利权人：香港中文大学;格瑞尔公司
申请日： 2017-10-24 - 公布日： 2019-08-06 - 主分类号： C12Q1/6869 文献下载
摘要：本文提供了使用无细胞核酸样品改善癌症检测的阳性预测值的方法。各个实施方案针对于包括来自病原体(包括病毒)的核酸在内的无细胞DNA(例如血浆DNA和血清DNA)的片段化模式和大小的分析的应用(例如，诊断应用)。一个应用的实施方案可以确定受试者是否具有特定病况。例如，本公开内容的方法可以确定受试者是否具有癌症或肿瘤或其他病理学。另一应用的实施方案可用于评估病况的阶段，或病况随时间的进展。例如，本公开内容的方法可用于确定受试者的癌症阶段，或受试者的癌症随时间的进展(例如，使用在不同时间从受试者获得的样品)。
可用癌症应用片段化模式无细胞核酸癌症检测癌症阶段诊断应用肿瘤检测血浆DNA 血清DNA 病理学病原体无细胞核酸肿瘤病毒评估预测分析

[发明专利]用于单基因疾病的基于通用单倍型的非侵入性产前测试-CN201780070815.9在审
发明人：许慧妍;江培勇;陈君赐;卢煜明;赵慧君 -专利权人：香港中文大学
申请日： 2017-11-20 - 公布日： 2019-07-09 - 主分类号： C12Q1/6883 文献下载
摘要：为了在没有父系遗传信息的情况下检测从母系遗传的胎儿突变，可以在无细胞混合物中测量每种母系单倍型的特性。可以将两种母系单倍型的特性值之间的分离值与阈值进行比较，以确定哪种单倍型被遗传。由于可能无法获得对于父系等位基因的测量，实施例可以测量胎儿是纯合的一些基因座和胎儿是杂合的一些基因座处的特性，但在用于确定母系单倍型的遗传的阈值选择中解释此类胎儿是杂合的基因座。为了确定亲代单倍型，可以进行直接单倍型分析，并且可以选择位于突变指定距离内的基因座并用于在单倍型方框中的测量。包括突变的区域的靶向测量使用可以跨越受试者重复使用的预定引物/探针。
单倍型基因座测量突变胎儿杂合遗传方框单倍型分析单基因疾病测量胎儿等位基因非侵入性母系遗传遗传信息阈值选择混合物无细胞靶向纯合探针引物测试通用检测

[发明专利]尿液和其他样品中无细胞DNA的分析-CN201780070814.4在审
发明人：卢煜明;赵慧君;陈君赐;江培勇;郑华哲 -专利权人：香港中文大学
申请日： 2017-11-30 - 公布日： 2019-07-05 - 主分类号： C12Q1/6806 文献下载
摘要：可以通过分析无细胞DNA来检测特定器官的疾病(例如，癌症)。一些实施方案可以使用来自特定器官或通过特定器官的器官相关样品，例如可以在尿液、唾液、血液和粪便样品中进行。在一些实施方案中，可以测量样品中的无细胞DNA的甲基化水平。组织特异性甲基化模式可用于确定来自不同组织类型的分数贡献。在其他实施方案中，可以测量器官相关的无细胞DNA的大小。大小分布的统计测量表明，与非健康组织比较，无细胞DNA片段总体上比具有健康组织的受试者所预期的要长。在其它实施方案中，可以分析两个不同的样品以确定特定器官是否患有癌症。可以分析血液样品和器官相关样品中的无细胞DNA，以鉴定表现出拷贝数异常的染色体区域。
无细胞器官健康组织尿液癌症分析血液样品甲基化模式甲基化水平染色体区域组织特异性测量器官粪便样品统计测量组织类型拷贝数预期的分析唾液可用与非测量血液疾病检测表现

[发明专利]通过大规模平行RNA测序分析母亲血浆转录组-CN201811106855.7在审
发明人：卢煜明;赵慧君;陈君赐;江培勇;徐宝贤 -专利权人：香港中文大学
申请日： 2014-02-28 - 公布日： 2019-01-04 - 主分类号： C12Q1/6883 文献下载
摘要：本发明为通过大规模平行RNA测序分析母亲血浆转录组，本发明提供了使用来自妊娠女性对象的样品用于诊断妊娠相关的病症、确定等位基因比、确定母亲或胎儿对于循环转录体的贡献，和/或鉴定母亲或胎儿标记物的方法。也提供了在妊娠女性对象中用于诊断妊娠相关的病症的基因的用途。
母亲血浆妊娠女性转录组妊娠胎儿平行确定等位基因诊断标记物转录体母亲分析基因

[发明专利]通过大规模平行RNA测序分析母亲血浆转录组-CN201480015402.7有效
发明人：卢煜明;赵慧君;陈君赐;江培勇;徐宝贤 -专利权人：香港中文大学
申请日： 2014-02-28 - 公布日： 2018-10-23 - 主分类号： C12Q1/6869 文献下载
摘要：提供了使用来自妊娠女性对象的样品用于诊断妊娠相关的病症、确定等位基因比、确定母亲或胎儿对于循环转录体的贡献，和/或鉴定母亲或胎儿标记物的方法。也提供了在妊娠女性对象中用于诊断妊娠相关的病症的基因的用途。
通过大规模平行 rna 分析母亲血浆转录

[发明专利]确定多胎妊娠的胎儿基因组-CN201480012432.2有效
发明人：卢煜明;赵慧君;陈君赐 -专利权人：香港中文大学
申请日： 2014-03-17 - 公布日： 2018-09-28 - 主分类号： C12Q1/6883 文献下载
摘要：提供了在有多个胎儿的妊娠期内确定母系和父系单倍型的遗传的技术。可在母体为杂合子并且父系遗传性等位基因已知(例如，父体为纯合子)的基因座处确定母系遗传。可使用两种类型的基因座，其中一种类型具有在第一母系单倍型上出现的父系等位基因，而另一种类型具有在第二母系单倍型上出现的父系等位基因。可由父体为杂合子而母体为纯合子的基因座确定父系遗传。可测量每个基因座处不同等位基因的量。量的比较(例如，使用每个等位基因的百分比浓度和阈值)可用于确定单倍型的遗传情况。单倍型可与目标病状相关联。
确定妊娠胎儿基因组

[发明专利]由母本生物样品进行胎儿基因组的分析-CN201610127207.4有效
发明人：卢煜明;陈君赐;赵慧君;查尔斯·坎特 -专利权人：香港中文大学;塞昆纳姆股份有限公司
申请日： 2010-11-05 - 公布日： 2018-09-25 - 主分类号： C12M1/34 文献下载
摘要：提供了确定胎儿基因组的至少一部分的系统、方法和装置。可以分析来自母本样品(母本和胎儿DNA)的DNA片段以鉴定某些基因座处的等位基因。综合分析这些基因座处各自等位基因的DNA片段的量，以确定这些基因座的单倍型的相对量，并确定从亲本基因组遗传了哪种单倍型。可以分析亲本为纯合和杂合的特定组合的基因座，以确定胎儿基因组的区域。可以使用群体中共有的参照单倍型，同时分析母体样品的DNA片段，以确定母本和父本基因组。还提供了突变、母本样品中部分胎儿DNA浓度以及母本样品测序覆盖度比例的确定。
母本生物样品鉴定新生胎儿突变

[发明专利]与癌症相关的遗传或分子畸变的检测-CN201510615900.1有效
发明人：卢煜明;陈君赐;赵慧君;江培勇 -专利权人：香港中文大学
申请日： 2011-11-30 - 公布日： 2018-08-17 - 主分类号： G06F19/18 文献下载
摘要：本发明提供了用于测定来自有机体的生物样品中的遗传或分子畸变的系统、仪器和方法。对包括游离DNA片段的生物样品进行分析，从而鉴别例如由于肿瘤染色体缺失和/或扩增导致的染色体区域中存在的失衡。多个基因座被用于各个染色体区域的分析。接着，此类失衡可以用于诊断(筛查)癌症以及癌症患者的预后，或者检测患者恶化前的健康状态或监测患者恶化前的健康状态的变化。可以利用基因组失衡的严重性以及失衡区域的数量提供诊断，筛查，预后以及监测。非重叠染色体区段的系统性分析可以提供通用癌症筛查手段。此外，可以在不同的时间点下对患者进行检验从而跟踪一个或多个染色体区域以及众多染色体区域中的每一个区域的严重性以及展现染色体畸变的染色体区域的数量，从而能够进行癌症的筛查、预后诊断以及监测病变进程(例如在治疗后)。
癌症相关遗传分子畸变检测

[发明专利]利用部分胎儿浓度确定核酸序列失衡-CN201410051950.7有效
发明人：卢煜明;赵慧君;陈君赐;徐仲锳;庄家俊 -专利权人：香港中文大学
申请日： 2008-07-23 - 公布日： 2018-07-27 - 主分类号： G16H50/20 文献下载
摘要：本发明提供了利用部分胎儿浓度确定核酸序列失衡的方法、系统和装置。选取了用于确定，例如，两个序列(或两组序列)的比率的失衡的一个或多个截止值。可以至少部分地基于含有母体核酸序列背景的诸如母体血浆的样品中胎儿DNA的百分比来确定所述截止值。还可以基于每一反应的序列的平均浓度来确定该截止值。在一方面，从估计含有特定核酸序列的信息孔的比例来确定该截止值，其中该比例基于上文所述的百分比和/或平均浓度来确定。可以利用诸如序贯概率比检验(SPRT)的许多不同类型的方法来确定该截止值。
利用部分胎儿浓度确定核酸序列失衡

[发明专利]通过使用靶向大规模并行测序的等位基因比率分析进行的胎儿三体性的非侵入性产前诊断-CN201380029904.0有效
发明人：赵慧君;廖嘉炜;陈君赐;卢煜明 -专利权人：香港中文大学
申请日： 2013-04-08 - 公布日： 2017-12-19 - 主分类号： C12Q1/68 文献下载
摘要：使用在具有母体DNA和胎儿DNA的混合物的母体样品中检测到的等位基因的比率，来检测胎儿是否具有与第一染色体相关的非整倍性。针对与多态性基因座相关的靶标区域富集来自样品的DNA，然后进行测序。确定第一染色体以及一个或多个参照染色体上具有胎儿特异性等位基因的靶标区域中的多态性基因座(例如单核苷酸多态性)。确定第一染色体上的基因座处的胎儿特异性等位基因与共有的等位基因之间的第一比率。确定参照染色体上的基因座处的胎儿特异性等位基因与共有的等位基因之间的第二比率。可将所述第一比率与第二比率之间的第三比率与阈值比较以确定是否存在非整倍性，以及该非整倍性是母本来源的还是父本来源的。
通过使用靶向大规模并行等位基因比率分析进行胎儿体性侵入产前诊断

[发明专利]用于癌症检测的血浆DNA突变分析-CN201380042981.X有效
发明人：赵慧君;卢煜明;陈君赐;江培勇 -专利权人：香港中文大学
申请日： 2013-06-14 - 公布日： 2017-12-05 - 主分类号： C12Q1/68 文献下载
摘要：可以将经历针对癌症的筛选或监测的受试者的生物样品(例如血浆或血清)中的体细胞突变频率与同一受试者的组成型DNA中的体细胞突变频率比较。参数可以来源于这些频率并且将其用于确定癌症等级的分类。可以通过要求任何变异基因座都具有至少规定数目的变异序列读取(标签)来将假阳性过滤掉，由此提供更准确的参数。可以分析不同变异基因座的相对频率以测定患者中肿瘤的异质性等级。
用于癌症检测血浆 dna 突变分析

[发明专利]母体血浆中胎儿DNA分数的基于大小的分析-CN201380013054.5有效
发明人：卢煜明;陈君赐;郑文莉;江培勇;廖嘉炜;赵慧君 -专利权人：香港中文大学
申请日： 2013-03-08 - 公布日： 2017-11-14 - 主分类号： C12Q1/68 文献下载
摘要：基于多种大小的DNA片段的量，确定来自生物样品的DNA混合物中临床相关DNA的浓度分数。例如，可以确定母体血浆中胎儿DNA或患者血浆中肿瘤DNA的浓度分数。已表明样品中DNA片段的大小分别与胎儿DNA的比例和肿瘤DNA的比例相关。校准数据点(例如，作为校准函数)指示了大小参数值与临床相关DNA的浓度分数值之间的对应性。对于给定的样品，大小参数的第一值可从样品中DNA片段的大小确定。第一值与校准数据点的比较可以提供对临床相关DNA的浓度分数的估算。
母体血浆胎儿 dna 分数基于大小分析